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RNAseqの「STAP細胞」サンプルにはES混入はないと皆さん考えていると思います。では、ここでの「STAP細胞」とは、どんなサンプルでしょう？ 酸浴後のCD45+細胞（初期化が全く起きていないサンプル）と考えるならば、元のCD45+細胞に近く、ESやTSからは遠い遺伝子発現パターンを示すと予想されますが、Letter Fig 2i （Truseq）を見ると、STAPはCD45よりTSに近いように見えますね。Letter extended Fig 6d（SMARTer）だと更にESに近づきますが、どう理解するのでしょう？ 今回の疑問点はここですね。
桂報告書を見ても、TruseqやSMARTerの「STAP」サンプルには、FI-SCで見られたような混ぜ物の痕跡は指摘されていません。Truseqの「STAP」サンプルはCAG-GFP（Acr/CAG-GFPではなく）挿入の129/B6ヘテロ系統と記載されており、もしESならば129B6F1ES1系になりますが、Letter Fig 2i （Truseq）を見る限り、この「STAP」サンプルはESからもかなり遠いです。
2018/12/21(金) 午前 11:55
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少し補足しておきます（体内時計さん向け）。SMARTerのSTAPサンプルのtrisomy 8は遠藤先生の論文で示されていますが、桂調査委が調べたES細胞の中にtrisomy 8を示したESは無いですよね。STAP幹細胞であるGLSにはtrisomy 8が認められていますが、GLSがSMARTerのSTAPサンプルとして提出された可能性を示唆する記載は、桂調査書の中には無かったように記憶してます（もしあったらごめんなさい）。時系列的には可能性を否定できないですが、断定もできないですね。
一研究者ブログでの遠藤先生の 胚様体（EB ）コメント、ほぼオンタイムで見てました。この仮説については、遠藤先生の論文内では全く触れられていないので、エビデンスとしては、「あの日」「捏造の科学者」と同じレベルでしょう？ どの程度、１週のEBの遺伝子発現と類似しているのか、データを示してもらえないと、断定的には言えませんよね。一概にEBといっても、培養条件や使うES細胞の種類によって分化状態はバラつくと思われますし、同じ条件でも培養ごとにバラつきます（ 少なくとも、昔の自分の経験では）。STAP細胞塊の形態がEBと酷似するとは私は思いませんし、もしそうなら若山先生は気付かれたと思いますけどね。あと、EBとした場合、その遺伝子発現が、ESよりTSに近いというのも、しっくりこない感じがしますね。
遠藤先生に関しては、一研究者ブログのブログ主さんから、かなり厳しいご意見が出ていたと思いますよ。私の考えは一研究者のブログ主さんに近いですので、議論が尽くされたとは思っていませんが、今この議論して意味があるとも思ってないので、この辺りで。
遠藤先生に関しては、一研究者ブログのブログ主さんから、かなり厳しいご意見が出ていたと思いますよ。私の考えは一研究者のブログ主さんに近いですので、議論が尽くされたとは思っていませんが、今この議論して意味があるとも思ってないので、この辺りで。
桂報告書を見ても、TruseqやSMARTerの「STAP」サンプルには、FI-SCで見られたような混ぜ物の痕跡は指摘されていません。Truseqの「STAP」サンプルはCAG-GFP（Acr/CAG-GFPではなく）挿入の129/B6ヘテロ系統と記載されており、もしESならば129B6F1ES1系になりますが、Letter Fig 2i （Truseq）を見る限り、この「STAP」サンプルはESからもかなり遠いです。