検証実験の結果をどのような表現で公表するかで、当時の理研の中で議論が噴出しバトルがあったのではないでしょうか？
検証実験は失敗であること前面に押し出すことを主張するグループと、酸浴初期化の頻度が低くてもSTAP現象が証明されたことを社会に示したいグループ（理研内STAP擁護派）の間の駆け引きがあったと学とみ子は想像します。
こうしたコメントを書くのは、理研の方にはご迷惑でしょうか？
理研を管理する立場の人たちは、いろいろな圧力を受けていたと考えられますが、もし、上から失敗とするようにとのお告げが出されていたと仮定すると、理研内STAP擁護派は、どのようにSTAP現象陽性を報告書に書き込むかを工夫したでしょう。
この妥協が、報告書の文章に反映されていると想像できます。
「初期化は一部にあったが、少ないから全体ではあると言えない。」
「キメラ・幹細胞はできなかったから、検証実験は失敗した」
との結論で報告書ができあがっており、ES派とSTAP派の両者間の落としどころと言える妥協のようです。
ES派、STAP派のせめぎあいがよく観察できる報告書の部分を見てみましょう。
http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20141219_1/
実際の文章は、以下の青字です。
http://www.riken.jp/pr/topics/2014/20141219_1/
実際の文章は、以下の青字です。
・・・・55 個の STAP 様細胞塊について、Oct3/4、Nanog、E-cadherin タンパ ク質の発現を免疫染色によって解析した。これらのタンパク質が一部の細胞で発 現する STAP 様細胞塊も認められたが、その数は少なく GFP 陽性との相関も低かった。
・・・・ 53 個について解析できた。 その結果、多能性細胞特異的分子マーカーの遺伝子が発現している STAP 様細胞 塊も確認されたが、その数は少なく、
小保方氏のやった再現実験では、（１）小保方研究員による検証結果
が示されています。
初期化遺伝子の発現は、検証スライド４番目に示されています。免染によるOｃｔ蛋白陽性、CD45の減弱のスライドも示されています。
こうしたスライドをきちんと出すことを、STAP擁護派は強く要望したものと思います。
丹羽先生の英文論文（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4904271/）も、ネガティブデータの部分を強調して書いてあるので、読みにくいです。
Oct3/4-GFP transgene expression not detected in low-pH treated cellsとかの説明が邪魔をします。
Oct3/4-GFP transgene expression not detected in low-pH treated cellsとかの説明が邪魔をします。
しかし、しっかり、凝集塊も、蛍光蛋白も、初期化蛋白も「出た！と書いています。
特に出がよかったのが、Alb-Cre GFPマウスで出が良く、以前に何回か当ブログで紹介していています。これは肝細胞とATPの組み合わせですが、このマウスは初期化マーカーにはGFPが入っておらず、もともとマウス細胞がもっているOct蛋白が作られているようです。
ビジネスジャーナルでも、ずいぶんとがんばってここを記事にしていました。
（彼らは復活しないのでしょうか？今は、気が熟したといえると思います）
しかし、いまだに、理研内STAP擁護派の工夫の跡を読み取れない人が多いのは残念です。
以下が丹羽先生の論文です。
Of cell aggregates derived from liver cells treated with ATP, 19% expressed the amount of Oct3/4 comparable to ES cells (Fig. 3c). These data suggest that some proportion of cells in the aggregates express pluripotency-associated genes at comparable levels to those of ES cells.
To examine the proportion of the cells expressing Oct3/4 in the aggregates, we next applied immuno-staining using a specific antibody against Oct3/4 we raised and assessed previously15. Cell aggregates derived from low-PH treated liver cells were fixed, stained by anti-Oct3/4 antibody, and observed using confocal microscopy. We stained morula-stage mouse embryos as positive controls. By comparison with these positive controls, we found that some of the cell aggregates contained cells expressing Oct3/4 at comparable levels (Fig. 4a). In the case of cell aggregates derived from liver cells treated by ATP, 20% of cell aggregates contained Oct3/4-positive cells (Fig. 4b), which is consistent to the proportion of cell aggregates expressing the amounts of Oct3/4 comparable to ES cells detected by QPCR (Fig. 3c).
To examine the proportion of the cells expressing Oct3/4 in the aggregates, we next applied immuno-staining using a specific antibody against Oct3/4 we raised and assessed previously15. Cell aggregates derived from low-PH treated liver cells were fixed, stained by anti-Oct3/4 antibody, and observed using confocal microscopy. We stained morula-stage mouse embryos as positive controls. By comparison with these positive controls, we found that some of the cell aggregates contained cells expressing Oct3/4 at comparable levels (Fig. 4a). In the case of cell aggregates derived from liver cells treated by ATP, 20% of cell aggregates contained Oct3/4-positive cells (Fig. 4b), which is consistent to the proportion of cell aggregates expressing the amounts of Oct3/4 comparable to ES cells detected by QPCR (Fig. 3c).
以下の部分も、学とみ子が以前より指摘している、初期化マーカーを持つ巨核化細胞が出現しています。この所見には、一般人であるOoboe氏も興味を示しているのに、なんで、他の方はここに食いつかないでしょうか？
In cell aggregates derived from ATP-treated liver cells, the Oct3/4-positive cells were typically positioned in the center of the cell aggregates and exhibit large nuclei, and were surrounded by Oct3/4-negative cells with small nuclei at the peripheries of the cell aggregates (Fig. 4c).
In cell aggregates derived from ATP-treated liver cells, the Oct3/4-positive cells were typically positioned in the center of the cell aggregates and exhibit large nuclei, and were surrounded by Oct3/4-negative cells with small nuclei at the peripheries of the cell aggregates (Fig. 4c).
英語の丹羽論文は、サマリーで、
As a result, we have concluded that the STAP phenomenon as described in the original studies is not reproducible.
元の論文と同様のSTAP現象は再現できなかった。
と書かれていて、元の論文と同様の表現がまぎらわしいのですよね。
As a result, we have concluded that the STAP phenomenon as described in the original studies is not reproducible.
元の論文と同様のSTAP現象は再現できなかった。
と書かれていて、元の論文と同様の表現がまぎらわしいのですよね。
キメラ幹細胞込みのSTAP論文の再現が得られなかったと言っています。
キメラ・幹細胞込みのSTAP論文の時の、材料（マウス）も技術も違うのに、再現実験ではないでしょうけど、それで実験者は最大努力するしかなかった特殊で異常な状況ですよね。
そもそも、問題ある検証実験に踏み切った理由の一部に、残存サンプルの正当性を、理研内STAP派は問題視していたということがあったのでしょう。実際にそうした発言もありました。
残存サンプルの正当性が担保されていない状況で調査がなされ、そこから出た結論が採用されたのですが、外国記者に華々しく暴露される前に、理研は遺伝子発現調査をして、結論を修正してほしいですね。
本日エントリー最後に、北海道の方にお見舞い申し上げます。
電気も水もなくて本当に大変ですね。