「同一といえるほど酷似」は明らかな言い過ぎとの指摘があり、FES1とFES2の比較を要する、遺伝

遠藤氏のスラドは、現在も読めます。
https://srad.jp/~kaho/journal

遠藤氏は、冒頭に以下のように書いている。青字

調査報告書に示された残存サンプルの解析は情報量も解析内容も膨大かつ詳細で，感嘆せずにはいられませんでした。
関係者の皆様のご苦労をねぎらうとともに感謝を捧げたいと思います。

しかし、その後に続く遠藤氏の文章（このエントリの後半にコピペ）を読むと、kaho氏が、桂調査委員会の調査に十分な満足はしていないらしい。

つまり、遺伝子発現を見ていない、DNA配列解析も問題が残ると言っている。　
STAPと、FES1やFES2との間の比較において、FES1とFES2の遺伝的背景を外部細胞と比べないといけないと書かれている。すでに解析されたデータがあるのだから、それが使えると遠藤氏は言っている。

極めて類似した遺伝子DNA配列を持つ細胞間を比較する時は、似ているだけではダメでしょう。

遠藤氏の内心は、調査委員会の作業について、もっといろいろ注文をつけたかったようだ。遠藤氏のスラドは、的確に問題点を指摘していて、STAP問題を知りたい人の教科書のようだ。

実際には、桂報告書は疑問を残したままとの評価をしているのであろう｡遠藤氏が絶句するとの対象は、桂報告書か？小保方氏か、論文か？

注目できるのは、遠藤氏の記述した何点かの指摘点である。

そもそも、OctのFIが無くては、論文が成り立たない。論文の論理を覆す状態について、桂報告書は回答していないと学とみ子も思う。

レター論文に書かれているのは、材料となったのは、あくまでSTAP細胞である。

論文には、OCT－GFPの蛍光をめやすにSTAP凝集塊（expressed Oct4-GFP at moderate levels）を選んだと書かれている。

つまり、レター論文Fig2では、実験者がOct入りをつかったマウスで実験をしている。

そのOct入りSTAP細胞凝集塊をfgf培地で培養したらFI細胞になったとの実験結果である。

実験者はSTAP作成者と同一人と考えると、Oct入りのマウスをつかって、蛍光をみながらSTAP凝集塊を選び、凝集塊をそのまま（何も書いていない・・・）、fgf培地で移して培養を続けたら、TS細胞特異的なCdx2とEomesが発現したことになる。

以下にコピペした桂報告書では、FI幹細胞はすべて若山氏が作成したとある。

これを合わせ考えると、この部分に大きな疑問がわく。

b, Fgf4 treatment promoted the generation of flat cell clusters that expressed Oct4-GFP at moderate levels (right). Top and middle: days 1 and 7 of culture with Fgf4, respectively. Bottom: culture after the first passage. Scale bar, 50mm.

遠藤氏は以下の様に書いている。https://srad.jp/~kaho/journal

桂報告書　25ページ目

なお小保方氏への書面調査で、小保方氏はSTAP細胞を作製する際に若山氏から渡されたマウスの遺伝的背景を把握していなかったこと、また、若山氏から(Oct4-GFPを有する)GOFマウスを渡されたものと思っていたことが明らかになった。

上記に対して遠藤氏は、

この説明は「明らかになった」で済ませることはしてはいけなかったと思います。あまりにも絶句してどう説明してよいか分かりませんが，論文の論理を根底から覆すことになるからです。
その認識が論文出版時まで同じであったとしたら，あの原稿は書けませんし読むことすらできないはずです。

GOPマウスからFI細胞がつくられたが、桂報告書では、このFI細胞がないと言っている。

しかし、この実験をやったのは誰かは明らかにしていない。

普通に考えれば、実験者は小保方氏が、STAP細胞を作り、その先も培養を続けたと考えられるのだが・・・。桂調査委員会は、小保方氏に質問して、STAP細胞から論文に書かれた方法で直接、FI細胞を作ったのか、確認しなかったのだろうか？

桂調査委員会は、小保方氏にどのような質問を行い、どのような回答を得たのか？

FI幹細胞はすべて若山氏が作成したと言うのだから、桂調査委員たちがこの部分で抱いた疑問を、STAP実験者にどのようにぶつけたのか？

論文に載っているOctの入ったFI細胞は若山氏が作成したということでよいのか？

後で調査したらサンプルが無い事から実験証拠がないこの実験はやられていないと、桂報告書が判断するなら、実験結果の図表の不正判定をなぜしないのか？

桂報告書では、実験者はGOPマウスからSTAP細胞を得て、培養を続けFI細胞をつくったとなり、そこにFES1が混じったのか？の可能性も言っている。

遠藤氏は以下の様に言っている。

16ページ2-3-1-2 3)において，残存していたChIP-seq inputからSTAP細胞として持ち込まれた細胞がES細胞に類似していることが示されています。STAP細胞は幹細胞化を行っておらず，増殖もほぼ起こらない細胞ですから「誰が」ES細胞をSTAP細胞と偽って解析に持ち込んだかは容易に分かると思います。この点について証言もなく，評価でも触れられていないのは残念です。

桂報告書では、以下の様に書かれている。茶字

24頁

１１）Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について Oct4-GFP の FI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が確認できない点（Oct4-GFPの挿入を持つFI幹細胞がLetter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6で使用されているが、小保方研とCDB若山研のストックのFI幹細胞を調査した限りでは、Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子を持つものしかなく、Oct4-GFPを有するFI幹細胞が見当たらない。系統として樹立されなかったのではないか）

（調査結果）若山氏と小保方氏への書面調査により、FI幹細胞CTS1は、若山氏が渡したCAG-GFPを有する129X1とB6Nを掛け合わせて誕生したF1マウスを材料に小保方氏が作製したSTAP細胞から、若山氏が2012年５月に樹立したもの（5月21日に作製開始してより5月28日樹立完了）であることが判明した。また若山氏の実験ノートから、上記のあと（2012年7月9日）にも若山氏がFI幹細胞株を作製していることも判明した。このときは使用したマウスの記載がなく、遺伝的背景は不明であった。

ただし、若山氏の聞き取り調査から、CAG-GFPを有する129B6F1マウス以外（論文記載のOct4-GFPの挿入を持つマウスを含む）からFI幹細胞を樹立した記憶はないことが明らかになった。なお、小保方氏は論文に使ったFI幹細胞を樹立したことはなく、以上のFI幹細胞株の樹立はすべて若山氏が行ったことが明らかになった。以上の2回に分けて作製されたFI幹細胞株は、CDB A棟のフリーザー内に「Call TS-1」、「Call TS11〜TS13」として保管されていた。またこれらは、若山氏の実験ノートの記載「2012年5月25日作製（１ライン）」と「2012年7月9日作製（3ライン）」に一致していた。

（評価） Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。またこの細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかった。一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載はなかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。

以上より、本調査委員会では論文に記載されたOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作製された証拠を得ることはできなかった。したがって、LetterFig.2b-e、Fig.3, Extended Data Fig.5、Extended Data Fig.6はOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株ではなく、 Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株またはOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株と Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたES細胞FES1の混在サンプルによって作製された可能性があると判断した。

遠藤氏による調査への苦情的な？提言です。青字

第二に16ページ，2-3-1-2 4)において，論文には用いられていない未登録RNA-seqデータとはどのような結果で，Letter Fig.2iは再現できないとはどういう意味かということです。
報告書には細胞の遺伝的背景のみが書かれていますが，遺伝子の転写パターンがどうであったかについての記載がなく，「データを取捨した…小保方氏と笹井氏」がどのようなデータを見て，どう考えたかを推測することができません。

第三に，スライド10ページ目の図です。
この図の説明は粗雑にすぎると思います。「同一といえるほど酷似」というのは明らかな言い過ぎであり，定量的な情報も示されていません。

11ページ目に示したデータはFES1とFES2という２つの細胞の遺伝的関係が示されて初めて意味を成します。
FES1とFES2を，同系統のマウス（岡部研B6マウスと129X1SLCマウス）から得られた別の細胞を外郡として比較し，それらが遺伝的に近いのか遠いのかという基本データがあって初めて意味を成す情報になります。