yap*ari*w*katt*na* 氏が雑談と称して、ため息ブログに以下の書き込みをなさっています
yap*ari*w*katt*na* より:
患者・・・・・・
もし仮に、FES1の入手経路がはっきりしないとして不正調査報告書がどうなるかを妄想してみました。
FES1に関する前半のSTAP幹細胞やテラトーマ、キメラ仔の遺伝子解析の部分がバッサリと削除されて、それ以降の
「ChIP-seqやRNA-seqなどの公開データに関する疑義」
「論文の図表や本文等に関する疑義の調査」
「論文の図表や本文等に関する疑義の調査」
などが残り、不正認定された部分には全く影響がなく、最後の結論部分においても「論文の図表の元になるオリジナルデータ、特に小保方氏担当の分が、顕微鏡に取り付けたハードディスク内の画像を除きほとんど存在せず、「責任ある研究」の基盤が崩壊 している問題である。
最終的に論文の図表を作成したのは小保方氏なので、この責任は大部分、小保方氏に帰せられるものである。
また、STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テ ラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録もほとんど存在しない。本当に行われたか証拠がない(行われなかったという証拠もない)実験も、いくつか存在する(細胞増殖率測定、Oct4-GFP を持つ FI 幹細胞の作製など)。」「論文の図表の取り違え、図の作成過程での不適切な操作、実験機器の操作や実験 法の初歩的な間違いなど、過失が非常に多いという問題である。これも、図の作成や実験を行った小保方氏の責任と考えられる。」「このように実験記録やオリジナルデータがないことや、見ただけで疑念が湧く図 表があることを、共同研究者や論文の共著者が見落とした、あるいは見逃した問題である。
また、STAP幹細胞やキメラについて明らかに怪しいデータがあるのに、それを追求する実験を怠った問題もある。これらに関しては、STAP論文の研究の中心的な部分が行われた時に小保方氏が所属した研究室の長であった若山氏と、最終的にSTAP 論文をまとめるのに主たる役割を果たした笹井氏の責任は特に大きいと考える。」
という記載にも全く影響はなく、むしろ、「ES細胞の混入は明らかだが故意か過失かは分からない」というような、モヤモヤする部分がバッサリなくなって、極めて明確に小保方氏の研究不正が示される報告書になりま上の妄想では、細胞サンプルの遺伝子解析をバッサリ削除したものを挙げましたが、、FES1に関する部分を除くとしても、次の解析結果は残りしてもよいかもしれませんね。
「STAP 幹細胞 GLS は、ES 細胞 GOF-ES に由来する」
「STAP 幹細胞 AC129 は、129B6F1 マウスから作製された受精卵 ES 細胞に由来する」
「STAP 幹細胞 AC129 は、129B6F1 マウスから作製された受精卵 ES 細胞に由来する」
これらについては、報告書の記載にあるように入手経路がはっきりしないFES1とは違い、「ES 細胞 GOF-ES 」も「受精卵 ES 細胞」も、若山研究室で別の研究のために作成されたものを小保方氏の依頼があって手渡されたとか小保方氏に分与されたという入手経路はハッキリしていますね。
ヤッパリ氏が、FES1が問題あった場合を想定してくれました。
確かに、そうしたものの考え方は示唆的と言えます。
しかし、この想定は、ES派の戦略としては、相当に厳しいものと言えませんか?
モヤモヤした部分を取ったら何も残らなくなりますよ。小保方氏がどの実験をやったか書いていないのも、疑問視されますよ。この部分の文章は、書き方が粗雑で問題大きいです。露骨に印象操作的なのです。
報告書は、FES1が書いてあるから格調があるように見えるのです。格調高く文章が書かれ、いかにもプロっぽく書かれています。そうした報告書始まりの格調ある部分と比べて、進めば進むほど、小保方憎しの印象に変わっていくのです。
小保方氏が真にES混入犯人と信じた方が書いたとの印象です。ここをこのように書いたことで、専門的知識を持つかどうかを問わず、逆の方向へ人心を刺激しました。
モヤモヤした部分を取ったら何も残らなくなりますよ。小保方氏がどの実験をやったか書いていないのも、疑問視されますよ。この部分の文章は、書き方が粗雑で問題大きいです。露骨に印象操作的なのです。
報告書は、FES1が書いてあるから格調があるように見えるのです。格調高く文章が書かれ、いかにもプロっぽく書かれています。そうした報告書始まりの格調ある部分と比べて、進めば進むほど、小保方憎しの印象に変わっていくのです。
小保方氏が真にES混入犯人と信じた方が書いたとの印象です。ここをこのように書いたことで、専門的知識を持つかどうかを問わず、逆の方向へ人心を刺激しました。
つまり、キメラ、テラトーマがESで作られたとの主張が無くなってしまうのですが、すると、ES説の焦点がしぼられてくることになります。
FES1が正しいものかわからないので、キメラ、テラトーマがアクロシン入り細胞であっても、FES1から作られたということは確定しなくなります。
これは必然的にそうなるわけですが、もっと、大事な問題が出てきます。
この大事な問題とは、FES1が正しくないとされたその時点で、他のサンプルや細胞にも疑惑が向けられることになります。
性善説の科学では、実験者に全面的な信頼があり、実験者の認識が絶対に正しいのです。
しかし、その一角がくずれたら・・・・・、後は総崩れになりませんか?
提出されたサンプルや細胞は、そのラベリング、細胞の出所記録などが、本当に正当なのかどうかの確認ができていないことが、おおぴっらになってしまいそうです。
つまり、細胞が凍結保存されていても、その内容は、ラベル通りかどうかがわからないとなってしまいます。
多くの人が、「疑惑があるんだ!」を認識するようになるのでしょう。
細胞やサンプルをチューブに入れる時に、作業者に単純ミスがあったのではないか?、(頻度は少ないものの)実験妨害などにより内容物のすり替えがあったのではないか?などなど、問題が膨らんでしまいます。
調査は、実験にかかわった研究者がすべて対象です。
研究者に協力させての調査の場合は、サンプルや細胞提出者の性善説が前提でないと、どんなにお金を使っても調査が無駄になります。
その人たちの提出した実験試料が疑われ始めたら、きりがありません。
調査される側の研究者は、都合の悪いものは、提出しない、捨ててしまうもできてしまいます。
調査される側の研究者は、本当に正しいものを提出したのか?と、仲間うちから疑惑の目でみられるようになりますが、そうなると、キャリアの無い研究者は圧倒的に不利でしょう。
これは、研究者にとって、大変、つらい経験でしょう。
実際、小保方氏はそうした立場になりました。
調査委員会は、プロの研究者の調査をすることになるわけですから、お互いに不信感で傷つけ合わないよう、お互いの性善説を信じあって、結論を出すことになります。
しかし、提出資料に問題点があれば、調査委員会は、結論を出さず、保留するしかないのでないか?と思います。
STAP(幹)細胞の遺伝子解析では、アクロシン入りなので、それではどこからつくらたのか?となります。
又、幹細胞の作成は、若山氏なので、小保方氏が若山氏に、STAPと称してES細胞を渡した可能性のみでなく、いろいろ他の可能性が出てきます。
つまり、サンプル調査では、大事なことは何ひとつ決められず、調査では何も言えないとなるはずです。
まあ、STAP細胞がESであれば、レター論文のESとの比較実験は不可能であり、この結果の奇妙さがめだってくると思います。
レター論文の遺伝子発現の図など、CD45, ES, STAP細胞で比較してますが、STAPがESなら、CD45, ES, ESの比較図になってしまいます。各細胞間で、結果が違うのはどうして?となります。
STAPはESだと主張する人たちって、こうした事実をどう説明してくつもりでしょう。
キメラ、テラトーマで、一般人を目くらまし的に信じさせてきた根拠が無くなったら、STAPの謎の奥の院までズズズイーと見通せるようになってしまいます。
ヤッパリ氏が言いだした「FES1が本物でないと想定すると・・・」説は、ES混入説の問題点が分かり易くなることだと思います。
ES説の説明困難感が目立ちゃうようになりますけど・・・・。それでよろしいので?
コメント(42)


ついでに書きますが、、
「不正調査報告書からFES1に関する記載部分を削除した場合」についての想像ですので、学さんの書かれていた多くのことは成立しませんよ。 例えば、、
>小保方氏がどの実験をやったか書いていないのも、疑問視されますよ。
学さんは目が見えないのでしょうか? ちゃんと報告書の残った部分に明確に記載されていますよ。
「STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録もほとんど存在しない。本当に行われたか証拠がない(行われなかったという証拠もない)実験も、いくつか存在する(細胞増殖率測定、Oct4-GFP を持つ FI 幹細胞の作製など)。」
「論文の図表の取り違え、図の作成過程での不適切な操作、実験機器の操作や実験 法の初歩的な間違いなど、過失が非常に多いという問題である。これも、図の作成や実験を行った小保方氏の責任と考えられる。」「
「不正調査報告書からFES1に関する記載部分を削除した場合」についての想像ですので、学さんの書かれていた多くのことは成立しませんよ。 例えば、、
>小保方氏がどの実験をやったか書いていないのも、疑問視されますよ。
学さんは目が見えないのでしょうか? ちゃんと報告書の残った部分に明確に記載されていますよ。
「STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録もほとんど存在しない。本当に行われたか証拠がない(行われなかったという証拠もない)実験も、いくつか存在する(細胞増殖率測定、Oct4-GFP を持つ FI 幹細胞の作製など)。」
「論文の図表の取り違え、図の作成過程での不適切な操作、実験機器の操作や実験 法の初歩的な間違いなど、過失が非常に多いという問題である。これも、図の作成や実験を行った小保方氏の責任と考えられる。」「

同じく、「不正調査報告書からFES1に関する記載部分を削除した場合」ですので、学さんがあれこれ奇妙奇天烈な妄想を垂れ流している部分もあり得ない話ですね。
私の想定では、そもそも保存されたサンプルの解析に関する記載がないのですから、保存サンプルに関する間抜けな疑問なども出るはずがないのですよ。
あえて言うなら、そもそも不正調査とは疑義の挙がった点について不正があったかどうかを調査するものであり、残存サンプルの分析を不正調査の対象とするのは適正ではなかったという考え方もあり得ますね。 不正調査は不正調査でしっかりとまとめて(すなわち結論は全く今のものと同じ)、残存サンプルの解析結果は不正調査報告書とは切り離して、理研の責任で行った解析として報告した方がよかったのかもしれません。 まあ現実的にも、解析結果については不正調査という位置づけではなく英語論文で投稿されているのですけどね。
私の想定では、そもそも保存されたサンプルの解析に関する記載がないのですから、保存サンプルに関する間抜けな疑問なども出るはずがないのですよ。
あえて言うなら、そもそも不正調査とは疑義の挙がった点について不正があったかどうかを調査するものであり、残存サンプルの分析を不正調査の対象とするのは適正ではなかったという考え方もあり得ますね。 不正調査は不正調査でしっかりとまとめて(すなわち結論は全く今のものと同じ)、残存サンプルの解析結果は不正調査報告書とは切り離して、理研の責任で行った解析として報告した方がよかったのかもしれません。 まあ現実的にも、解析結果については不正調査という位置づけではなく英語論文で投稿されているのですけどね。

最後に、このことを再度指摘しておきますが、、
>まあ、STAP細胞がESであれば、レター論文のESとの比較実験は不可能であり、この結果の奇妙さがめだってくると思います。
>レター論文の遺伝子発現の図など、CD45, ES, STAP細胞で比較してますが、STAPがESなら、CD45, ES, ESの比較図になってしまいます。各細胞間で、結果が違うのはどうして?となります。
何度指摘しても理解されないようですが、、、
そんなES混入説なんていうのは誰一人として主張していませんよ。
学さんだけが脳内妄想で作り上げた珍説なんですよ。
ES細胞混入とされた実験は、テラトーマ作成実験とキメラ作成実験であり、stap細胞との比較実験にES細胞を混入したなんて気違い沙汰の考えをしている人はいません。
いい加減、気違い沙汰の妄想はやめてくださいね。
>まあ、STAP細胞がESであれば、レター論文のESとの比較実験は不可能であり、この結果の奇妙さがめだってくると思います。
>レター論文の遺伝子発現の図など、CD45, ES, STAP細胞で比較してますが、STAPがESなら、CD45, ES, ESの比較図になってしまいます。各細胞間で、結果が違うのはどうして?となります。
何度指摘しても理解されないようですが、、、
そんなES混入説なんていうのは誰一人として主張していませんよ。
学さんだけが脳内妄想で作り上げた珍説なんですよ。
ES細胞混入とされた実験は、テラトーマ作成実験とキメラ作成実験であり、stap細胞との比較実験にES細胞を混入したなんて気違い沙汰の考えをしている人はいません。
いい加減、気違い沙汰の妄想はやめてくださいね。



学さん
これも何度も何度も出てきた話で、いまだに学さんが理解できないことが信じられないのですが、、
>じゃあ、どうやって図表を作ったか?教えてくれませんか?GRASもだます方法は?
全てが明らかにされたわけではないので、推定になりますが、
例えば「メチル化実験」では、小保方氏は実験してGRASにサンプルを渡して解析を依頼し、GRASは解析結果を小保方氏に渡したのですが、小保方氏が論文の図表にする際にGRASの解析結果をそのまま使わず、おそらく画像ソフト等で手書きで白丸黒丸を作成して論文に載せました。
GRASは騙されたというか、まさか論文では渡した解析結果を勝手に別のものに書き換えていたなんて想像もできなかったということでしょう。
その他の実験でも同様のことで簡単に図表は作れますね。
例えばnanogやsoxなどの遺伝子発現のグラフ、実際の測定結果はどうであれ、グラフ作成時に数字をいじれば簡単に作成できます。
小保方氏が実験ノートを提出しなかったので不正・捏造と判定することはできなかったということが考えられますね。
これも何度も何度も出てきた話で、いまだに学さんが理解できないことが信じられないのですが、、
>じゃあ、どうやって図表を作ったか?教えてくれませんか?GRASもだます方法は?
全てが明らかにされたわけではないので、推定になりますが、
例えば「メチル化実験」では、小保方氏は実験してGRASにサンプルを渡して解析を依頼し、GRASは解析結果を小保方氏に渡したのですが、小保方氏が論文の図表にする際にGRASの解析結果をそのまま使わず、おそらく画像ソフト等で手書きで白丸黒丸を作成して論文に載せました。
GRASは騙されたというか、まさか論文では渡した解析結果を勝手に別のものに書き換えていたなんて想像もできなかったということでしょう。
その他の実験でも同様のことで簡単に図表は作れますね。
例えばnanogやsoxなどの遺伝子発現のグラフ、実際の測定結果はどうであれ、グラフ作成時に数字をいじれば簡単に作成できます。
小保方氏が実験ノートを提出しなかったので不正・捏造と判定することはできなかったということが考えられますね。

学さん
お願いしても無駄かもしれませんが、ちゃんと不正調査報告書を読んで、内容を理解してくださいね。
不正と判定されなかった多くの疑義についても記載されています。
その上で、こういう結論になっているのですから。
「STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録もほとんど存在しない。本当に行われたか証拠がない(行われなかったという証拠もない)実験も、いくつか存在する(細胞増殖率測定、Oct4-GFP を持つ FI 幹細胞の作製など)。」
「論文の図表の取り違え、図の作成過程での不適切な操作、実験機器の操作や実験 法の初歩的な間違いなど、過失が非常に多いという問題である。これも、図の作成や実験を行った小保方氏の責任と考えられる。」
お願いしても無駄かもしれませんが、ちゃんと不正調査報告書を読んで、内容を理解してくださいね。
不正と判定されなかった多くの疑義についても記載されています。
その上で、こういう結論になっているのですから。
「STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラマウス、テラトーマなどについて、作製後の解析を行ったのも大部分が小保方氏だが、その実験記録もほとんど存在しない。本当に行われたか証拠がない(行われなかったという証拠もない)実験も、いくつか存在する(細胞増殖率測定、Oct4-GFP を持つ FI 幹細胞の作製など)。」
「論文の図表の取り違え、図の作成過程での不適切な操作、実験機器の操作や実験 法の初歩的な間違いなど、過失が非常に多いという問題である。これも、図の作成や実験を行った小保方氏の責任と考えられる。」

RNAseqの「STAP細胞」サンプルにはES混入はないと皆さん考えていると思います。では、ここでの「STAP細胞」とは、どんなサンプルでしょう? 酸浴後のCD45+細胞(初期化が全く起きていないサンプル)と考えるならば、元のCD45+細胞に近く、ESやTSからは遠い遺伝子発現パターンを示すと予想されますが、Letter Fig 2i (Truseq)を見ると、STAPはCD45よりTSに近いように見えますね。Letter extended Fig 6d(SMARTer)だと更にESに近づきますが、どう理解するのでしょう? 今回の疑問点はここですね。
桂報告書を見ても、TruseqやSMARTerの「STAP」サンプルには、FI-SCで見られたような混ぜ物の痕跡は指摘されていません。Truseqの「STAP」サンプルはCAG-GFP(Acr/CAG-GFPではなく)挿入の129/B6ヘテロ系統と記載されており、もしESならば129B6F1ES1系になりますが、Letter Fig 2i (Truseq)を見る限り、この「STAP」サンプルはESからもかなり遠いです。
桂報告書を見ても、TruseqやSMARTerの「STAP」サンプルには、FI-SCで見られたような混ぜ物の痕跡は指摘されていません。Truseqの「STAP」サンプルはCAG-GFP(Acr/CAG-GFPではなく)挿入の129/B6ヘテロ系統と記載されており、もしESならば129B6F1ES1系になりますが、Letter Fig 2i (Truseq)を見る限り、この「STAP」サンプルはESからもかなり遠いです。

> 学とみ子さん
学さんって、自分で専門家ではないと表明している人に対しては、細胞が分かっていないとか見下した態度を取ることが多いですが、そもそも学さん自身は細胞を扱ったことも無いし、PCRがどういうものかも理解していないのではないですか?
だから、「解析とは、実験したことを意味しません。」なんていう実態と乖離した間抜けな言葉遊びをしてしまうように見えます。
先に私が例に挙げたnanogやsoxなどの遺伝子発現のグラフ(例えばFig.2B)ですが、学さんの定義では、これは「実験」ですか?「解析」ですか?
ね?
「解析とは、実験したことを意味しません。」という学さんが何度も書いていることが、如何に間抜けで無意味かがよくわかるでしょ?
無理かな???
学さんって、自分で専門家ではないと表明している人に対しては、細胞が分かっていないとか見下した態度を取ることが多いですが、そもそも学さん自身は細胞を扱ったことも無いし、PCRがどういうものかも理解していないのではないですか?
だから、「解析とは、実験したことを意味しません。」なんていう実態と乖離した間抜けな言葉遊びをしてしまうように見えます。
先に私が例に挙げたnanogやsoxなどの遺伝子発現のグラフ(例えばFig.2B)ですが、学さんの定義では、これは「実験」ですか?「解析」ですか?
ね?
「解析とは、実験したことを意味しません。」という学さんが何度も書いていることが、如何に間抜けで無意味かがよくわかるでしょ?
無理かな???

> 学とみ子さん
続いて、こちらですが、、
>>nanogやsoxなどの遺伝子発現のグラフ、実際の測定結果はどうであれ、グラフ作成時に数字をいじれば簡単に作成できます。
>こうしたエア実験が一流研究所で可能とは思えません。
あのーー、本当に学さんって、人が書いた内容が理解できないのですね。 エア実験なんて書いてませんけど。
メチル化実験のように、一応、STAP細胞(と称している謎の酸性瀕死細胞?)について、nanogなどの遺伝子発現を調べる実験はしたでしょうが、その結果をグラフ化する際に実際の測定値とは違う数字を使えば、簡単に「STAP細胞はES細胞並みに初期化関連遺伝子を発現している」ように見えるグラフは作成できる、と言ってるんですよ。
逆に、このような捏造が一流研究室ではできないという学さんの根拠を教えてほしいです。 単なる妄想、根拠なき思い込みでないのなら、ね。
続いて、こちらですが、、
>>nanogやsoxなどの遺伝子発現のグラフ、実際の測定結果はどうであれ、グラフ作成時に数字をいじれば簡単に作成できます。
>こうしたエア実験が一流研究所で可能とは思えません。
あのーー、本当に学さんって、人が書いた内容が理解できないのですね。 エア実験なんて書いてませんけど。
メチル化実験のように、一応、STAP細胞(と称している謎の酸性瀕死細胞?)について、nanogなどの遺伝子発現を調べる実験はしたでしょうが、その結果をグラフ化する際に実際の測定値とは違う数字を使えば、簡単に「STAP細胞はES細胞並みに初期化関連遺伝子を発現している」ように見えるグラフは作成できる、と言ってるんですよ。
逆に、このような捏造が一流研究室ではできないという学さんの根拠を教えてほしいです。 単なる妄想、根拠なき思い込みでないのなら、ね。


> 学とみ子さん
やはり学さんは実際の細胞実験などは全く知らないようですね。
キメラTCR解析やqPCRによる遺伝子発現実験は、小保方氏クラスの研究者なら自分でやりますよ。
メチル化実験の場合は、最後にシーケンサーが必要なので、その部分はGRASに解析依頼に出したということです。(そのおかげで、GRASに元データが残っていたため、メチル化実験は捏造であると判定できたのですが)
そして、いまだに学さんは私の意見を丸で理解していないので悲しいのですが、、 誰がPCRにかけようが、それをグラフ化して論文に絵記載するときにいじってしまえば、ほとんどの論文のグラフ類は捏造できるんですよ。
学さん、もう一度聞きますよ、逃げずに答えてくださいね。
逆に、そのような捏造が一流研究室ではできないという学さん意見のの根拠を教えてほしいです。 単なる妄想、根拠なき思い込みでないのなら、ね。
やはり学さんは実際の細胞実験などは全く知らないようですね。
キメラTCR解析やqPCRによる遺伝子発現実験は、小保方氏クラスの研究者なら自分でやりますよ。
メチル化実験の場合は、最後にシーケンサーが必要なので、その部分はGRASに解析依頼に出したということです。(そのおかげで、GRASに元データが残っていたため、メチル化実験は捏造であると判定できたのですが)
そして、いまだに学さんは私の意見を丸で理解していないので悲しいのですが、、 誰がPCRにかけようが、それをグラフ化して論文に絵記載するときにいじってしまえば、ほとんどの論文のグラフ類は捏造できるんですよ。
学さん、もう一度聞きますよ、逃げずに答えてくださいね。
逆に、そのような捏造が一流研究室ではできないという学さん意見のの根拠を教えてほしいです。 単なる妄想、根拠なき思い込みでないのなら、ね。
> yap*ari*w*katt*na*さん
>見下した態度を取ることが多いですが、そもそも学さん自身は細胞を扱ったことも無いし、PCRがどういうものかも理解していないのではないですか?
実験の現場にいない人にはわからないと考えは甘いですよ。
相手が専門家でなくても、ここまでは相手は想像している、理解していると、あなた自身で考えないといけないわね。あなたは、そこができてないから、やたら学とみ子を否定してしまうのよ。
あなたと私は、知識を得るルートが違うの。
あなたは、実験の現場にいた方なのでしょう?すでのOBかもしれないけど、専門家でない!と言ってる理由は、なぜ?
専門家というのは、えてして、そこしか知らない人です。
あなたが扱ってきたマウスの実験で、TCRなんて必要ないでしょうし。
ご自身を基準にして、他人を否定ばかりしていると、相手の理解の程度を間違えますよ
>見下した態度を取ることが多いですが、そもそも学さん自身は細胞を扱ったことも無いし、PCRがどういうものかも理解していないのではないですか?
実験の現場にいない人にはわからないと考えは甘いですよ。
相手が専門家でなくても、ここまでは相手は想像している、理解していると、あなた自身で考えないといけないわね。あなたは、そこができてないから、やたら学とみ子を否定してしまうのよ。
あなたと私は、知識を得るルートが違うの。
あなたは、実験の現場にいた方なのでしょう?すでのOBかもしれないけど、専門家でない!と言ってる理由は、なぜ?
専門家というのは、えてして、そこしか知らない人です。
あなたが扱ってきたマウスの実験で、TCRなんて必要ないでしょうし。
ご自身を基準にして、他人を否定ばかりしていると、相手の理解の程度を間違えますよ

学さん
まあ、日本語が読めないのだから仕方ないか。
いいですか。 学さんはこんなことを書いたわけですね。
「例えば、キメラTCR解析において、これがキメラ尻尾DNAですと、実験者が間違って解析者に渡し、その解析者がゲルに流したら、その先の評価は間違えます。」
この実験で、実験者と解析者が別人という想像をすること自体、全く実験現場を理解していないということを指摘しているのですよ。
>相手が専門家でなくても、ここまでは相手は想像している、理解していると、あなた自身で考えないといけないわね。
はい、学さんの多くの言動から、学さんはPCRすら理解していないレベルだということを推定しています。 違ってますか???
>専門家というのは、えてして、そこしか知らない人です。
>ご自身を基準にして、他人を否定ばかりしていると、相手の理解の程度を間違えますよ
この言葉は、自分がアレルギー専門医だと言って、全く見当違いの免疫学におけるTCR再構成の話を持ち出して、他の人が分かっていないと決めつけて偉そうにしてた、学さんにお返しします。
まあ、日本語が読めないのだから仕方ないか。
いいですか。 学さんはこんなことを書いたわけですね。
「例えば、キメラTCR解析において、これがキメラ尻尾DNAですと、実験者が間違って解析者に渡し、その解析者がゲルに流したら、その先の評価は間違えます。」
この実験で、実験者と解析者が別人という想像をすること自体、全く実験現場を理解していないということを指摘しているのですよ。
>相手が専門家でなくても、ここまでは相手は想像している、理解していると、あなた自身で考えないといけないわね。
はい、学さんの多くの言動から、学さんはPCRすら理解していないレベルだということを推定しています。 違ってますか???
>専門家というのは、えてして、そこしか知らない人です。
>ご自身を基準にして、他人を否定ばかりしていると、相手の理解の程度を間違えますよ
この言葉は、自分がアレルギー専門医だと言って、全く見当違いの免疫学におけるTCR再構成の話を持ち出して、他の人が分かっていないと決めつけて偉そうにしてた、学さんにお返しします。

そうそう、PCRで思い出した。
これは本記事とは全く関係のない、連絡事項です。
阿塁未央児さんが執拗にLさんに絡んでいる件ですが、、
もしかすると土曜日にteabreakt2さんのブログに書かれたLさんの回答を読んでいないのかと思われたので、一言。
(学さんのブログは見ているようですからね)
「マウス末梢血中の白血球数は、1mm3あたり5000-10000個くらいです。マウスの末梢血はヒトと違ってリンパ球優位なので」という一言で、阿塁未さんが必死にヒトの数字を使った計算は、軽く切り捨てられていますね。
まあ要点は、PCRでは微量のコンタミも検出してしまうし定量性が低いので、サザンにしてネガコンを置けば微量のコンタミは科学的に無視できるという話なので、(キメラ寄与率1/100とかでなければ)サザンでバンドが見れるだろうという査読者の指摘も妥当なものでしょうな。
これは本記事とは全く関係のない、連絡事項です。
阿塁未央児さんが執拗にLさんに絡んでいる件ですが、、
もしかすると土曜日にteabreakt2さんのブログに書かれたLさんの回答を読んでいないのかと思われたので、一言。
(学さんのブログは見ているようですからね)
「マウス末梢血中の白血球数は、1mm3あたり5000-10000個くらいです。マウスの末梢血はヒトと違ってリンパ球優位なので」という一言で、阿塁未さんが必死にヒトの数字を使った計算は、軽く切り捨てられていますね。
まあ要点は、PCRでは微量のコンタミも検出してしまうし定量性が低いので、サザンにしてネガコンを置けば微量のコンタミは科学的に無視できるという話なので、(キメラ寄与率1/100とかでなければ)サザンでバンドが見れるだろうという査読者の指摘も妥当なものでしょうな。
> yap*ari*w*katt*na*さん
>実験者と解析者が別人という想像をすること自体、全く実験現場を理解していない
実験現場を知らない事と、ES説破綻は関係ないです。実験者だけしかわからないとたかをくくっているところが、すでにあなたの考えの破綻です。
私からの指摘に何も答えられていないではないですか?
今度の私の記事を見て、しまった❗️と思ったでしょう。
普通は、実験者の一連の作業だろうと思うけど、成果について秘密にしたい場合やら、他の研究者にあれこれ言われないようにしたいとか、第三者にはわからない実験者の事情があるかもしれません。
私が実験現場を知らない素人だから、別の手順の実験と私は言ってるのでありません。
ホント、こんな事まで、私に言わせてなんなの?
あなたは、私が理解している事を知ってるくせして、学とみ子をバカバカ言ってるじゃない。
そんなヤッパリ氏を、はなさんが擁護してるわ。大事にしたら。
>実験者と解析者が別人という想像をすること自体、全く実験現場を理解していない
実験現場を知らない事と、ES説破綻は関係ないです。実験者だけしかわからないとたかをくくっているところが、すでにあなたの考えの破綻です。
私からの指摘に何も答えられていないではないですか?
今度の私の記事を見て、しまった❗️と思ったでしょう。
普通は、実験者の一連の作業だろうと思うけど、成果について秘密にしたい場合やら、他の研究者にあれこれ言われないようにしたいとか、第三者にはわからない実験者の事情があるかもしれません。
私が実験現場を知らない素人だから、別の手順の実験と私は言ってるのでありません。
ホント、こんな事まで、私に言わせてなんなの?
あなたは、私が理解している事を知ってるくせして、学とみ子をバカバカ言ってるじゃない。
そんなヤッパリ氏を、はなさんが擁護してるわ。大事にしたら。



ため息ブログというのは、ことさら、他人のミスを強調したり(KCLの件)、自らの無知からくる誤解を正しいと信じ、さらにふれまわる人たちが集まっているようです。
まあ、世界の学者3人が揃いも揃って、新人女性に騙されたといってはばからない人たちなので、仕方ないことかもしれません。
体内時計さんの脳内は、常に戦略を立てているようです。旅先で思うのもアンチSTAPですか?
体内時計さん、こんなことをおっしゃっています。
>科学リテラシーのないSTAP擁護者によって誤用され、広められていたことは、日本人として恥ずかしかったですが、
他の人にこのエピソードをしゃべったら、何のこと?って聞かれませんでしたか?
恥ずかしいのは、もっと別にあるでしょう?
>それぞれ異なる性質を持つ3種類の細胞だったということでしょうか。
不思議ですね。
何が不思議なのか?こちらが聞きたいです。STAP細胞がどのような質のものか?彼女は、何もわかっていないのでしょう。
まあ、こうしたQ&Aのネタを提供してくれるので、ため息ブログはありがたいとは思います。
まあ、世界の学者3人が揃いも揃って、新人女性に騙されたといってはばからない人たちなので、仕方ないことかもしれません。
体内時計さんの脳内は、常に戦略を立てているようです。旅先で思うのもアンチSTAPですか?
体内時計さん、こんなことをおっしゃっています。
>科学リテラシーのないSTAP擁護者によって誤用され、広められていたことは、日本人として恥ずかしかったですが、
他の人にこのエピソードをしゃべったら、何のこと?って聞かれませんでしたか?
恥ずかしいのは、もっと別にあるでしょう?
>それぞれ異なる性質を持つ3種類の細胞だったということでしょうか。
不思議ですね。
何が不思議なのか?こちらが聞きたいです。STAP細胞がどのような質のものか?彼女は、何もわかっていないのでしょう。
まあ、こうしたQ&Aのネタを提供してくれるので、ため息ブログはありがたいとは思います。


一研究者ブログでの遠藤先生の 胚様体(EB )コメント、ほぼオンタイムで見てました。この仮説については、遠藤先生の論文内では全く触れられていないので、エビデンスとしては、「あの日」「捏造の科学者」と同じレベルでしょう? どの程度、1週のEBの遺伝子発現と類似しているのか、データを示してもらえないと、断定的には言えませんよね。一概にEBといっても、培養条件や使うES細胞の種類によって分化状態はバラつくと思われますし、同じ条件でも培養ごとにバラつきます( 少なくとも、昔の自分の経験では)。STAP細胞塊の形態がEBと酷似するとは私は思いませんし、もしそうなら若山先生は気付かれたと思いますけどね。あと、EBとした場合、その遺伝子発現が、ESよりTSに近いというのも、しっくりこない感じがしますね。
遠藤先生に関しては、一研究者ブログのブログ主さんから、かなり厳しいご意見が出ていたと思いますよ。私の考えは一研究者のブログ主さんに近いですので、議論が尽くされたとは思っていませんが、今この議論して意味があるとも思ってないので、この辺りで。
遠藤先生に関しては、一研究者ブログのブログ主さんから、かなり厳しいご意見が出ていたと思いますよ。私の考えは一研究者のブログ主さんに近いですので、議論が尽くされたとは思っていませんが、今この議論して意味があるとも思ってないので、この辺りで。


ooboeさん
なにも心配などしてはおりませんな。
少し法律に詳しい人に聞いてごらんなさいな。桂報告によって実体的な処分をされた人がいて、またそれらの人には調査されたが処分なしとなった事柄もあるわけです。これらの人たちをさらに裁くのは「二重の危機の禁止」といって許されないというのが法の基本精神です。だから処分された本人ならともかく部外者が桂報告を見直して処分を再考すべきなどという請求をしても、なにも起こらないでしょう。
だから貴方がたには、貴方がたが被った不利益に関してだけ、審査請求することができるだけですと、そういう回答が返ってくるだけですよ、貴方がたが請求したのなんのとWEBで触れ回るのはご立派な証拠だかなんだかの弾を無駄撃ちにするだけですと言っているだけですな。
どんどんおやんなさいな。
なにも心配などしてはおりませんな。
少し法律に詳しい人に聞いてごらんなさいな。桂報告によって実体的な処分をされた人がいて、またそれらの人には調査されたが処分なしとなった事柄もあるわけです。これらの人たちをさらに裁くのは「二重の危機の禁止」といって許されないというのが法の基本精神です。だから処分された本人ならともかく部外者が桂報告を見直して処分を再考すべきなどという請求をしても、なにも起こらないでしょう。
だから貴方がたには、貴方がたが被った不利益に関してだけ、審査請求することができるだけですと、そういう回答が返ってくるだけですよ、貴方がたが請求したのなんのとWEBで触れ回るのはご立派な証拠だかなんだかの弾を無駄撃ちにするだけですと言っているだけですな。
どんどんおやんなさいな。

体内時計さんのコメントリンクで、桂調査委の報告会見ビデオを久しぶりに見ました。ここを蒸し返す意味があると思っている人はほとんどいないと思いますが、学さんのように、その解釈について再考したいと思う人がおられれば、それを尊重したいとも思います(意味があるかどうかは別にして)。考え直すところがない完璧な報告がなされたと思っている人も、あまりいないのではないでしょうか? 皆さんが一方的にたたくから、矛盾点について口を挟みたくなるんですよ。黒か白かではないですから。
ここでの伊藤氏のコメントで重要なのは、残っていたCHIP-seq inputのサンプルを30x 読み直して評価可能なデータにした点だけでしょう。RNA-seqについては、一般論として、遺伝子をコードする領域(かつ一定量以上の発現がある領域)に限定した解析になるので、SNVによる細胞同一性の評価に用いるのは危険である事を再確認しているだけです。このコメントは、RNA-seqデータを用いたSNV解析に依存している遠藤先生の論文に対するアンチテーゼのように、私には感じられます。
ここでの伊藤氏のコメントで重要なのは、残っていたCHIP-seq inputのサンプルを30x 読み直して評価可能なデータにした点だけでしょう。RNA-seqについては、一般論として、遺伝子をコードする領域(かつ一定量以上の発現がある領域)に限定した解析になるので、SNVによる細胞同一性の評価に用いるのは危険である事を再確認しているだけです。このコメントは、RNA-seqデータを用いたSNV解析に依存している遠藤先生の論文に対するアンチテーゼのように、私には感じられます。

当然ですが、RNA-seqは網羅的な遺伝子発現解析には 極めて有用です。Letter論文における系統樹の作成などは、遺伝子発現パターン(SNVではなく)に基づく解析ですよね。TruseqやSMARTerの解析で用いられたサンプルや結果(SNVではなく遺伝子発現パターン)の解釈に関して、伊藤氏から何らかのコメントがあったのであれば、興味深いですが、私にはそのようなコメントは見出せませんでした。この動画のどこかにありますか?
この動画では、伊藤氏のコメントの後、宮田さんが本質的な質問をされてます。この質問に対する桂先生の回答、及び桂報告書の「まとめ」の後半部分、を研究者は自分事として考えるべきです。一個人の不正問題よりも、はるかに重要な問題と、個人的には思っています。
この動画では、伊藤氏のコメントの後、宮田さんが本質的な質問をされてます。この質問に対する桂先生の回答、及び桂報告書の「まとめ」の後半部分、を研究者は自分事として考えるべきです。一個人の不正問題よりも、はるかに重要な問題と、個人的には思っています。

Lさん
残念ですがここでは猫に小判みたいですよ。
個人的な意見を言えば、Lさんがこだわっているのは所詮、どのようにして得られたのか作った本人が証言をいいかげんににごしている細胞の解析結果ですよ。科学的究明を阻んだのは、理研もプレイヤーとして重要ですが、結局のところ小保方氏その人ではありませんか。思いやってあげる必要がどこにあるのです?
私が今でも若干態度を決めかねるのは、代理人の雇い主がご本人ではない可能性があるからですが、グラビアにご出演されたりしてるみたいなのでその線も随分と薄いものになりました。
多くの人が簡単に一つを信じることに何か言いたいキモチはなんとなくわかります。
信じるなんていうのはカガクじゃない。でもまあそれさえも過ぎ去ってしまったかも。
残念ですがここでは猫に小判みたいですよ。
個人的な意見を言えば、Lさんがこだわっているのは所詮、どのようにして得られたのか作った本人が証言をいいかげんににごしている細胞の解析結果ですよ。科学的究明を阻んだのは、理研もプレイヤーとして重要ですが、結局のところ小保方氏その人ではありませんか。思いやってあげる必要がどこにあるのです?
私が今でも若干態度を決めかねるのは、代理人の雇い主がご本人ではない可能性があるからですが、グラビアにご出演されたりしてるみたいなのでその線も随分と薄いものになりました。
多くの人が簡単に一つを信じることに何か言いたいキモチはなんとなくわかります。
信じるなんていうのはカガクじゃない。でもまあそれさえも過ぎ去ってしまったかも。

Plusさん
どうも有難うございます。思いやっているわけではないんですが、アンフェアな感じがするんですよね。特に、本人が研究者として再起したいと思っていた場合には。ただし、今のご本人の様子を見ると、これで良かったのかもしれないとも思いますよ。
一方で、純粋に科学の議論の場と考えた場合は、科学者としての姿勢を示したいと思うんですよ。バイアスを可能な限り除外して、如何に真実に近づいていくか、というような、日頃やっている事です。自分の中にある思い込みを如何に処理して、予想外の展開と付き合うか、とも言えますね。
STAPで本当に驚いたのは、一般の方々のパッションで、これは科学者としては本当に嬉しい事なんですよ。Plusさんもそうですが、やっぱりさん、体内時計さん、アルイミさんの様に、自分で考える科学的思考回路を持ってらっしゃる一般の方とは、私も科学者として対峙したいと思っています(ある程度相手を選んでます)。私は小判ではないですが、彼らも猫ではないですよね。
ため息さんのところには入れなくなった様なので、ちょっと苦労してます。
どうも有難うございます。思いやっているわけではないんですが、アンフェアな感じがするんですよね。特に、本人が研究者として再起したいと思っていた場合には。ただし、今のご本人の様子を見ると、これで良かったのかもしれないとも思いますよ。
一方で、純粋に科学の議論の場と考えた場合は、科学者としての姿勢を示したいと思うんですよ。バイアスを可能な限り除外して、如何に真実に近づいていくか、というような、日頃やっている事です。自分の中にある思い込みを如何に処理して、予想外の展開と付き合うか、とも言えますね。
STAPで本当に驚いたのは、一般の方々のパッションで、これは科学者としては本当に嬉しい事なんですよ。Plusさんもそうですが、やっぱりさん、体内時計さん、アルイミさんの様に、自分で考える科学的思考回路を持ってらっしゃる一般の方とは、私も科学者として対峙したいと思っています(ある程度相手を選んでます)。私は小判ではないですが、彼らも猫ではないですよね。
ため息さんのところには入れなくなった様なので、ちょっと苦労してます。