より:
追伸です。
特許の申請書、ドキュメントがダウンロードできますね。
みたところ、いろいろ？てな感じです。教えていただいた特許申請書のFig20の写真と、理研の中間報告の生データ、一致しません。ここでも切り貼りがありますね。2Nキメラマウスのデータもどこからか切って貼ってますね。ま、これが真実ならキメラマウスの細胞にTCRの痕跡があるのかも？しれないです（決定的な証拠ではないけれど）。
特許の申請書、ドキュメントがダウンロードできますね。
みたところ、いろいろ？てな感じです。教えていただいた特許申請書のFig20の写真と、理研の中間報告の生データ、一致しません。ここでも切り貼りがありますね。2Nキメラマウスのデータもどこからか切って貼ってますね。ま、これが真実ならキメラマウスの細胞にTCRの痕跡があるのかも？しれないです（決定的な証拠ではないけれど）。
特許のFig20とFig12Eが一部分で一緒と言いましたが、Fig2BとFig13Bも同じものです。特許の書類は書いたことないのでわからないですが、同じデータの図を複数回、引用するときに図の番号を変えなきゃいけないのでしょうか。私にはよくわかりません。弁理士の皆さん、教えてください。
吉村先生
まさか私の重箱の隅をつっつくようなコメントに答えていただけるとは、恐縮しております。TCRの再構成のところで「バンドが１つ（または２つ？）」と書いたのは、免疫細胞では対立遺伝子排除(allelic exclusion)がおこるので未編集の（再構成していない）ゲノムが残るからGLのバンドがあってもおかしくない、という議論があったのでGLのバンドが残ってるから（２つ？）って書きました。完全に分化したTリンパ球にはallelic exclusionでもとのゲノムって残ってるのでしょうか？もしまだご覧になってたら教えていただければ幸いです。
あと、吉村先生の論理的な考え方は、アラ探しなどと批判されるようなものではなく、科学という学問に対する真摯な姿勢として後に続く研究者たちへの規範となるものだと尊敬しております。
まさか私の重箱の隅をつっつくようなコメントに答えていただけるとは、恐縮しております。TCRの再構成のところで「バンドが１つ（または２つ？）」と書いたのは、免疫細胞では対立遺伝子排除(allelic exclusion)がおこるので未編集の（再構成していない）ゲノムが残るからGLのバンドがあってもおかしくない、という議論があったのでGLのバンドが残ってるから（２つ？）って書きました。完全に分化したTリンパ球にはallelic exclusionでもとのゲノムって残ってるのでしょうか？もしまだご覧になってたら教えていただければ幸いです。
あと、吉村先生の論理的な考え方は、アラ探しなどと批判されるようなものではなく、科学という学問に対する真摯な姿勢として後に続く研究者たちへの規範となるものだと尊敬しております。
詫摩さま
特許の書類に関して、おっしゃられてることはごもっともです。お知り合いの弁理士（のタマゴ）の方のご意見も大変参考になりました。ありがとうございます。
私の特許情報に関する先のコメントは軽率のそしりを受けても仕方がありませんので、削除していただいて差し支えありません。でも、（切り貼りに関しては）私は間違いないと考えてますので、コメントをそのまま残していただいても大丈夫です。この類いの電気泳動の図は自分でも数えきれないくらい撮影してますし、写真を見たらすぐわかるので、自分の分析には絶対の自信があります（なんちゃって）。
特許の書類に関して、おっしゃられてることはごもっともです。お知り合いの弁理士（のタマゴ）の方のご意見も大変参考になりました。ありがとうございます。
私の特許情報に関する先のコメントは軽率のそしりを受けても仕方がありませんので、削除していただいて差し支えありません。でも、（切り貼りに関しては）私は間違いないと考えてますので、コメントをそのまま残していただいても大丈夫です。この類いの電気泳動の図は自分でも数えきれないくらい撮影してますし、写真を見たらすぐわかるので、自分の分析には絶対の自信があります（なんちゃって）。
コメント欄を通していろいろコミュニケーションがとれたことは、とても楽しかったです。お礼を申し上げます。またよろしくお願いいたします。
詫摩さま
一つ、参考になるかどうかわかりませんが、胎盤とES細胞についてです。
胎盤の組成は、wikipediaからの引用ですが、
「胎盤は、母体由来の基底脱落膜と胎児由来の絨毛膜有毛部とから構成されている。」
とされています。
ということは、胎児由来の細胞が胎盤に分布していても不思議はないですよね。ということは、何故、ES細胞やiPS細胞から胎盤にならないのか、そっちの方が不思議じゃないですか？
一つの可能性としては、キメラマウスなどを作る際には胚盤胞にES細胞（またはiPS細胞）をインジェクションするので、「胎児由来の絨毛膜有毛部」の細胞が胚盤胞に由来するせいなのでは？と考えられます。この仮説が正しいとすれば、STAP細胞のキメラマウスで胎盤の細胞になることがあり得ないことになります。
「胎盤は、母体由来の基底脱落膜と胎児由来の絨毛膜有毛部とから構成されている。」
とされています。
ということは、胎児由来の細胞が胎盤に分布していても不思議はないですよね。ということは、何故、ES細胞やiPS細胞から胎盤にならないのか、そっちの方が不思議じゃないですか？
一つの可能性としては、キメラマウスなどを作る際には胚盤胞にES細胞（またはiPS細胞）をインジェクションするので、「胎児由来の絨毛膜有毛部」の細胞が胚盤胞に由来するせいなのでは？と考えられます。この仮説が正しいとすれば、STAP細胞のキメラマウスで胎盤の細胞になることがあり得ないことになります。
逆説的ですが、STAP細胞由来で胎盤ができるなら、ある意味ES細胞やiPS細胞から胎盤が形成される可能性は残されているのです。それがまだ発見されていないだけとも言えます。例えばですが、GFPの発現を目安にしてES細胞やiPS細胞が胎盤にならないって結論しているなら、それは全然証明になってません。単純に胎盤の細胞ではそのGFPタンパク質に使ってるプロモーターが働いていないだけかもしれませんし、もっといえばGFPタンパク質が作れない（または光らせることができない、クエンチングという現象もあり得る）ってことかもしれないです。
だからこそ、STAP細胞が今までに見つかっていない新たなES幹細胞であっても価値があるんだ、という考え方が成立します。これはこれで発見で、STAP細胞の正体が明らかになり多能性獲得のメカニズムが解明されれば、明快に説明できることなので、今後の研究の進展を待ちましょう。
一般人です。ここで行われている、専門研究者同士の議論こそは、stap論文の著者達との間でなされてほしかった、と思うのは私ばかりではないと考えます。著者達の直接的な弁明がなく、出てきたコメントが、論文撤回を含む「お詫び」とは、何か不明朗なものを感じます。著者達は、修正案をネイチャー送ったようですが、その内容が分かればある程度著者達の考も分かりますが、撤回が問題になっている以上、修正案が載るとは思われません。加えて、文部科学大臣が、論文の撤回・再提出に言及する珍現象（これ重大な問題だと、私は思いますが）まで表れました。このような科学的・専門的な問題に対して「しばらく、専門研究者同士の議論にゆだねる」という余裕のある社会では、日本はないのでしょうか？
とも様
私も粗忽者で間違いが多く、とてもとても尊敬されるような立派な学者ではありません。仲間にはザルと言われています。ただ一応免疫学の専門家ですので学生や一般のかたに興味を持っていただけるチャンスと考えて解説をしているだけです。
私も粗忽者で間違いが多く、とてもとても尊敬されるような立派な学者ではありません。仲間にはザルと言われています。ただ一応免疫学の専門家ですので学生や一般のかたに興味を持っていただけるチャンスと考えて解説をしているだけです。
ともさんの疑問についてですが、VDJ組み換えではDJが先行して起こりますので両方の染色体でDJ組み換えが起きます。
次にVDの組み換えが起きますが、対立遺伝子排除の機構は主にこの時期に働きます。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。もし機能的なTCRβが出来なかった場合はもう片方の染色体でVDの組み換えが起きます。
ですので理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。よってバンドが見えるとすれば１つか２つでともさんの考えは正しいと思います。それぞれの可能性の確率がどれくらいなのかは原著をあたらないとちょっとわからないのですが、明らかにこの方法ではTCR再構成が起こっても全く検出できない不確実性がついてまわります。もしTCR再構成をT細胞由来の染色体のマーカーとして使うのであれば、さらに確実な方法で確認したほうがよいと思います。例えば汎用型のVDJでのPCRプライマーで検出する方法、サザンブロッテイングを行う方法、あるいはwholeゲノムシークエンスシングを行う方法、TCRβレパトア特異的抗体によってFACSで解析する方法などいくつか考えられます。いづれにしましても出発細胞を純化したT細胞やB細胞にすることでCD45+よりも検出感度が格段に上がるはずですのでぜひ再試験ではそうしていただければより確実だと思います。
吉村先生
詳細な解説、ありがとうございました。いろいろ疑問もはれました。とても勉強になるとともに、自分の知識の浅さを痛感させられます。
また、今回のやりとりの中で気づかされたことは、私は細胞というものを一つの遺伝子バックグラウンド（モノクローン）として扱う必要がある場面と、雑多な細胞集団（ポリクローン）としてとらえる必要がある場面の使い分けがきちんとできていなかったんだな、と感じました。うまく表現できていないかもしれませんけれど。いろんな機器の検出感度が向上するとともにごく微量なサンプルから膨大な情報が得られる時代になり、結果の解釈は慎重にしなければならないと、あらためて認識しました。
詳細な解説、ありがとうございました。いろいろ疑問もはれました。とても勉強になるとともに、自分の知識の浅さを痛感させられます。
また、今回のやりとりの中で気づかされたことは、私は細胞というものを一つの遺伝子バックグラウンド（モノクローン）として扱う必要がある場面と、雑多な細胞集団（ポリクローン）としてとらえる必要がある場面の使い分けがきちんとできていなかったんだな、と感じました。うまく表現できていないかもしれませんけれど。いろんな機器の検出感度が向上するとともにごく微量なサンプルから膨大な情報が得られる時代になり、結果の解釈は慎重にしなければならないと、あらためて認識しました。
詫摩さま
ES細胞に関する詳細な解説、ありがとうございました。蛋白質核酸酵素、廃刊になって悲しく思ってましたが、アーカイブで読めることがわかって感謝しています。
ここでも自分の知識の浅さを痛感させられ、脳みそにいい刺激でした。胎盤になる細胞が胚盤胞由来だとわかっているのですね。ということは、新たな疑問として、マイクロインジェクションで導入した細胞由来で胎盤ができるということは、胚盤胞由来の細胞を押しのけて胎盤になっているのか、それともお互いが共存しているのか、興味深いです。胎盤でお互いの遺伝子が異なる細胞が共存する（いわゆるキメラですね）といろいろ不都合がありそうな気もしますし。。。この発見だけでも新たな研究テーマが設定できそうです（といっても自分じゃできないのですけど）。丹羽先生の詳細な報告が待たれます。
ES細胞に関する詳細な解説、ありがとうございました。蛋白質核酸酵素、廃刊になって悲しく思ってましたが、アーカイブで読めることがわかって感謝しています。
ここでも自分の知識の浅さを痛感させられ、脳みそにいい刺激でした。胎盤になる細胞が胚盤胞由来だとわかっているのですね。ということは、新たな疑問として、マイクロインジェクションで導入した細胞由来で胎盤ができるということは、胚盤胞由来の細胞を押しのけて胎盤になっているのか、それともお互いが共存しているのか、興味深いです。胎盤でお互いの遺伝子が異なる細胞が共存する（いわゆるキメラですね）といろいろ不都合がありそうな気もしますし。。。この発見だけでも新たな研究テーマが設定できそうです（といっても自分じゃできないのですけど）。丹羽先生の詳細な報告が待たれます。
コメントは全文読んだわけではないのですが…
説明文は全文読ませていただきました。普段科学とは程遠い仕事をしている
馬鹿な私にも解りやすくて大変興味深い内容でした
馬鹿な私にも解りやすくて大変興味深い内容でした
研究面とは少し外れるのですが、理研は国から予算をもらう切り札としてSTAP細胞をこんな事件にしているという点はないのでしょうか？
オヤジに聞けば本人を再実験メンバーに入れようともしないし、彼らの小保方さんに対する3/31~4/1に関する行動がエイプリルフールか！すぐ再契約て…
と思わず言いたいほど不可解な行動だらけです
STAPの幹細胞に関することについても真っ先に小保方さんから離れた人が大きく関わっていますし…
なによりマスコミの印象操作が酷いです 200回の成功というのは200皿の成功例ということですよね？ 普段実験って何十、何百皿も使って一度にやると思われるのですが…
馬鹿な私でもそのくらい思い浮かぶのに東大の教授がこの事について今朝あげ足取りとかをされていました
オヤジに聞けば本人を再実験メンバーに入れようともしないし、彼らの小保方さんに対する3/31~4/1に関する行動がエイプリルフールか！すぐ再契約て…
と思わず言いたいほど不可解な行動だらけです
STAPの幹細胞に関することについても真っ先に小保方さんから離れた人が大きく関わっていますし…
なによりマスコミの印象操作が酷いです 200回の成功というのは200皿の成功例ということですよね？ 普段実験って何十、何百皿も使って一度にやると思われるのですが…
馬鹿な私でもそのくらい思い浮かぶのに東大の教授がこの事について今朝あげ足取りとかをされていました
ごめんなさい、何が言いたいかわからなくなってきました ええと、そう、
純粋な研究という立ち位置から関係のないところばかりで小保方さんって被害にあっていませんか？
この辺の話が何故かメディアで全く取り上げられないものでして
純粋な研究という立ち位置から関係のないところばかりで小保方さんって被害にあっていませんか？
この辺の話が何故かメディアで全く取り上げられないものでして
もとさんの『一つの細胞から分化した細胞ならTCR再構成で見えるバンドは１つ（または２つ？）のはずなので、こんなにいっぱいバンドが見えるのが何故かは私にはさっぱり判りません。』は完全に正しい推論です。胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、この方法で見れるバンドはせいぜい１本です。この2Nキメラの解析結果が不自然であることを理研の先生たちは理解しているからこの図をもって『キメラにTCR再構成がある』と言わないのだろうと思います。
こんな形而上学的な議論は実はたいした意味がなく、純化したT細胞から作ったSTAP細胞でキメラを作製するとか、4Nキメラで解析するとか、キメラの子孫でTCRの解析をするとか、不確実性を可能な限り排除した感度の高い方法で実験すれば何の問題もないはずです。現在丹羽先生が再現実験をされているそうなので次回ぜひこのような疑問点を解消していただければと思います。
ただ今回の議論で免疫学者は『もっぱらアラさがしをしてポジティブな面を評価しようとしない』傾向があることに自分でも気がつきました。厳密な論理性を要求する学問であるからか、免疫はなかなかとっつきにくく若い人に敬遠される理由がはからずもわかったような気がします。
なおTCRが単一の4Nキメラマウスでは免疫不全になるかもしれませんが、通常の動物実験室の環境でしたら生存できます。TCRトランスジェニックマウスと似たようなものです。