pro-STAP論者(笑)さん (こちらのブログではSTAP論者さんとのHNの方)と、議論がありましたので、ここで総括してみます。
STAP論者さんは青字で、学とみ子は茶字でしましましたが、貼り付けているうちに、何が何だかわからなくなりました。
解読はほぼ不可能な位煩雑です。
もとのコメント欄の方が良いかもしれません。
STAP論者さんは、学とみ子の文章のあとに、”→”をつけられて、ご自身の文章を書いています。
STAP論者さんは研究現場の方で、STAP論文発表後、所属のラボで再現実験を行い、失敗してSTAP細胞を疑問視し、その後、(ご本人曰くでは平常心で)経緯を見守った方とのことです。
私がこのやり取りで興味深いと思ったのは、やはり、キメラのTCRは、コントロールマウスを使えば可能だとおっしゃった点です。つまり、普通のマウスの体細胞にはTCRは無い、しかしSTAPキメラの体細胞にはTCRが証明できるとおっしゃいました。
STAP論者さんは、「染色体上に残っている事が確認できれば良かったわけです。」と言っています。
この考えは、最初に若山研究室で考えられた思考回路と同じではないでしょうか?
PCRで増幅したTCRゲル展開をすれば、元T細胞のバンド形成が見れるだろうと予想した研究者が多かったのではないか?の研究現場の認識を反映しています。
しかし、この考えはいろいろな意味で問題があります。
細胞を扱う研究者たちは、TCRはDNA変化なのだから、元T細胞であればT細胞共通的なDNA変化があり、ゲル図でDNAバンドで見えるはずと考えていたのではないでしょうか?
若山研究室でのTCR実験では、出てきたDNA変化が多様なバンドで不鮮明になってしまいました。こうした結果を、研究者たちは予想できなかったと思います。
実際のゲル図の複雑性に、とまどったのではないでしょうか?
特許申請書に載っていた尻尾細胞のゲル図は、STAP論者さんは知らなかったようで、この話をしても、あまり興味を示さなかったのは意外でした。
なぜ、不鮮明になってしまったのか?どう考察されているのか?について、STAP論者さんにはもっと興味を持って欲しかったです。
このブログの議論においては、キメラのT細胞はホスト由来となり、その細胞からのTCRがコンタミするので、体細胞でのTCR証明は困難とされました。
ホストマウス(胚盤胞)のT細胞が混じらないようにしないと、キメラのTCRを証明できないだろうと・・・。
それには、T細胞が作る前でキメラを取り出す、あるいはT細胞をつくらないホストマウスを使うなどの意見が研究層から出されました。
しかし、学とみ子の考えでは、たとえこの方法をもちいても、他からのTCR-DNA断片の混入は避けらないと思います。
仮親マウス血液からDNA断片の混入があります。それをゲル図実験では否定することができません。(胎児と母親の血液は混じりませんが、DNA断片は行き来します。)
もし、注入した元T細胞のキメラ寄与率が極めて高く、ひとつの臓器を形成したら、そこでサザンブロッティングでTCRがゲル図で見えるでしょう。
そうなれば、量の少ないホスト血液由来TCRは無視できそうです。
しかし、こうした元T細胞は大きく増殖してキメラ臓器をつくれるのでしょうか?
学とみ子は絶望的なのではと思っています。
T細胞そのままでは増殖できないのに、酸浴で簡単に増殖するようになる!、ES並みになる!と、普通、考えるでしょうか?
考える科学者の方がバイアスのかかった特殊な考え方をしていると思います。
元T細胞は、酸浴すれば、本当にキメラ体内で大きく増殖できるのでしょうか?
学とみ子は、他の細胞との増殖攻めぎあいに負けると想像しています。
胚盤胞に注入されたのは、DNA構造がインタクトな他の種類の細胞も一緒だからです。
こちらの方が、胚盤胞での増殖に有利と考えます。
STAP論者さんは、他の未分化細胞からキメラができたら、リプログラミングでないから、だめだと言います。
学とみ子は、酸浴しない細胞からはキメラはできないのだから、酸浴したできたキメラは、どの種類の細胞由来でもかまわないと言っています。
T細胞のような特殊なミッションをもった細胞から、なぜキメラができなければいけないのでしょうか?
そして、アンチSTAP派は、酸浴による初期化は、ES細胞と同等であるべきと主張しています。
STAP論者さんは言いました。
ネーチャーが通るためには、T細胞からキメラができなければいけないと・・・。
それに対し、学とみ子は以下の反論をしました。
それは、あなたがネイチャー編集部なら、そう言えるかもしれません。しかし、現実、ネーチャー査読者、編集部はアクセプトしました。
新規性を認めたのです。キメラのTCRは論文に載せていませんが、その状態でアクセプトされたのです。
新規性を認めたのです。キメラのTCRは論文に載せていませんが、その状態でアクセプトされたのです。
”ネーチャーが通るため・・・論”は、一部研究者層の見解でしかすぎないのに、この考えが当然のように、日本の世論を支配したことの方が異常だったと思います。
STAP論文は、ネーチャーをごまかしてアクセプトされたかのような印象操作が出来上がりました。
長くなりすぎてますが、以下が昨日の問答です。

学とみ子の質問から問答が始まります。
ところで、pro-STAP論者(笑)さんは、TCR再合成済の細胞が、キメラマウスの体細胞を構成し、PCR増幅ゲル図でバンドが証明できるとお考えでしょうか?
実験者が一般的に実行可能回数の注入実験で、元T細胞がキメラ体細胞になれるかどうか?を聞きたいです。もちろん、想像レベルです。
若山氏以前の実験において、少数の蛍光をもつ細胞がキメラにあったようですが、こうした程度ではなく、もっと大きく元T細胞がキメラで増殖しないと、TCRバンドを証明できないと思います。たとえば、尻尾細胞で実験するなら、その尻尾組織のかなりの割合の細胞が元T細胞成分でなければいけないと思います。こうした可能性が、本当に起きそうだと思うか?ご意見をお聞かせ願えますか?
実際に元T細胞が何個?注入されるかですが、専門家の推定では、1-5個という話です。そうなると、極めて少数のTCRのうち、どれかひとつのTCRをもつ元T細胞が、血液細胞のコンタミを無視できる程度に大きく、局所臓器で増殖する必要があります。
実験者が一般的に実行可能回数の注入実験で、元T細胞がキメラ体細胞になれるかどうか?を聞きたいです。もちろん、想像レベルです。
若山氏以前の実験において、少数の蛍光をもつ細胞がキメラにあったようですが、こうした程度ではなく、もっと大きく元T細胞がキメラで増殖しないと、TCRバンドを証明できないと思います。たとえば、尻尾細胞で実験するなら、その尻尾組織のかなりの割合の細胞が元T細胞成分でなければいけないと思います。こうした可能性が、本当に起きそうだと思うか?ご意見をお聞かせ願えますか?
実際に元T細胞が何個?注入されるかですが、専門家の推定では、1-5個という話です。そうなると、極めて少数のTCRのうち、どれかひとつのTCRをもつ元T細胞が、血液細胞のコンタミを無視できる程度に大きく、局所臓器で増殖する必要があります。

ここで、TCRトランスジェニックマウスができるのだから、元T細胞がキメラを構成できるとの議論があります。
遺伝子挿入されたT細胞、あるいはiPS細胞の実験とは、酸浴初期化実験とは、質が違うと思います。
STAP細胞のTCRの証明実験は、元TCRがSTAP細胞になったところまでです。
元T細胞は、その先の増殖過程で、他の種類の細胞とのせめぎ合いがあります。
キメラ内増殖においては、生物学的な“ふるい”があり
幹細胞では、人工培地という“ふるい“があります。
私は、両方共、元T細胞は増殖に不利と考えています。
pro-STAP論者(笑)さんは、STAP実験でキメラや幹細胞において、TCR証明は難しいだろうと想像されているでしょうか?
遺伝子挿入されたT細胞、あるいはiPS細胞の実験とは、酸浴初期化実験とは、質が違うと思います。
STAP細胞のTCRの証明実験は、元TCRがSTAP細胞になったところまでです。
元T細胞は、その先の増殖過程で、他の種類の細胞とのせめぎ合いがあります。
キメラ内増殖においては、生物学的な“ふるい”があり
幹細胞では、人工培地という“ふるい“があります。
私は、両方共、元T細胞は増殖に不利と考えています。
pro-STAP論者(笑)さんは、STAP実験でキメラや幹細胞において、TCR証明は難しいだろうと想像されているでしょうか?
お初です。
コメント頂きありがとうございます。
あくまでも中立的な立場を示したいので、HN変えさせていただきました。
頂いたコメントに対して私の考えを述べさせて頂きます。
しかし、実験者は使った細胞が生き残らない事をもって、STAP実験そのものに否定的になり、実験者たちは、STAPが否定されていく経過を熱心にウオッチするものなのですね。→一応生き残った細胞のGFPを見たりoct4の発現解析なども行なった上で結論を出してます。
ところで、pro-STAP論者(笑)さんは、TCR再合成済の細胞が、キメラマウスの体細胞を構成し、PCR増幅ゲル図でバンドが証明できるとお考えでしょうか?→小保方氏の主張通り、 STAP細胞が「リプログラミングされた細胞」であれば、証明できると思います。
こうした程度ではなく、もっと大きく元T細胞がキメラで増殖しないと、TCRバンドを証明できないと思います。→PCR解析は、目的の遺伝子のみ増幅させて解析する手法なので、少しでもT細胞STAPがキメラに寄与していれば原理的には検出可能かと思います。![]()

実際に元T細胞が何個?注入されるかですが、専門家の推定では、1-5個という話です。そうなると、極めて少数のTCRのうち、どれかひとつのTCRをもつ元T細胞が、血液細胞のコンタミを無視できる程度に大きく、局所臓器で増殖する必要があります。→小保方研にはセルソーティングがありますので、あらかじめT細胞をソーティングしてSTAP化、もしくは STAP化してからT細胞をソーティングしているはずです(リプログラミングにより表面抗原が変わる可能性があるのでおそらく前者かと)そうすればほぼ確実にTCR持ちのT細胞STAPを注入できますね。
元T細胞は、その先の増殖過程で、他の種類の細胞とのせめぎ合いがあります。→前述の通りT細胞をソーティングしてから STAP化していれば問題なく増殖できるかと思います。
元T細胞は、その先の増殖過程で、他の種類の細胞とのせめぎ合いがあります。→前述の通りT細胞をソーティングしてから STAP化していれば問題なく増殖できるかと思います。
・・・・
実際の論文にはT細胞を集めて純度を確認し酸浴させ培養した細胞を注入したとは書いてありません。あなたの示した方法でキメラ実験をしたと読むべきなのですか→論文を読み返してみましたが、T細胞をソーティングしてSTAP化した後TCR再構成を解析したデータがありました(extendのデータですが)ならばそれを元にキメラを作れば良いと思いますが、論文内ではそもそもキメラのTCRは解析されてませんでしたね。キメラのTCRを尻尾から解析したというデータはどこからきたのですか?
酸浴細胞は、元T細胞の記憶をまっさらにES並みに戻せないことは、論文に書かれています。→どこに書かれているか分からないので教えてください。
T細胞は増殖しにくいと聞きます。→T細胞自体は増殖しにくいといいますか、そのままだといずれ増殖がストップしてしまうと思います。STAP細胞が実際にリプログラムされた細胞であれば、未分化状態を維持しつつ増殖が可能なのではないでしょうか。
・・・
>どこに書かれているか分からないので教えてください。
すぐおもつくところでは、メチル化実験がES並みでない、X染色体不活化がES並みでないなどです。酸浴による初期化は、iPSとは質が違うと思います。
すぐおもつくところでは、メチル化実験がES並みでない、X染色体不活化がES並みでないなどです。酸浴による初期化は、iPSとは質が違うと思います。

ホスト細胞由来の血液細胞由来TCRの影響があり、これらもPCRで増幅されてしまうため、キメラの体細胞由来のTCRであるとの証明が出来ない!との想定がありました。そこはどうクリアしますか?→尻尾や皮膚の細胞とかなら血液細胞のコンタミは考える必要はないかと。一応コントロールとして普通のマウスをコントロールとして解析すればクリアになりますよ。
本人のT細胞をそのまま増殖できれば、iPSにする必要はありません。MHC拘束性も考える必要がありません。→そのままだと増殖能があまりないのでリプログラミングしたわけですよ。
本人のT細胞をそのまま増殖できれば、iPSにする必要はありません。MHC拘束性も考える必要がありません。→そのままだと増殖能があまりないのでリプログラミングしたわけですよ。

これはSTAP細胞のTCR実験でしょう?
そうした試みをキメラでもしていた?
しかし、これではキメラはできなかったのではないですか?→これでキメラができなかったのであれば、STAP細胞はリプログラミングされた細胞であるという説を立証するには不十分ではないかと思います。
実際には、元T細胞からはキメラはできないと考えられませんか?→なんども申しておりますが、「STAP細胞がリプログラムされた細胞である」ならば増殖能も分化能もありますので、キメラはできると考えます。逆にキメラができなかったのであれば、「STAP細胞はリプログラムされた細胞である」という説を否定することにもなります。
というより、論文に書いていない達成困難なことまでSTAP細胞に要求されたと考えられませんか?→Natureレベルでしたらそれくらいは要求されますよ。
そうした試みをキメラでもしていた?
しかし、これではキメラはできなかったのではないですか?→これでキメラができなかったのであれば、STAP細胞はリプログラミングされた細胞であるという説を立証するには不十分ではないかと思います。
実際には、元T細胞からはキメラはできないと考えられませんか?→なんども申しておりますが、「STAP細胞がリプログラムされた細胞である」ならば増殖能も分化能もありますので、キメラはできると考えます。逆にキメラができなかったのであれば、「STAP細胞はリプログラムされた細胞である」という説を否定することにもなります。
というより、論文に書いていない達成困難なことまでSTAP細胞に要求されたと考えられませんか?→Natureレベルでしたらそれくらいは要求されますよ。

> STAP論者さん
>一応コントロールとして普通のマウスをコントロールとして解析すればクリアになりますよ。
もちろん、コントロールマウスでは、体細胞のTCRバンドはでません。STAP細胞で、バンドが出れば酸浴によるリプログラミングが完成です。
・・・
実際に、若山研究室でも、STAP細胞で試みがなされたようですが、TCRバンドは不鮮明だったらしいのです。
私も以前、他の方から教えていただいたのですが、キメラマウスの尻尾細胞由来pCR増幅TCRゲル図が、特許申請のための資料としてネットで公開されていました。若山研究室で行ったようです。特許申請書にあったゲル図は、TCRバンドが何本もありバンドが不鮮明でした。クリアなバンドは得られなかったのです。
>一応コントロールとして普通のマウスをコントロールとして解析すればクリアになりますよ。
もちろん、コントロールマウスでは、体細胞のTCRバンドはでません。STAP細胞で、バンドが出れば酸浴によるリプログラミングが完成です。
・・・
実際に、若山研究室でも、STAP細胞で試みがなされたようですが、TCRバンドは不鮮明だったらしいのです。
私も以前、他の方から教えていただいたのですが、キメラマウスの尻尾細胞由来pCR増幅TCRゲル図が、特許申請のための資料としてネットで公開されていました。若山研究室で行ったようです。特許申請書にあったゲル図は、TCRバンドが何本もありバンドが不鮮明でした。クリアなバンドは得られなかったのです。

>Natureレベルでしたらそれくらいは要求されますよ。
それは、あなたがネイチャー編集部なら、そう言えるかもしれません。しかし、現実、ネーチャー査読者、編集部はアクセプトしました。
新規性を認めたのです。キメラのTCRは論文に載せていませんが、その状態でアクセプトされたのです。
査読者は、T細胞からキメラができることは条件にしませんでした。蛍光を発する細胞がキメラ体細胞を構成して光るキメラが得られれば、ネーチャー査読者、編集部は、十分だと考えたのです。
これを笹井マジックという人はいますが、そう解釈する人がいるという事にすぎません。
それは、あなたがネイチャー編集部なら、そう言えるかもしれません。しかし、現実、ネーチャー査読者、編集部はアクセプトしました。
新規性を認めたのです。キメラのTCRは論文に載せていませんが、その状態でアクセプトされたのです。
査読者は、T細胞からキメラができることは条件にしませんでした。蛍光を発する細胞がキメラ体細胞を構成して光るキメラが得られれば、ネーチャー査読者、編集部は、十分だと考えたのです。
これを笹井マジックという人はいますが、そう解釈する人がいるという事にすぎません。

>逆にキメラができなかったのであれば、「STAP細胞はリプログラムされた細胞である」という説を否定することにもなります。
蛍光を発するキメラマウスの誕生で、なぜ、リプログラミングが十分でないのでしょうか?
あなたもおっしゃていますが、高度分化したT細胞は増殖が難しいです。そうした細胞でも、酸浴によりES並みの完全初期化が達成できるとの研究成果が出たら、T細胞でもB細胞でも体細胞になると言えるようになります。
まだまだ、そうしたデータが揃っていません。
過去にここでも話題になった理研のがん抗原特異的T細胞を材料にしたiPS細胞において、元のT細胞の記憶を呼び戻し、がん抗原特異的TCRを作らせるのに苦労しています。簡単じゃあないから、研究途上なのではないですか?
大事なのは、酸浴初期化は、どのような変化を細胞にもたらすかの基礎研究です。これが進まないと、T細胞からキメラができるか?の議論には進まないと思います。
蛍光を発するキメラマウスの誕生で、なぜ、リプログラミングが十分でないのでしょうか?
あなたもおっしゃていますが、高度分化したT細胞は増殖が難しいです。そうした細胞でも、酸浴によりES並みの完全初期化が達成できるとの研究成果が出たら、T細胞でもB細胞でも体細胞になると言えるようになります。
まだまだ、そうしたデータが揃っていません。
過去にここでも話題になった理研のがん抗原特異的T細胞を材料にしたiPS細胞において、元のT細胞の記憶を呼び戻し、がん抗原特異的TCRを作らせるのに苦労しています。簡単じゃあないから、研究途上なのではないですか?
大事なのは、酸浴初期化は、どのような変化を細胞にもたらすかの基礎研究です。これが進まないと、T細胞からキメラができるか?の議論には進まないと思います。

蛍光を発するキメラマウスの誕生で、なぜ、リプログラミングが十分でないのでしょうか?→リプログラミングによるものではない、元から存在していた未分化細胞の可能性を否定できないからです。
あなたもおっしゃていますが、高度分化したT細胞は増殖が難しいです。そうした細胞でも、酸浴によりES並みの完全初期化が達成できるとの研究成果が出たら、T細胞でもB細胞でも体細胞になると言えるようになります。まだまだ、そうしたデータが揃っていません。→T細胞もB細胞も体細胞の一つですし、そもそも論文の中で様々な体細胞から STAP細胞を作成したというデータをのっけてますよね。
元のT細胞の記憶を呼び戻し、がん抗原特異的TCRを作らせるのに苦労しています。→それはTCRタンパクを発現させる事が難しかっただけで、染色体上の再構成されたTCRは常に残ってますよ。 STAPキメラも、TCRタンパクを発現する必要はなく、染色体上に残っている事が確認できれば良かったわけです。
あなたもおっしゃていますが、高度分化したT細胞は増殖が難しいです。そうした細胞でも、酸浴によりES並みの完全初期化が達成できるとの研究成果が出たら、T細胞でもB細胞でも体細胞になると言えるようになります。まだまだ、そうしたデータが揃っていません。→T細胞もB細胞も体細胞の一つですし、そもそも論文の中で様々な体細胞から STAP細胞を作成したというデータをのっけてますよね。
元のT細胞の記憶を呼び戻し、がん抗原特異的TCRを作らせるのに苦労しています。→それはTCRタンパクを発現させる事が難しかっただけで、染色体上の再構成されたTCRは常に残ってますよ。 STAPキメラも、TCRタンパクを発現する必要はなく、染色体上に残っている事が確認できれば良かったわけです。

>染色体上に残っている事が確認できれば良かったわけです。
そうなのです。しかし、元T細胞が増える事ができるかについては、未知です。
簡単に元T細胞のSTAP細胞は増えるはずと言う方はいますが、少なくとも、STAP細胞はES並みの初期化ではありません。
T細胞、B細胞の性質を維持させたまま増殖させるのは難しいのが事実です。
その理由は何なのですか?
答えはあるのですか?
遺伝子再構成された細胞は増殖に不利なのではないでしょうか?仮説としての想像作業になりますが・・・。
・・・・
そうなのです。しかし、元T細胞が増える事ができるかについては、未知です。
簡単に元T細胞のSTAP細胞は増えるはずと言う方はいますが、少なくとも、STAP細胞はES並みの初期化ではありません。
T細胞、B細胞の性質を維持させたまま増殖させるのは難しいのが事実です。
その理由は何なのですか?
答えはあるのですか?
遺伝子再構成された細胞は増殖に不利なのではないでしょうか?仮説としての想像作業になりますが・・・。
・・・・

>元から存在していた未分化細胞の可能性を否定できないからです。
酸浴しない場合は、キメラができませんでした。未分化細胞といえど、そのままでは初期化しないのです。キメラを作る能力がありません。酸浴によりさらなる初期化があったなら、それは立派な酸浴による成果です。
もちろん、それではだめという考えはあります。
しかし、酸浴の効果により、未分化細胞が選ばれ、その細胞がさらなる初期化へと進んだ可能性を含め、ネーチャーは将来の医学貢献への期待も含めてアクセプトしたのです。
酸浴しない場合は、キメラができませんでした。未分化細胞といえど、そのままでは初期化しないのです。キメラを作る能力がありません。酸浴によりさらなる初期化があったなら、それは立派な酸浴による成果です。
もちろん、それではだめという考えはあります。
しかし、酸浴の効果により、未分化細胞が選ばれ、その細胞がさらなる初期化へと進んだ可能性を含め、ネーチャーは将来の医学貢献への期待も含めてアクセプトしたのです。

>現にT細胞由来のiPSは増やせますしキメラ作れますし。
何度も、遺伝子挿入とは酸浴は違うと言っています。
T細胞がそのまま簡単に増やせないとの事実がある以上、ここの解明が必要です。T細胞からSTAPキメラが出来なければいけないとの必然性もありません
何度も、遺伝子挿入とは酸浴は違うと言っています。
T細胞がそのまま簡単に増やせないとの事実がある以上、ここの解明が必要です。T細胞からSTAPキメラが出来なければいけないとの必然性もありません

T細胞をどんどん増殖させることができたらとおっしゃっておりましたので、それじゃただのがん細胞ですよと言っただけですよ。
T細胞由来のiPSも、未分化な状態で増やしてから必要な時にT細胞に分化させるので安全なのです。
T細胞由来のiPSも、未分化な状態で増やしてから必要な時にT細胞に分化させるので安全なのです。

何度も、遺伝子挿入とは酸浴は違うと言っています。→方法違っても結果は同じでしょう。酸浴で初期化し、増殖能獲得していればT細胞由来のSTAP細胞でもキメラが出来るはずですが、小保方氏はその証明が出来なかったのですよ