TCRについての議論が交錯しています。
ブログ主としての優先権を使わせてもらって、少し整理してかいてみます。
今、TCRについての議題に参戦中の皆さま方は、それぞれに持論をぶつけあっている結果として、とても議論のフォロウがつらくなっています。
論客たちは、ES混入を支持しています。罵倒と揚げ足とりの応酬です。
学とみ子のSTAP実在論を粉砕するために、小保方ES説の証拠としてTCRを論じにやってきます。
TCR構成変化（痕跡と呼ぶ）は酸浴後細胞のSTAP細胞で見られたため、STAPはT細胞からできたのではないか？と多くの人が信じるようになりました。
しかし、実は、STAPキメラを構成した細胞は何か？は、これからの研究課題でした。
しかし、発表後にESねつ造説が渦巻いたため、丹羽氏がSTAPにはTCR痕跡あったが、STAP幹細胞では無かったとの手技説明（プロトコールエックスチェンジ）を発表しました。
ところが、これがさらに”STAPはES”との疑いを増強させる結果となりました。
というか、ES派は、ES論を進めるために、プロトコールエックスチェンジを嘘つきと決めつけたのです。
NHKスペシャルでは、キメラマウスにもTCR痕跡が見られなければいけないとの説明がなされました。TCR痕跡がなければ、それはSTAPが偽物を意味するという説明でした。
これは、NHKにそうした解説をした学者がいたということです。
この学者は、動物の発生学を全く理解しておらず、人工的な培養細胞で起きる出来事と、実際の生き物の中でおきる出来事の区別ができていなかったのです。T細胞や、TCRが生体内でそのように機能しているのかを知りませんでした。
生きている動物で機能している細胞についての知識が欠けていて、考え方の偏りが著しい方なのですが、そこを自覚できていないため、自らの誤解をそのままNHKに流したのです。
以下の条件設定として、２種類の考え方として整理してみましょう。
NHKに間違いを吹き込んだ学者の考えは（１）です。
（１）TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない！
（２）TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
（２）TCR痕跡があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
（２）は、STAPキメラにTCR痕跡が証明できれば、キメラはSTAPからできたとの証拠になるとするものです。
しかし、考えてみましょう。
STAPキメラが何の細胞からできたのかわかっていません。
T細胞は可能性のひとつにすぎません。
胚に入れ込んだのは１種類のSTAP細胞ではなく、素性の違う雑多な細胞群です。
強い生命力のあるSTAP細胞が陣地を獲得して、キメラの一部となるのです。
どの細胞が大きく増えて陣地を獲得したのかは、誰も知りません。
ES細胞を入れ込んだ胚とは、条件が異なります。
もし、（１）を主張するなら、１種類のDNA配列細胞をクローン化して増殖させた細胞を胚に入れ込まなければなりません。
同一の細胞（単クローン性）の細胞を何個づつか塊として胚に注入しないと、この結果は期待できません。実は、これを理解しない学者がかなりいたのです。
須田氏のような素人も当然、この考えを理解できませんでした。そしてキメラにTCR痕跡を示せなかったことを根拠に、STAPをESねつ造の証拠として扱ったのです。
plus氏、ため息氏もこちら側の方のようです。
ここが理解出来ない方が多いのは、STAPが新規の論文のためでしょう｡
ここが理解出来ない方が多いのは、STAPが新規の論文のためでしょう｡
実は若山研究室員（著者も含む）もそう思っていたようでした。
著者らも誤解をしていたようなのです。
笹井氏丹羽氏が参加する前の初期のSTAP論文では、キメラマウスの尻尾細胞で、TCR痕跡を確かめようとした実験がありました。
そして、サイエンスに投稿した時に、査読者のNo2氏にこの尻尾細胞実験のミスを指摘されました。
その結果、笹井丹羽参加後の論文バージョンでは、この尻尾図を除いています。
その結果、笹井丹羽参加後の論文バージョンでは、この尻尾図を除いています。
ところが、ES派に言わせると、尻尾図を除いた事を持って、キメラがSTAPから作られたとの根拠が無くなったと言ったのです。
そして、この修正は著者らによるごまかしたと主張したのです。
つまり、STAP著者らは、最終論文で尻尾図を削除して②が達成できていない事実をごまかしたとES派は主張します。
（２）の達成が不可能なことは、サイエンス査読者からすでに指摘されていることです。
それなのに、ES派は、STAP潰しに邪魔となる専門家の見解を紹介しませんでした。
もう一度、違いを見てください。
（１） 再編成がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない！
（２）再編成があれば、STAP細胞は元のCD45からつくられたと言える
STAP論文では、当然ですが、②の証拠は示せていません。しかし、（２）となるには、元の動物細胞すべてに固有の指紋をもっていることが必要なのです。
STAP細胞すべてに共通の指紋があれば、次の新たな動物になった時も指紋を証明できます。
一方、T細胞はというと、常に激しく入れ替わるタイプの細胞で、TCR痕跡を持つ元のT細胞は消えて、新たな次の動物の中で新生T細胞に入れ替わってしまうのです。
T細胞の新生と機能をしらないES派は、（２）が達成されていない事実をもって、①の事実（再構成を示せていない）にすりかえました。
つまり、STAPキメラにはTCR痕跡がないから、ESをつかったねつ造キメラだ！とふれまわったのです。 ほら、ここにも、ESでねつ造した証拠があるのですよと・・。
.ES派は、切り貼りゲルの図も、ESねつ造の証拠だと主張します。
切り貼りゲルの図についての小保方氏の説明文を読むと、彼女の一生懸命さが伝わります（涙）。この図に対しては、重箱の隅をつつくような激しい攻撃がありました。
一方、アーテイクル論文、レター論文の多くに、ESとの比較実験が載っています。
ES説を採用するなら、これらの図こそ、ねつ造有無の証拠として調査されるべきなのに、小保方氏がデータを出さないとの理由で、調査も手つかずのまま放置されてしまいました。
小保方氏は、「あの日」で、調査委員や上司たちに実験実態の再考をたのんでも受け入れられなかったと言っています。
今後も、ESとSTAPの動態比較図の解明はされないまま、混入論は維持されるのでしょう。
調査委員会の偏向を示すものです。
この図表こそ、小保方氏・若山氏らの実験の実態を示すものです。
所詮、このローカルなブログで問題視してもしかたないことですが、意図的に用意されたES混入論について、その破たんを意識する人が増えて欲しいと思います。
キメラ組織（T細胞以外）でTCR再構成が検出されれば、T細胞が初期化された絶対的な証明になるので、Natureレベルの査読では要求されるでしょう。CD45ソートでは、純度を100%にできないので、初期化の絶対的な証明になりません。造血細胞由来である事を強く示唆する所見とは言えますけどね。T細胞だけを取り出して酸処理すれば、キメラでTCR再構成が検出できる確率が高まると考えられ、サイエンスの査読後にトライすべきだったと思います。
ES細胞の混入は、細胞特異的なゲノム欠失を検出する事によって示されており、ゲルの切り貼りはES混入とは無関係と考えます。貼られたのは、ソートしたT細胞のTCR再構成を示す、いわゆる「ポジコン」であり、ES細胞とは結びつきません。もともとT細胞を含む脾臓細胞を処理しているので、STAP細胞プレップでTCR再構成が検出されても不思議はなく、これらの細胞が多能性を持つ事を、できれば体内（キメラ）で証明する事が重要です。
STAPキメラが何の細胞からできたのかわかっていません。
T細胞は可能性のひとつにすぎません。＝＝＝中略＝＝＝
そして、サイエンスに投稿した時に、査読者のNo2氏にこの尻尾細胞実験のミスを指摘されました。
その結果、笹井丹羽参加後の論文バージョンでは、この尻尾図を除いています。
＝＝引用ここまで＝＝
ごちゃごちゃ書いてありますが中身はただのカオスですね。
TCR再構成でリプログラミングの証明にするという実験が、成功率の当初見込みが甘かったというだけの話。実験のデザインを見直すべきだったということ。
成功と胸をはれるだけの結果ではないのに、成功したかのような記述をしたから不正を疑われたんですね。調査報告書を読めば明記されていますが、プロトコルエクスチェンジで訂正をしなければ「悪質な隠蔽」とされた可能性があったということです。
これはES混入が故意であるという疑惑を補強しましたが、あくまで補強にすぎません。直接の因果関係がないので証拠にはなりえません。
狸さんのブログの最新記事、良く読んでくださいね。
やはり、NHKスペシャルの説明は科学的には正しいことを述べており、それを学さんは間違って理解したことが良く判りました。
上のＬさんのコメントも、ある意味、私と同じことを書かれていますが、、、 学さんでは理解できないかもしれませんね。
ところで、
>（１）TCR痕跡がなければ、STAP細胞は元のCD45からつくられたのではない！
というのは明らかにおかしな発言だと思いますが、
それは誰が言っているのでしょうか。
学とみ子さんは非常にしばしば、他人の発言を誤って記憶するようですので、これは誰の発言で、どこで見ることができるのか明らかにしていただけませんか？
狸さん（ttp://giveme5.hateblo.jp/entry/2018/06/05/131802）がNHKの番組のナレーションを文書化したページ（ttp://sci.tea-nifty.com/blog/2014/07/nhk-727-18f7.html）を見つけられて、NHKの番組では「TCRという細胞が追跡の鍵となる。TCR再構成が見つかれば証拠になるが、それは調べた、という1文しか論文にない。証明が十分できていなかったのではないか。」だけのようです。つまり学さんの（２）が必要とNHKは言っているのであって、「（１）にすり替えた」とは、誰がすり替えたのかを示さない限り、学さんの作った藁人形のようですね。STAP幹細胞がES細胞によるフェイクであったというのはTCR再構成の有無とは直接関係ないです。
狸さんが実験の解説を求めていますよ。
＞「（１） にすり替えた」とは、誰がすり替え たのかを示さない限り、
やっぱりさんとの議論で、すり替えたとかんじました、｡その議論の記録がのこっています、５月１６日のタイトル「この事実は…」のコメントの真ん中あたりですね｡
探すのは大変と思うので、そのうち、記事に取り上げるかもしれないです。
やっぱりさんは、私を否定知るためにこちらにくるので、状況に応じて（1）（2）を巧みにすり替えます｡
相手してるときりないです｡
>T細胞だけを取り出して酸処理すれば、キメラでTCR再構成が検出できる確率が高まると考えられ、サイエンスの査読後にトライすべきだったと思います。
サイエンスの査読者２も、分化T細胞をモノクローナルに増殖させたらどうか？とか、あるいは、T細胞に限らず、STAP細胞すべてに共通の痕跡を助言しています。
分化T細胞は、次のマウスの中で生き残れるかは、不明です。ホストの胚の免疫状態とか、STAP細胞側のインタクトなTCR遺伝子発現状況も未知です。私の推論では、増殖は無理だろうと思います。つまり、キメラは発生しないであろうと・・・。
しかし、ここは新規実験ですから、答えはまだありません。
こうしたいろいろな疑問について、小保方氏は若山氏に聞ける状況は無かったのではないでしょうか？
＞＞「（１） にすり替えた」とは、誰がすり替え たのかを示さない限り、
＞やっぱりさんとの議論で、すり替えたとかんじました、｡その議論の記録がのこっています、５月１６日のタイトル「この事実は…」のコメントの真ん中あたりですね｡
おやおや、もう学さんの記憶って、滅茶苦茶なんですね。
学さんが勝手に、私の意見を（１）ですね、と誤解してきたので、
そのことを明確に否定したのに、、
大丈夫ですか？
2018/5/21(月) 午後 8:33 学とみ子
キメラやテラトーマは、遺伝子欠損した細胞で構成されていなければ、STAPから作られたと言えないとの主張ですね
2018/5/21(月) 午後 8:43[ yap*ari*w*katt*na* ]
> 学とみ子さん
人の意見を勝手に捻じ曲げるのはやめてほしいですね。
私の意見は本日午後0:54のコメントの通りです。下記に再掲します。貴方の捻じ曲げとの違いが分かりますか？
そもそも、STAP細胞なるものが、MUSE細胞のように元々存在していてセレクションされたものではなく、酸性刺激によって分化した体細胞が初期化したものである、ということを示すために、TCR再構成が起こったＴ細胞を材料としてSTAP細胞を作成して、そこにはTCR再構成を示すバンドがある、というのが、例の改ざん研究不正とされたFIG.1iの電気泳動の画像だったわけですが、、
すでに査読の段階で、STAP細胞が初期化された細胞だというなら、STAP細胞由来のテラトーマやキメラマウスにもTCR再構成を確認すべきとい
学さんの（１）（２）は、科学的には少し不正確な記述ですが、まあ、大意はかわらないので、そのまま使わせていただきますが、、
すなわち、私は最初から（２）であることを説明しているのに、勝手に学さんが脳内変換で捻じ曲げて、「貴方の意見は（１）なんですね」と聞いてきたので、 「どこをどう読んだら（１）になるのか理解できない、私は最初から（２）だと言っている」という回答をしていた訳ですよ。
にもかかわらず、その説明が理解できないのか、さらに脳内変換で捻じ曲げたのか判りませんが、私の主張が（１）から（２）にすり替えたように感じた、という、寝ぼけたことを学さんが書いているのです。
理解できませんか？？？
改めて、指摘しておきます。
私のコメントについて、勝手に学さんが捻じ曲げておいて、私が意見をすり替えたなどと非難して騒ぎ出す。
NHKスペシャルの説明についても、科学的に正しいことを述べているのに、学さんが勝手に脳内変換で捻じ曲げて、この学者は間違っているとか騒ぎだす。
ES混入についても、混入の対象はキメラやテラトーマだというものなのに、学さんが勝手に脳内変換して「STAPとESの比較実験はES混入では説明できないのでES説は破たんしている」などと、気が狂ったような説を持ち出して騒ぎ出す。
こんなのばっかりですよ。
他人の意見や報告書の内容を、もう少しまともに理解してくださいね。
＞（１）から（２）にすり替えたよ うに感じた
私がかんじたのだからそれでいいでしょう…
すり替えてなければ、私には好都合です。
私はあなたは何でも知っていると買いかぶっていました｡
ホントに知らないのですね｡
その程度で、よくこれほど見ず知らずの人に悪口書けますね｡
あなた自らは研究者でないと逃げ道を用意していて…、
今後、悪口一覧表に載らないように、文章に気をつけてくださいね、｡
＞私がかんじたのだからそれでいいでしょう…
それでいいという問題ではありませんよ。
（１）は、誰も主張していない、学さんが脳内で作り上げた藁人形ということを認めたわけですね。
そして記事本文では、こうも書いていますね。
＞NHKに間違いを吹き込んだ学者の考えは（１）です。
これまた、狸さんが元のNHKスペシャルで行われた説明を掘り起こしてくれたおかげで、学さんの間違った妄想の産物であることが確認できました。
このように誰も主張していない（１）を、私やNHK番組に関わった学者の考えのように捻じ曲げて伝え、（１）は間違っている、こいつらは生物学を何も理解していない、と誹謗中傷しているのですよ。
ここにハッキリと、学さんに対して、訂正と謝罪を要求させていただきます。
モノクローナルなT細胞からSTAP細胞を作る必要はないです。ポリクローナルなT細胞由来の細胞塊を注入した場合でも、何らかの多能性を持っている細胞が複数含まれていれば、キメラで複数の再構成バンドが検出できるはずです。キメラ体内で淘汰される可能性や、ホスト由来のT細胞のコンタミの可能性を考慮すると、胎生１０日くらいの胎児で解析するとよいと思います。DJ2だけでなくDJ1の再構成も調べれば、さらに検出確率が上がるはずです。それでもTCR再構成がキメラで検出できなければ、T細胞以外の造血細胞がSTAPの起源として想定されますので、さらなる実験でそこを詰めるのが、正しい研究のプロセスだったと思います。
分化T細胞を胚盤胞に注入しても、生き残れないと思いますが、初期化されていれば、生き残ってキメラに寄与する可能性があります（STAP論文の趣旨は、そういう事ですよね？）。逆に、T細胞由来STAP細胞がキメラ体内で生存増幅できないのであれば、体内での多能性はないと判断され、T細胞以外の造血細胞がSTAPの起源と考えるべきです。その場合は、然るべく論文に記載されるべきですよね。
横から失礼します。
Ｔ細胞の寿命の話ですが、これらはあくまで「細胞膜上にタンパクとしてTCRを発現しているＴ細胞」の話ですよね。
そのＴ細胞を「初期化」して得られた多能性細胞である「STAP細胞」においても、Ｔ細胞の寿命の話が適用できると思われますか？
「Ｔ細胞から得られたSTAP細胞」からキメラマウスを作成する際に、「Ｔ細胞」の寿命（アポトーシス）の話は、全く無関係だと思うのですが。
＞サイエンスの査読者２が少し誤解しているのは、細胞塊で注入しているのに、キメラに寄与する細胞は１細胞だけ（モノクローナル）と決めてかかっている事です。仮に１細胞あっても、TCRアレルは二つあるので、再構成バンドが二本あってもおかしくないし、複数のT細胞由来細胞がキメラに寄与すれば、さらにバンドが増える可能性があります。
大事な情報をありがとうございました。
初期化された場合は、別の話になるだろう事は、寿命の話の前のコメントに書きました。yap*ari*w*katt*na*さんと同じ考えだと思います。
学さんとの間で、話が噛み合わないようなので、少し違う視点で議論しようと思い、T細胞の寿命の話をして見ました。幹細胞も面白いですが、免疫も面白いですよ。
＞学さんとの間で、話が噛み合わないようなので、少し違う視点で議論しようと思い、T細胞の寿命の話をして見ました。
Ｌさん、その話をする前に、明確に学さんが間違っている部分を指摘してあげてくださいよ。 私の説明は聞こうともしないのでね。
Ｔ細胞の寿命は、非常に複雑な調整をされているらしいことは少し調べて見つけましたが、、 結局は 「細胞膜上にタンパクとして発現してるTCRを介してのアポトーシス」のようですね。
そうなると、Ｔ細胞の性能とか寿命と言う議論は、タンパクとしてTCRを発現していない細胞には当てはめられない、すなわち学さんの主張する「Ｔ細胞由来のSTAP細胞」にはＴ細胞の寿命の話には当てはめられない、ということなんですが、、
ここに関するＬさんの見解を明確にしていただけませんか？
（即ち、TCR再構成のあるキメラマウスができるかという疑問に対して、Ｔ細胞の寿命の話を当てはめるのは学さんはナンセンスだと）
ため息さんが、かなり説明してくれてますが、理解してもらえないようです。私が同じ筋で説明しても理解してもらえないと思うので、変化球を投げてます。ご理解下さい。