2018-11-20 狸氏ブログで、本庶佑先生 「STAP論文、ノーベル賞受賞者はこう考える。」との新エントリ記事が出た。http://giveme5.hateblo.jp/
本庶佑先生による過去の文章の紹介である。
以前からの知られているものだが、学とみ子が全文を読んだのは初めてである。
狸氏の考えも入っているので、学とみ子ブログの場でも、感慨深いこの文章について紹介したい。
このインタビュー文章が発表されたのは2014年7月であり、STAP幹細胞やキメラなどがES細胞に由来すると結論付けられる前の事とのこと。
大事な部分についての学とみ子バージョンです。
本庶佑先生の文章です。青字
＞。客観的データを積み上げて論文全体の評価を行い、著者全員の貢献の内容に応じて責任を明確にさせる必要があります。
＞。客観的データを積み上げて論文全体の評価を行い、著者全員の貢献の内容に応じて責任を明確にさせる必要があります。
＞論文が発表された後、捏造を含む重大な誤りが見つかった場合には著者全員がその仕事の内容に応じて責任を負います。現時点では捏造であるということは誰も認めていません。これに関しては客観的な証拠で検証していく必要があります。筆頭著者だけが責任を負うというのは公正な判断ではありません。まず小保方はこれまであまり多くの論文発表をしていませんので、この論文の作成と実験、プロジェクトの企画にも係わっていた上司の責任は最も重いはずです。
少なくともここを読むと、小保方氏責任より、その上司の責任追及を主体に問題視しているように読めます。特に笹井氏の責任を追及しているように読めます。
もしかすると、本庶氏にとって、同窓の笹井氏に対しては、より厳しくあったのかもしれません。
本庶氏の文章です。
＞実は、大変驚いたことに再現性に疑問が浮上した後に(3 月 5 日)小保方、笹井、丹羽によるプロトコール即ち STAP 細胞を作成するための詳細な実験手技を書いたものが、ネイチャー・プロトコール・エクスチェンジというネット誌に発表されました。これには、STAP 細胞として最終的に取れた細胞には T 細胞受容体の再構成が見られなかったと明確に書いてあります。その根本のデータが全く逆であるとプロトコールでは述べており、捏造の疑いが高いと思います。
＞捏造かどうかの検証として、最も急いでやらなければならないことは、やったと書いてありながらデータが示されていない STAP 細胞から生まれた動物の細胞中の T細胞受容体遺伝子の塩基配列の分析、またすでに存在している STAP 細胞の塩基配列を調べることです。これを公表すれば、STAP 細胞という万能細胞がリンパ球から変換したのかどうかに関しては明確な回答が得られます。その結果で意図的な捏造があったかどうか確証できます。
＞実は、大変驚いたことに再現性に疑問が浮上した後に(3 月 5 日)小保方、笹井、丹羽によるプロトコール即ち STAP 細胞を作成するための詳細な実験手技を書いたものが、ネイチャー・プロトコール・エクスチェンジというネット誌に発表されました。これには、STAP 細胞として最終的に取れた細胞には T 細胞受容体の再構成が見られなかったと明確に書いてあります。その根本のデータが全く逆であるとプロトコールでは述べており、捏造の疑いが高いと思います。
＞捏造かどうかの検証として、最も急いでやらなければならないことは、やったと書いてありながらデータが示されていない STAP 細胞から生まれた動物の細胞中の T細胞受容体遺伝子の塩基配列の分析、またすでに存在している STAP 細胞の塩基配列を調べることです。これを公表すれば、STAP 細胞という万能細胞がリンパ球から変換したのかどうかに関しては明確な回答が得られます。その結果で意図的な捏造があったかどうか確証できます。
キメラに関しては、T細胞からできたと証明するべき、論文にキメラのTCRを調べたとあるのに、結果が無いのはおかしいと書かれている。
体細胞がTCR再構成をもつキメラがあれば、それをすぐ解析し発表せよ！と本庶氏が書いている点が注目される。
実は、吉村氏も1-2個のTCRをもったキメラ動物ができるかのような言い方をしている。
一研究者さんも、STAP論者さんも、体細胞にTCRは証明されるべきと考えていた。
体細胞がTCR再構成をもつキメラがあれば、それをすぐ解析し発表せよ！と本庶氏が書いている点が注目される。
本庶氏は、論文に書かれていないＴ細胞キメラがあると考えていたのだろうか？
もし、できていれば、論文にしっかり書くだろう。
なぜ、本庶氏は、このような言い方をしたのか？
ここには、研究界の限られた人達しか知らない理由があるのかもしれない。
実は、吉村氏も1-2個のTCRをもったキメラ動物ができるかのような言い方をしている。
吉村氏の文章では、元Ｔ細胞から体細胞が作られるための前提条件が書かれているが、ここを読み取れる人は少なかったはずだ。
そして、その前提条件とは、クリアできるものには思えない。
1-2個の元Ｔ細胞が大きく増殖するはずとの条件である。
難しい実験というより、可能性の極めて低い実験なのだと私は想像する。
一研究者さんも、STAP論者さんも、体細胞にTCRは証明されるべきと考えていた。
しかし、元Ｔ細胞からキメラができるのか？
論文では、ソートして集めてきたＴ細胞を注入したとはかかれていない。
ＳＴＡＰ論者さんは、ソートして集めてきたＴ細胞を酸浴させたと言っていた。
この分画細胞で凝集塊は作製されてＴＣＲ実験も行えたが、多分、元ＴのＳＴＡＰ細胞で試みた結果ではキメラはできなかったのだろう。
こうした失敗実験については、論文には紹介がない。
論文発表後、ＳＴＡＰ細胞の質に関する議論は全くされなかった。
酸浴では初期化しても、増殖能力は獲得できない事が、他の多能性細胞との違いである点を、小保方氏は何度も強調していた。
ところが、生体内条件（子宮内）に移すことにより、ＳＴＡＰ細胞は増殖能を獲得することができたのである。
増殖能を獲得させたのは、若山氏の技術である。
ＳＴＡＰ細胞において、元Ｔ細胞からキメラが作られなくてはいけないとの命題は、その必然も無ければ、臨床応用への展望もない。
ネーチャが通さないと言っているわけでもない。
しかし、世論はそうなった。
ＴＣＲ実験結果のないキメラ実験をもって、ＳＴＡＰ細胞はねつ造の象徴になったのである。
なぜ、最難関突破の実験結果を、ＳＴＡＰ細胞は要求されたのか？
本庶氏の言葉でも、Ｔ細胞キメラがあるかのような言い方をしていた点が気になる。
ＴＣＲ再構成された細胞でも、キメラができるはずという人たちがいる。
しかし、できるとの根拠となると、TCR遺伝子挿入マウスとか、iPS細胞を例にだしてくるだけだ。
しかし、できるとの根拠となると、TCR遺伝子挿入マウスとか、iPS細胞を例にだしてくるだけだ。
細胞学の専門家なら、Ｔ細胞がそのままでは増殖が止まるとの事実を知っているのだから、Ｔ細胞キメラについては、それなりの見解を示しても良い。
酸浴による初期化では増殖能が無いことを考えれば、すでにＥＳ並みではないのだ。
ＥＳ並みでないＳＴＡＰ細胞において、さらに増殖能力の無いＴ細胞からキメラができるはずとの結論など、容易に導けるわけではない。
酸浴とは、初期化の質はどのような実態なのか？に関しては全く解明されていない。
酸浴による初期化現象を、細胞変化として積極的に論じようとする人はいない。
ＳＴＡＰ細胞が新規の細胞として議論されることはなかった。
最初にねつ造ありきになってしまったのである。
生命現象の大事なポイントとして、初期化の質の違いに注目するとの考えの学者はいる。
実際には、いろいろ考えている研究者がいたとしても、こうした事態となった以上、そこを論じる研究者たちが口を開かないのだと思う。
狸氏の記事最後の文章です。茶字
＞Nature論文には「STAP細胞についてTCR再構成について調べた結果、再構成は見られた」と書かれている。 Nature の査読者は同じ論文にそのSTAP細胞から作られた「キメラマウスの細胞についてもTCR再構成について調べた」と書いてあるので、てっきり「キメラマウスでも再構成が見られた」と勘違いしたのではないか。Nature の査読者にそう勘違いさせるには「キメラマウスの細胞についてTCR再構成について調べた」と書くことが必要だ、笹井さんはそう思ったのである。
＞Nature論文には「STAP細胞についてTCR再構成について調べた結果、再構成は見られた」と書かれている。 Nature の査読者は同じ論文にそのSTAP細胞から作られた「キメラマウスの細胞についてもTCR再構成について調べた」と書いてあるので、てっきり「キメラマウスでも再構成が見られた」と勘違いしたのではないか。Nature の査読者にそう勘違いさせるには「キメラマウスの細胞についてTCR再構成について調べた」と書くことが必要だ、笹井さんはそう思ったのである。
査読者は、その使命感から論文の本文のみならず図表をしっかり見る。
キメラはT細胞からできたことは証明されていないことはすぐわかる。
言葉ひとつでプロはだまされたりしない。
査読者をだましたり、編集部をだましたりはできない。
メソッドでキメラでＴＣＲを調べたと書いてあるが、ＴＣＲシークエンスしたとは書いてあるのはＳＴＡＰ細胞においてだけである。
酸に漬けない細胞からはキメラはできず、酸に漬けた細胞からはキメラができた。
注入細胞から各臓器が構成された若山氏作製のキメラ作製を評価して、ネーチャーは論文をアクセプトしたのである。
体内から発見される多能性を秘めた細胞は、将来の医学への貢献は未知だ。
ミューズひとつ発見されたなら、次は皆クズというわけではない。
次のスターが現れるなら、ネーチャはアクセプトするだろう。
コメント（39）
学さんは、小保方さんは何らかの発見をしたし、それはネイチャーにアクセプトされる価値のあるものだ、と主張したいのかもしれません。
それは取りも直さず、小保方さんのSTAP論文のままでは適切な主張となっていなかったことを意味します。また、STAP論文に小保方氏の不正があったこと、STAP幹細胞がESのコンタミで全て説明できること、の結論に何ら影響はありません。
STAP論文と異なった主張をしたいのなら、実験でも何でもご自由にやればいいのです。論文を書き直して提出することは誰も止めません。学さん説を科学的に主張する人がどこにもいない段階で、素人が正しいとか間違っているとかいうことは、1ミリの生産性もありません。もちろん、おままごととしての楽しみは否定しません。
>ＴＣＲ実験結果のないキメラ実験をもって、
それでは、特許申請書類に捏造があったと、ということでいいわけだ。
世の中はそう思っていますから、それでいいです。めでたしめでたし。
日本では却下、米国でも多能性は取り下げられて、名前もデノボ細胞に変わってあと首の皮一枚。
上記お二人様、コメントアップされるなると、少しは悪口度合いが薄めてもらえるでしょうか？
アップされないから、安心してこれだけ気合い入れて攻撃してくるのかも－－－－｡
悪口ばかり書いてると、論客として認められないですよ。
>ＴＣＲ再構成された細胞でも、キメラができるはずという人たちがいる。
>しかし、できるとの根拠となると、TCR遺伝子挿入マウスとか、iPS細胞を例にだしてくるだけだ。
いろいろな人の意見をよく読んだほうがいいですよ。
できるはずなんて誰も言っていないでしょう。できないとする根拠がないと言っているのだと思いますよ。
そもそも、実際のSTAP細胞実験において、ESで捏造が行われたというスタンスであるならば、TCRの実験は論文や特許書類で書かれているようには行われていないという見方になるのですが。これはお分かり？
STAP論文の著者は、その実験が可能という立場を取っており、皆さんは、それが不可能であるとする根拠の持ち合わせがないと、そう言っているだけなのですが。
著者らが不可能であると承知しながら「行った」と論文や特許書類に書いたら不正になる、これはお分かり？
本当に初歩的な論理の問題なのですが。
理研に所属してから発表した訳で個人で出した論文とはいえず、最終的には笹井さんが書き直したから実質的には笹井さんの論文と思うけど。
・最初は光らない酸浴細胞が段々光り出すのは何故？
・電子顕微鏡写真の1/2サイズの細胞は何？
・光る胎盤は？
・塊で入れないと出来なかった理由は？
取り敢えず4つ。
それぞれごく簡単にですが。
>・最初は光らない酸浴細胞が段々光り出すのは何故？
>・電子顕微鏡写真の1/2サイズの細胞は何？
この2つが観測されたその細胞でキメラやテラトーマが作られたという確かな事実はあるでしょうか？
それがないのなら、その細胞には多能性があると証明されていませんので別にES細胞であろうとは誰も断言しないと思います。
細胞をほとんどが死滅するような化学薬品に浸すといろいろなことが起こるでしょう。それはそれだけの話。
（つづく）
チラ見さん
>・光る胎盤は？
ES細胞で作ったキメラの胎盤も少しは光るので。だから慎重になるようにと若山氏も言ったのではありませんでしたか？誤認がおこりやすい物だということですね。
2014年4月の小保方氏の会見では確かにその胎盤を保存していると言っていますが、何故「なかった」という調査報告に不服申し立てしなかったのでしょうかね。不思議ですね。
>・塊で入れないと出来なかった理由は？
ある人がある時期からES混入を始めた。それまでは混入していないとする。
さて、塊で入れるように方法を変更することは事前に誰も知らなかったか？
また、塊で入れることに変更された第一回目から成功したのだろうか？
この二つとも明確なyesでないなら、急に成功しだしてもなんの不思議もないのですね。
方法を変えたので良い機会だと混入を始めたそれだけですね。
このような質問が出る時点で、以下のことがなされていないようです。
・ES混入前段階とES混入後段階の区別
・何がデータで裏付けられており、何が裏付けられていないかの区別
・不正調査の目的と範囲の理解
・「説明できる」ことと「証明された」ことの区別
私の主張(桂報告書の結論に影響はない+ES混入ではないと主張する側がデータを持って裏付ける責任と権利を有する)に対する反論になっていません。
「小保方氏はただ若山研究室の研究員として実験しただけ。」ご冗談でしょ。パートタイムの技術職員ではないですよ、ちゃんと博士号を持った（当時）研究者ですよ。命令されたことだけを実施したわけではないでしょうが。
「ハーバード大とのしからみ」「東京女子医大の先生への配慮」がどのように彼女の行動に影響したのか具体的に書いていただかないとね。想像力の問題ではないのです。
学とみ子さんは都合の悪いことには返事をしないから、学とみ子さんをサポートする どうしようもない さん が心配することではないでしょ。
> チラ見さん
とりあえずの４つのうちの最初の３つはさんざん議論されてきたことです。調べてから遡上に乗せるのがいいのではないでしょうか。
魂で入れるとはなんでしょ？魂で何かを入れても魂がなく入れてもES細胞だったという結論になんら影響はありません。
おや、まあ。
反論じゃなく、ESコンタミで全て説明つくというので、私がESコンタミでは説明つかないなと思った点をちょっと挙げただけなんですけど。やっぱり、あなたも説明出来ないということですね。了解しました。
で、その結果、論文にはちゃんと光る胎盤を載せたということですよね。
調査委員会は光る胎盤がなくなっていたとは言ってないです。光る胎盤自体を調べたとは言ってないだけ。まあ、ESコンタミでけりをつけたいですから、都合が悪いものは調べないでしょう。
光る胎盤については丹羽さんが、胎盤の切片を顕微鏡で自分の目で確認したことが実験に参加した一番の動機になったと話してますし、光る胎盤があったのは確かです。また、それは丹羽さんが興味を示す物でESのような物ではなかったということになり、ここでもESコンタミは絶望的ですな。
だから、これが不正調査の目的と範囲を理解されていない証拠なのです。あなたが「説明がつかないと思った」ではダメなんです。それがきちんとした実験データで裏付けられていることが必要です。調査委員会による「説明がつく」とはそういうことで、証明までは求められていない。一方、著者らは積極的証拠でESと異なることを証明する必要がある。なので、あなたが説明がつかないと「思った」点は、どれだけのデータで裏付けられていますか？ということです。個々の考えうる反論については、他の方も書かれているので私より足すことは特にありません。
>で、その結果、論文にはちゃんと光る胎盤を載せたということですよね。
>調査委員会は光る胎盤がなくなっていたとは言ってないです。光る胎盤自体を調べたとは言ってないだけ。まあ、ESコンタミでけりをつけたいですから、都合が悪いものは調べないでしょう。
前のコメントは確かに悪文でしたね。すいません。
報告書には物体がなくなっていたとは書いてないです。
キメラとESでこれだけ違うという証明が最初から論文に記載されて「なかった」のですね。
若山氏はESでやってみたら結構光ると言っているわけです。
光る胎盤の写真はありますが、コントロールのESで行った写真がない。両方ともSTAPから作ったという写真なのですね。差が示されていないのです。だから胎盤が光っている写真は意味がない。
ありありと差があるのなら、取り違えたりするものでしょうかね。
物体が保存してあるので証明できる、と会見で主張したのは小保方氏なのですね。調査委になぜ提出しなかったのでしょうか。
提出しても調査委が調べなかったのなら、そう公表すればよかったのですね。
>光る胎盤については丹羽さんが、胎盤の切片を顕微鏡で自分の目で確認したことが実験に参加した一番の動機になったと話してますし、光る胎盤があったのは確かです。また、それは丹羽さんが興味を示す物でESのような物ではなかったということになり、ここでもESコンタミは絶望的ですな。
teabreakt2さんのブログ（ttps://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/17178980.html）に引用されている丹羽氏の会見によれば、丹羽氏は
(つづく)
(つづき)
「自分自身もその点は、実験に参画した上で最も強いモチベーションだったので、・・・GFPの自家蛍光の問題は、免疫染色等で確認すべきだとのご意見があったが、まさにそのような手段を用いて、かつ 胎盤実質細胞で発現するマーカーともキョーセンショクを以って、確かにSTAP細胞由来と思われるGFP陽性細胞が胎盤組織にインテグレートしていることを、切片を顕微鏡で自分の目で確認している。」
のだそうですね。
なぜ小保方氏はその試料を提出しなかったのでしょうか。
提出したなら、これが検討されていないことに、小保方氏も丹羽氏も、何故なにもいわないのでしょうね。
不正調査報告書をちゃんと読めないのでしょうか？
論文にSTAP細胞と記載されたすべて細胞がES細胞であったなんて、誰一人として言っていないのですよ。 例えばライブイメージングで蛍光を示した細胞がES細胞の混入なんて誰も言っていないでしょ。
ES細胞の混入とされたのは、多能性の証明として行われたテラトーマ作成とキメラマウス作成で、いずれもES細胞の混入の可能性が高いとされたものです。（当たり前ですが、STAP細胞とES細胞の比較実験においてはES細胞の混入という話はありません。異常な思考回路の人の脳内を除いては）
あとは残存サンプルの解析で、STAP幹細胞とされていたものはES細胞であったという結果ですね。
そもそも、匿名さんの元の記述は「STAP幹細胞がESのコンタミで全て説明できること」とあるのに、チラ見さんが「>ESコンタミで全て説明できる」にすり替えている時点で、極めて悪質なイチャモンになってますけどね。
言語明瞭、支離滅裂、解釈不能、意味不明。
letter論文、拡張データ図1にも顕微鏡写真がありますよ。
＞言語明瞭、支離滅裂、解釈不能、意味不明。
匿名さんは、仕事柄、ご自身が理解できた(実際には理解していないが)と自負する事においては、明瞭かつ強い言葉使いで、相手がいかに間違っているかをこき下ろすスキルをお持ちです。
知識が無い一般人は、匿名さんの自信ある態度にだまされてしまいます｡
最近の匿名さんは、報告書や実験について語り始めたので、匿名さんの勘違いの様がよくわかるようになったのです。
これは、匿名さんの一種のハッタリ的な才能だと思います。
匿名さんが知識の無い分野で、ハッタリ的手法で強気発言をしたら、良くわかっている人なら、匿名さんって、なんて変わった人だろうと思うでしょう。
>>キメラとESでこれだけ違うという証明が最初から論文に記載されて「なかった」
>letter論文、拡張データ図1にも顕微鏡写真がありますよ。
はいはい、それで？ つづきをどうぞ。
どなたのコメントですか？
不正調査はその権限と目的の範囲において、信じるに足る証拠が得られれば、「ES混入で説明できる」と結論付けられます。しかし、著者らは、STAP幹細胞はESとは別物と「科学論文として」主張する必要があるのです。それが「思う」だけではダメで、どのようなデータで裏付けられているかを示す必要があるという意味です。より積極的な証拠がいるのです。このことが理解出来ない限り、関係者からは相手にされませんよ。
>ESコンタミ説って、いつの間にか二つの細胞使い分け説になってるのか。知らんかったな。
最初からです。桂報告書を良く読んでください。私が「ES混入前段階とES混入後段階の区別」と書いたことの意味も。
学さん、私を批判することができて良かったですね。学さんのいつものマウンティング発言を読み返してください。まさしくこれですよ。
>最近の匿名さんは、報告書や実験について語り始めたので、匿名さんの勘違いの様がよくわかるようになったのです。
学さん、私がいつ実験について語り始めました？私の主張の中心は「不正調査の目的と範囲」です。そこに実験について知っているかどうかは関係ありません。また主張を曲解しての非難ですか？
>良くわかっている人なら、匿名さんって、なんて変わった人だろうと思うでしょう。
良く分かっている人って学さんのこと？先日学さんは、不正調査に関して素人であることは当然でしょ！と声を荒げてましたよね。
> STAP【幹細胞】とFI【幹細胞】は、【調べた限りでは】すべてES細胞に由来 キメラマウスとテラトーマも、その可能性が非常に高い 故意か過失か、誰が行ったかは、決定できない。
最初から【幹細胞】って書いてますよね。ESでない証拠としてライブセルイメージングなんて持ち出す前に、きちんと報告書の中身を読まれてはいかがですか？
【調べた限りでは】というのも学さんによれば「結論を急いだ」「隠蔽だ」とかの妄想に繋がるんでしょうけど、科学論文じゃないのだから当然です。
>なんと、「説明できないと思ったことは実験データで裏付けされてないといけない」・・とな？
言語明瞭、支離滅裂、解釈不能、意味不明。
理解が難しいことでもなんでもないでしょ。
1）「ESではない」新たな多能性細胞というのがSTAP論文の主張であり、
2）「ESでは説明できない」ことを示す実験をしたと主張しているのだが、
3）調査の結果その実験データが無効または不存在と判定されたので「ESで説明できる」となったんだから、
4）「ESで説明できる」は誤り、と言うには無効とされた「実験データ」が有効であると証明するか、新規で実験をし「実験データ」を示すことが必要だ
という簡単なロジックですね。
①実験ノートの枚数は小保方さん179枚に対して若山研534枚と4分の3は若山研にある。
②論文不正調査といいながら、何故か調査対象者は小保方、若山、丹羽の3人に絞られている。
③「あの日」には、「調査委員たちの口ぶりから、私がどの図表ならデータを出すことができないのかを、あらかじめ知っていて、どの図表を不正判定に決定するかは、すでに決まっているように感じられた」と書かれている。
ということで、出せと言ったが出てこなかったデータというのは、若山さん以外の人が持ってた若山研にあるデータだったと思うよ。
継続議論はしたくないものの、承認しないことの批判もされたくないから、誰も読まなくなった頃を見計らって承認するのですか？私も色々なコメントのパターンを敢えて試してみていますが、やっぱり学さんの承認のパターンは分からなかったです。