小保方氏のねつ造という研究不正が認定されたのは、増殖曲線とメチル化実験と思います。
後は、画像問題でしょうか?

この部分に不正があったとしても、STAP細胞は存在すると唱えることは可能です。

使用マウスが違うことが、若山氏による論文撤回の理由で、若山氏は博論ミスをもって論文撤回を決意したとあります。

これらのことがあっても、STAP細胞は存在すると唱えることは可能です。

前回のブログに書いたように、主要実験をした若山氏(研究室関係者)、小保方氏がSTAP細胞はあると言えばある、無いと言えば無いのです。

第三者がSTAP細胞が無い!というのためには、無いとする証拠をそろえなければならないのですが、現実には無いことの証明が不可能です。
まさに、「STAP細胞はありまーす。」です。

桂報告書も、STAP細胞、STAP(幹)細胞が無いとは言っていません。
ただ、30ページで、STAPはESで説明できると言っているだけです。
つまり、ES混入は可能性のひとつを示したものと考えます。

桂報告書30頁では、STAP論文は、“ほぼ”すべて否定できると書いてもあり、この文章の場合、“ほぼ”を前置きしたら、無いということを強調できなくなります。

桂報告書の極めつけは、誰かがES混ぜたかもしれないが、小保方氏がESを混ぜたとは断定していないことです。

小保方氏は、STAP細胞を作り、STAP(幹)細胞、キメラ、テラトーマを解析したとは言っているのですが、小保方氏による解析とは何を指すのか?は書いていません。

報告書は、小保方氏が実験結果を提出しなかったから判断ができないと言っています。
そして、同時に、若山氏も渡したマウスの記録を取っていないなど、若山研究室の問題点や不備を指摘しています。

STAP細胞の新規性についての実験の実態についての実験ノートの一部は提出されているようですが、提出された実験ノートが疑惑解明につながるのか?つながらないのか?の調査結果については公開されていません。

桂調査報告書を、STAP肯定論的にとらえていくのも悪くないと思います。
桂調査委員会が調査した時点より、状況は変化しています。
遺伝子解析の方法も進歩するでしょうし、精度も増すでしょう。
そうした科学の進歩に応じて状況が変って欲しいですね。




コメント(53)
顔アイコン
plus99%さんのコメント
>ESによって捏造された説では方法もいくつも言われていますが、最もシンプルなのは、STAP細胞をつくったというシャーレの中にピペットで一滴ぽとりとES細胞を落とすというものです。
必要なのはちょうどよい増殖に見えるようにぽとりと落とすタイミングをはかることだけです。

ならば下記の疑問点を推理してほしい。

疑問①すでに増殖している(STAP幹細胞様)細胞を教授に渡してもば れるでしょう
疑問②FLS、CLS,AC129のSTAP幹細胞樹立のためには3種のES細胞が必 要である。小保方氏が混入犯であればどこからそれを調達した
か。
疑問③若山教授から実験用として渡されたマウスはどうなったか、そ のまま破棄したとしたらSTAP細胞でおよそ何匹のマウスが捨て られたか?削除
2017/11/5(日) 午後 8:00[ hide ]返信する
顔アイコン
hideさん
1は日本語の意味がとれません。詳しく書いてください。
2ES調達先なんて知りません。誰がやったのかも特定されていないんですが。
小保方氏のフリーザーからはいっぱいESが出ましたね。そもそもCDBではそこここでESが使われているでしょう。捏造者がいたなら、FES1などというそれほど適していないESを使ったということです。withCAG-GFPならばなんでも可という選択ですから、どこなりとパクリに行ったということです。
3マテメソどおりの実験では脾臓だけ取り出して残りは捨てるんです。何匹か?アバウトには実験回数かける5匹でしょう。これは原則動物実験の申請をしてその通り行い、使わなかった部位は廃棄。
仮に脾臓を使わなかったなら、潰すなり刻むなりして流しにジャーで終わり。本体に押し込んで一緒に捨てたって誰も気づかないでしょう。なにが疑問なんですか?削除
2017/11/6(月) 午後 0:02[ plus99% ]返信する
顔アイコン
plus99%さんへ
疑問①すでに増殖している(STAP幹細胞様)細胞を教授に渡してもば れるでしょう
小保方氏は若山教授にシャーレにシャーレの中に「ピペットで一滴ぽとりとES細胞を落として」STAP細胞出来ました。といって渡したと仮定した場合。そのES細胞はすでに細胞分裂をしている細胞であり、STAP細胞とは異なることは顕微鏡で見ればすぐわかると思うのです。
STAP細胞の大きさは5μぐらいの細胞です。これを2~3日かけて培養してSTAP幹細胞が出来て、やっとES細胞様になるのが一連の流れなので。「シャーレの中にピペットで一滴ぽとりとES細胞を落とす」と見た目はいきなりSTAP幹細胞(またはES細胞)を渡されたことになります。....ではどこでES混入したのかがここでの疑問①です。削除
2017/11/6(月) 午後 7:50[ hide ]返信する
顔アイコン
hideさん
>小保方氏は若山教授にシャーレにシャーレの中に「ピペットで一滴ぽとりとES細胞を落として」STAP細胞出来ました。といって渡したと仮定した場合。

報告書14頁には「[STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラの作製] 小保方氏がディッシュの蓋などに載せて持って来た STAP 細胞塊を若山氏が切り刻んでマウス胚に注入し、キメラを作製した。」とあります。
普通に考えれば、培養器の中に入っていたシャーレごと若山氏に渡すはずですが、何故、小保方氏は「ディッシュの蓋」に乗せてSTAP細胞塊を運んだのでしょうか?削除
2017/11/6(月) 午後 8:30[ 体内時計 ]返信する
顔アイコン
>①すでに増殖している(STAP幹細胞様)細胞を教授に渡してもば れるでしょう
>1は日本語の意味がとれません。詳しく書いてください。

これは小保方さんがESを混ぜて若山さんに渡した場合ですよね。
前から言ってる事ですが、小保方さんが若山さんにES混入をしたものを渡したところで若山さんなら100%わかると思います。
彼は、この道のエキスパートであり、プロなのです。
笹井さんもそうですが、笹井さんは途中から加わったので間違いや勘違いが仮に、有ったとしても2年も一緒に研究し論文まで出した若山さんが騙されるなど万に一つも有りえません。
もし、それが出来たなら小保方さんは若山、笹井両氏以上に細胞学に詳しかったとしか考えられませんが、有りえますか?
自分は、有りえない事だと思いますが・・・削除
2017/11/6(月) 午後 9:59[ m ]返信する
顔アイコン
hideさん
専門家でない私とそういうことを議論するのは基本的には無駄なことですね。なにせSTAPはもちろんES細胞だってみたことはない。群盲象をなでるになる可能性があります。結論ありきに行くとか、感想氏のパズルハウスに行ってみるとかした方がいいと思います。

そう突き放し放しもなんなので、素人の無責任な放談です。その上無用に長くなる可能性もあります。読んでも読まなくても結構ですよ。信じろとも言わない。
ひとつは若山氏のもとへ持って行く時には正しくSTAPであっても細胞分裂を経た状態です。
STAP細胞をインキュベーターで培養する際にはLIFが加えられており、これはESが分化しないように、当初と同じ状態を保たせる働きがある。
よって細胞分裂を経ているから見分けがつくとは私は思わない。削除
2017/11/6(月) 午後 10:04[ plus99% ]返信する
顔アイコン
(つづき)
大きさで区別云々ですが、
ES混入という説を支持する立場では、多能性の証明の物的証拠は全てES混入で説明がつく。問題は最初の混入はいつか?これはブツがないものはわからない。逆の言い方をすれば、実は最初からであって、正しく作られたSTAP細胞が7日間インキュベーターで培養されたものを見た者はいないかもしれない可能性もある。
論文の問題発覚以降STAP細胞の外見で判断がつくという話の根拠になった笹井氏丹羽氏ともインキュベーターから出た細胞を見たかどうかは分からない。
丹羽氏は検証実験で酸性溶液に浸けてSTAP様細胞塊を再現し、外見は論文作成時に見たものと同じと証言したが、それは多能性を示さなかった。
若山氏と小保方氏から、問題発覚以降見れば分かるからありえないという発言があったという話は知りません。私はとりあえず知りません。
STAP細胞が小さい細胞であるという話は実はツチノコのようなものかも知れないと思いますね。削除
2017/11/6(月) 午後 10:06[ plus99% ]返信する
顔アイコン
(不正調査報告書 p7 より)

(c)STAP幹細胞GLSは、ES細胞GOF-ESに由来する

ES細胞GOF-ESは、CDBの別のグループから供与された、Oct4プロモーター下にGFPを発現するGOFマウスから、若山氏が指示した別の研究に使用する目的で、2011年5月26日から10月31日の間にCDB若山研メンバーによって作製された。この期間に、小保方氏から、当該メンバーに対し、STAP細胞の研究でコントロールとして使用したい、との依頼があり、培養皿ごとES細胞GOF-ESが小保方氏に手渡された。削除
2017/11/7(火) 午前 8:18[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
(不正調査報告書 p8 より抜粋)

(d) STAP幹細胞AC129は、129B6F1マウスから作製された受精卵ES細胞に由来する

同じくSTAP幹細胞FLSの対照としてCAG-GFPマウスから作製された受精卵ES細胞(129B6 F1ES)の解析も同時に行った。
(⇒すなわち、若山氏も小保方氏も所有していたと考えられる)


(不正調査報告書 p14~ より抜粋)
ES細胞混入のもう1つの謎は、ES細胞FES1がどのようにしてSTAP細胞研究時のCDB若山研に存在したかである
ES細胞FES1は2005年に当時のCDB若山研メンバーによって樹立されたが、その後、研究に使わず(略)
しかし、CDB若山研が終了した後に小保方研のフリーザーに残っていた「129/GFP ES」と書かれた試料が見つかった。この試料はゲノム解析によりES細胞FES1とほぼ同一であることが判明したが削除
2017/11/7(火) 午前 8:39[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
ES細胞の混入方法については、あくまで推測の域をでませんが、、

不正調査報告書p14の記載から考察すると
「STAP細胞の作製には酸処理から約7日間、細胞をインキュベーター内に放置するが、(略)作製中のSTAP細胞が入ったディッシュを判別できれば、多くの人に混入の機会があったことになる。」
とありますので、7日間の培養時期にES細胞を混入することが推測されているようです。
STAP細胞は細胞質が減って元の細胞より小さくなるということから、おそらく酸処理によって細胞膜の変性または破損が生じて、徐々に細胞塊を形成すると思われるので、この時期にリンパ細胞と一緒にES細胞を混入すると、一緒に細胞塊を形成しうるものと考えられます。
当然ながら、見かけは元のES細胞とは異なるので見分けるのは不可能でしょう。そしてES細胞増殖用の培地で培養することで元のES細胞と同様に増殖したと考えれば、説明は可能ですね。削除
2017/11/7(火) 午前 8:50[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
若山教授から実験用として渡されたマウスについては、論文に記載されたように、STAP細胞作製の為の細胞を採取して、酸処理でSTAP細胞塊を作成する実験に使用されたと考えるのが当然でしょう。
そしてES細胞が混入されていない場合には、キメラもテラトーマもできず、多能性の証明に失敗した実験と記録されていたはずです。(実験ノートに正しく記録されていれば判明することでしょうが)
もし意図的なES細胞混入が行われていたとしても、STAP細胞塊として若山氏に渡すためには、渡されたマウスを使ってSTAP細胞塊を作成していたでしょうね。削除
2017/11/7(火) 午前 8:56[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
学さん

>小保方氏は、STAP細胞を作り、STAP(幹)細胞、キメラ、テラトーマを解析したとは言っているのですが、小保方氏による解析とは何を指すのか?は書いていません。

Nature論文を見れば大体のことは判りますよ。
Fig.1~Fig.4、 Extended Data Fig.1~Fig.9 に多数の図表、グラフなどがありますが、キメラマウス作成部分は若山氏として、それ以外のほとんどのデータ、遺伝子発現が多いようですが、STAP細胞の特徴、ES細胞等との比較、テラトーマの分析などは小保方氏によるものでしょうね。
不正調査報告では、基本的に不正の疑義が挙がった項目についてだけ調査するので、報告書にあるような項目が調査されましたが、そのほとんどについて小保方氏から生データが提出されなかったという話ですので、、、

なお、若山氏の実験ノートにマウスの種類の記載がない点については、恐らく前の実験と同じなので省略されたものと推定されますし、不備はその程度ですので、小保方氏と並べて同等かのように表現するのは問題だと思いますよ。削除
2017/11/7(火) 午後 0:31[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
>なお、若山氏の実験ノートにマウスの種類の記載がない点については、恐らく前の実験と同じなので省略されたものと推定されますし、不備はその程度ですので、小保方氏と並べて同等かのように表現するのは問題だと思いますよ。

若山氏の実験ノートなど公に公開されてもいないし、判断の仕様が有りません。何故、しっかりと公開されないのでしょうか?
小保方ノートのみを茶化し愚弄し、小ばかにしておきながらどうなてんでしょうかね。
若山氏の実験ノートはいつ公開されたのですか?
教えて下さい。削除
2017/11/7(火) 午後 11:23[ m ]返信する
> 体内時計さん

>普通に考えれば、培養器の中に入っていたシャーレごと若山氏に渡すはずですが、何故、小保方氏は「ディッシュの蓋」に乗せてSTAP細胞塊を運んだのでしょうか?

まさか蓋の上にSTAP細胞塊を載せたなんて考えてないでしょうね。
その疑問は自分の経験から説明させてもらいます。培養皿は大小様々なものがあり、実際に実験をする時、蓋に載せるとは、底の浅い蓋をひっくり返して 培養皿として使うことがあります。
その時の上から被せる蓋は同じ直径の蓋であったり、一回り大きい培養皿の蓋を使います。
どうして底の浅い蓋を培養皿に使うかは、後の用途に関係します。
例えば、若山氏がSTAP細胞塊をknifeで切り分けする時に底の深い培養皿の切り分けだとknifeの可動範囲が狭くて細胞塊がうまく切れないという欠点が生じます。底が浅いとknifeの傾きが蓋の底辺に対して鋭角になって切り易すく実験が楽です。削除
2017/11/8(水) 午前 0:45[ あのね ]返信する
顔アイコン
若山氏の実験ノートが不正調査委員会に提出されたことは不正調査報告書を読めば明らかであり、疑う余地はありません。また調査時の資料を一般に公開する必要はないし、公開するわけがないことは一般常識を持ち合せていれば明らかなことです。

ちなみに以前も勘違いして、それを指摘されたまま遁走された方がいましたが、例のマウスのイラストや陽性かくにん(はあと)等の記載でまともな研究者を愕然とさせた小保方氏の実験ノートの一部を公開したのは「小保方氏の代理人」です。理研や不正調査委員会が公開したものではありません。削除
2017/11/8(水) 午前 8:12[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
ついでに、学さんの本記事へのコメントです。

>第三者がSTAP細胞が無い!というのためには、無いとする証拠をそろえなければならないのですが、現実には無いことの証明が不可能です。まさに、「STAP細胞はありまーす。」です。

そうですね。 「ネッシーはいます」「ツチノコはいます」「守護霊はいます」というのと同じ状況ですね。

STAP論文を例えるなら、「人魚がいた」という論文に証拠として掲載されていた「人魚の写真」は良く調べたら人間の仮装だった、「人魚のミイラ」は猿と魚をつなぎ合わせたものだった、という状況ですね。

「STAP細胞はないとは言えない」というのは間違いとは言いませんが詭弁に近いものであり、このNature論文では「STAP細胞はある」とは言えない、というのが適切でしょうね。削除
2017/11/8(水) 午前 8:24[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
pat*****さん
興味深いご説明、ありがとうございます。

「ディッシュの蓋」ですが、仮に小保方氏がES細胞を若山氏に渡してたのであれば、「ハンギングドロップ法」という手法が考えられます。その場合に「ディッシュの蓋」を使用した、という可能性を見つけましたのでコメントしました。
間違いがあればご指摘ください。

『幹細胞の分化状態をモニタリングする方法 」
ttps://www.google.com/patents/WO2011118655A1?cl=ja

「ハンギングドロップ法の模式図を図2に示す。ハンギングドロップ法では、図2に示すとおり、プラスティックディッシュ蓋等の基板に水滴状に垂れ下げた培養液(液滴)のなかで幹細胞を培養する。すなわち、対象のマーカー遺伝子のプロモーターを導入した発光ベクターを細胞に導入し、細胞培養用のプラスティックディッシュ蓋に播種し、液滴を形成する。」削除
2017/11/8(水) 午前 9:19[ 体内時計 ]返信する
顔アイコン
yap-ari-w-katt-na氏のコメント
>7日間の培養時期にES細胞を混入することが推測されているようです
.....これは若山教授から渡されたマウスから脾臓を取り出してそこからリンパ球を採取する工程は有った、としているのでplus99%説とは異なる。この場合は桂調査委員会がサンプルを分析した時は若山教授から渡されたマウスとES樹立のマウスの混合になる。この認識で正しい?削除
2017/11/8(水) 午前 10:09[ hide ]返信する
顔アイコン
pat*****さんの説明、とても明快です。
蓋で渡されたことは、不正を示唆する要素ではない。ということですね。
しかし一方でとても面白い可能性を示唆しそうですね。
トリプシンでバラバラにすることを前提にしていた時には蓋で培養する必要はなかったが、ナイフで切り分けるならば蓋で培養した方が良いということなんですね。
ES混入に関して、素人探偵が跋扈していますが、好んで取り上げられるトピックに、小保方氏は、または第三者はいかにして若山氏が挿入方法を変えるのを予知しえたか、ということがありますが、これはそうした水槽の中をぐるぐる回わり続ける人たちへの燃料投下になるのかもしれません。
その場合でも果たしていつから蓋で培養されるようになったのか、なんのために誰の指示であるかの証言はあったのかなかったのかわかりませんが公表されていないので結論なんて出ないことには変わりないんですが。削除
2017/11/8(水) 午後 1:50[ plus99% ]返信する
顔アイコン
> hideさん

以前から間接的に記載していたのですが、認識されていなかったようですね。

STAP細胞とSTAP幹細胞をごちゃ混ぜにした議論は無意味ですよ。
(桂調査委員会はSTAP細胞そのものは分析していません。)


まず、plus99%さんの仮説との違いは、ES細胞の混入時期ですね。
彼の説は、STAP細胞塊ができた後で、それを若山氏に渡す際に混入したというものと理解していますが、
私の仮説は、STAP細胞塊が形成される7日間の培養期間中のどこかで混入したというものです。
あくまでどちらも仮説、推測の域をでませんが、前者の弱点は若山氏のキメラマウス作成法では顕微鏡観察下で胎盤胞に細胞(塊)を注入するので細胞形態からES細胞が判るのではないかという点、 後者の弱点はリンパ球とES細胞で細胞塊ができるか? 細胞塊に含まれたES細胞がキメラ形成や細胞増殖などES細胞としての性質を維持しているのか? という点ですが、、
恐らく誰も実験していないので、判らないことでしょうね。削除
2017/11/8(水) 午後 1:54[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
細胞塊の形成について補足しておくと、、

(学さんはいまだに 通常の培養条件でES細胞とTS細胞を混ぜても細胞塊を形成しないという話と混同されているようですが)

リンパ球も通常の培養状態では細胞塊は形成しなかったはずですし、あくまでSTAP作成の「酸性条件」という特殊な環境で、細胞が委縮したようになって細胞塊を形成するので(ここまでは再現実験でも確認済み)、 この特殊な環境においては、リンパ球とES細胞が混ざった状態で細胞塊を形成したとしても、不思議ではないと考えられます。削除
2017/11/8(水) 午後 1:59[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
ついでに、また誤解する輩が出てくると面倒なので、あらかじめ補足しておきますが、、

私の仮説では、「誰が」混入したかということは一切問題にしていません。
不正調査報告書の記載を読んでの推測であり、7日間の培養期間中にインキュベーターに近づけて、STAP細胞作製中のシャーレが判別できるのなら、誰でも混入は可能、ということになります。

もしこの仮説のようにES細胞混合状態で細胞塊ができていたとすると、(犯人でなければ) 渡した小保方氏も渡された若山氏もES細胞混入を見抜くことはできないでしょう。
そしてそれを用いた実験では、何の多能性も増殖能もない変性リンパ球は何も結果に影響せず、ES細胞としての多能性(キメラ、テラトーマ形成)を示し、増殖させれば結果的にES細胞のみが残った「STAP幹細胞」になるでしょうね。削除
2017/11/8(水) 午後 2:10[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
(どうしても誤解を避けて丁寧に説明すると字数制限で引っかかるので、、、 連投でお目汚し、申し訳ありません)

もう、これ以上は言うまでもないとは思いますが、、、
hideさんの質問にあるマウスの系統の件ですが、、

混合細胞塊におけるリンパ球由来部分は、当然ながら若山氏から渡されたマウスの系統になりますし、ES細胞部分はそのES細胞のマウスの系統になりますね。

「STAP幹細胞のサンプルを解析したら、小保方氏に渡したマウスとは違うマウス系統の遺伝子であった」 という若山氏の報告と整合します。
また、小保方氏がどのようにサンプル調整したのかの詳細が不明ですが、 例の切り貼り指摘された電気泳動の画像において観察された「STAP細胞にはTCR再構成が見られる」というのも、リンパ球由来のバンドと考えれば説明が付きますし、「STAP幹細胞にはTCR再構成が見られなかった」という結果も整合します。削除
2017/11/8(水) 午後 3:13[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
yap-ari-w-katt-na氏のコメント
>混合細胞塊におけるリンパ球由来部分は、当然ながら若山氏から渡されたマウスの系統になりますし、ES細胞部分はそのES細胞のマウスの系統になりますね。
......桂調査委員会のSTAP幹細胞の分析結果では単一のマウス由来となっている。これはリンパ球由来の細胞とES細胞由来の細胞のマウス系統が一致していることによる解析結果であると?
plus99%さんの仮説ではマウスの脾臓を使わず捨てているので最初からES細胞をシャーレ―に一滴垂らす方法です。削除
2017/11/8(水) 午後 6:55[ hide ]返信する
顔アイコン
hideさん
私の紹介したぽとりと一滴説でも7日間インキュベーターに入っている期間のどこかで混入があったというものです。yap*ari*w*katt*na*さんが若山氏に渡す直前と読んだということはどこか書き方が悪かったのかもしれません。
このインキュベーターから出たてを解析すれば、混合物と出たかもしれません。しかし解析されたのはこれを幹細胞化し株分けした後、つまりかなり後のものです。
増殖するしないということは重要です。ESは無限に増殖するなどと言われる細胞です。増えないほうは混入があった後、じきに全体から見れば誤差程度として弾かれる分量となるのではないかと思いますがそのあたりは専門の方の意見を聞くべきと思います。それに関連して、再現実験では、つまり実際に追試してみたら、論文の記述よりSTAP様細胞がずっと少ない量しかできなかったということもこの説を補強してしまいましたね。削除
2017/11/8(水) 午後 7:01[ plus99% ]返信する
顔アイコン
以前の当ブログに、学とみ子が最後にESを落とすしか方法がないのではないか?と書いたことがあります。Plusさんはそれを参考になさったのではないですか?
私の認識では、スフイアの細胞形態に、全く質の違う細胞が入ってきたらスフイアの形態は壊れてしまうので(スフイアは死んでしまうでしょう)、ES混入をばれないようにするには最後に加えて、細胞形態を変化させないようにするしかないのではないか?と考えました。STAP培養初期にまぜたらESだけになってしまうでしょう。

もともとスフイアは、特殊な条件で生き残った性質の違う細胞群で、そこに異種の細胞が混じって一緒に増殖し続けるなんで考えにくいと思います。
細菌だって、一緒のコロニーで異種菌が増殖できないのに、高等動物の細胞で無理でしょ!
科学者らしくない発想だと思います。削除
2017/11/8(水) 午後 9:07学とみ子返信する
顔アイコン
学とみ子さん
シャーレにES細胞を落とすだけでいい、というのは騒動初期からある説ですよ。
論文が発表されてすぐ第三者が多数再現に乗り出しましたが、誰も成功しませんでした。培地に移して数日たつとSTAP様細胞塊は死滅してしまったという報告もありました。
本人による再現実験でもSTAP様細胞は論文に書かれたような数のコロニーはできませんでした。
ところで、11/6hideさん宛にしたコメントで承認されていないもので「ES細胞はLIF存在下で未分化能を維持して培養すると細胞同士が密着し個々の細胞の輪郭が明瞭でなくなる程に、コンパクトなコロニーを形成する」と書かれた金沢大学学術情報リポジトリにある記事を紹介しましたが、これが正しければ、STAP様細胞塊とES細胞は混じるとか混じらない云々を考える必要はないということではないでしょうか。
つまりこの説は適当な日取りでぽとっと落とすと7日目にはES細胞のコロニーだけが点々と残る、ということですね。削除
2017/11/8(水) 午後 10:37[ plus99% ]返信する
顔アイコン
疑問①....ではどこでES混入したのか
上記疑問についてまとめます。
plus99%氏、yap-ari-w-katt-na氏は7日間の培養期間中にしたぽとりと一滴で教授に渡すときは細胞魂ができるのでわからない。
これに対し学氏はSTAP培養初期にまぜたらESだけになってしまうでしょう。丹羽、笹井氏は細胞接着がうまく行かず細胞魂にならない。
.....誰も実験していないので、判らない。
大切なことはここでplus99%氏、yap-ari-w-katt-na氏がATPを使いSTAP細胞魂を作るところまでは小保方氏は行っていると考えているのがわかった。
ここで私の仮説を聞いてほしい。
若山教授にそのまま渡す。
若山教授はそれをES用培養液+LIFの入った共培養容器に入れる
受精卵ES細胞とフイルターを隔てて培養すること2~3日でSTAP幹細胞ができる。削除
2017/11/8(水) 午後 11:05[ hide ]返信する
顔アイコン
> plus99%さん
昨日の2017/11/8(水) 午後 10:37の記事が書かれた時には、6日の記事はすでに反映されています。6日の時点で承認した可能性が高いです(記録はしていません)。
後から追加された文章の方が詳しいですよね。6日に書き込んだはずと勘違いされていませんか?
いづれにしろ、当方も努力していますので、現状を受け入れてください。

ES細胞を入れたらスフィアの形態は壊れますから、培養を続けたら形態変化するので、混入がバレます。生き物であるSTAP細胞は、異種細胞の接触を感知するので、感知前にESを加えなければならないと考えているのです。そもそも、こうした行為って、とっても異常な話です。ここまでこれる科学者は特別に選ばれた人ですし、まして将来のキャリアアップに努力している新人科学者では、考えられない行為です。こうしたきわめて異常な行為を事実とするためには、第三者の目撃証言以外にはありえません。
画像を加工するとか、過去のデータに入れ替えるとか、そうした不正とは質が違います削除
2017/11/9(木) 午前 7:55学とみ子返信する
顔アイコン
> hideさん (2017/11/8(水) 午後 6:55)

あれだけ丁寧に説明したのに、全く理解されていないようで、この後の説明も無駄になるかもと、暗澹たる思いですが、、、

(ES細胞混入細胞塊を用いて、ES細胞増殖用の培養条件下で)増殖させれば結果的にES細胞のみが残った「STAP幹細胞」になるでしょうね。 という1つ前のコメントの記載は理解できなかったのでしょうか??

STAP細胞とSTAP幹細胞を混同しないように! という指摘の意味も理解されていないようですが、、

STAP細胞(?実は単なる酸処理変性リンパ球)には増殖能はなく、STAP幹細胞 (?実は混入されたES細胞)には強い増殖能があります。
私の仮説でいう、ES混入細胞塊の段階では、若山氏から渡されたマウス系統の遺伝子を持つリンパ球由来細胞と、異なるマウス系統の遺伝子を持つ混入されたES細胞の混合状態ですが、これをES細胞用培地で培養すれば、ES細胞だけが大量に増殖した「STAP幹細胞」となり、遺伝子解析しても混入ES細胞と同じということになるのです。削除
2017/11/9(木) 午前 8:14[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
学さん

>私の認識では、スフイアの細胞形態に、全く質の違う細胞が入ってきたらスフイアの形態は壊れてしまうので(スフイアは死んでしまうでしょう)、

学さんの認識が滅茶苦茶ですね。本当にSTAP論文を読まれたのでしょうか???
「スフイアの細胞形態」とは、私のコメントでの「STAP細胞塊」のことと思いますが、酸性処理したあとの体細胞を7日間、インキュベーターで培養している間に、徐々に形成されていくものです。

元々、正常なリンパ球は培養しても細胞塊は作りませんが、酸性処理によって恐らく細胞膜が変性することで、7日間の間に徐々に細胞塊を形成するのであり、小保方氏によればリンパ球だけでなく、マウス胎児由来の脳、皮膚、筋肉、脂肪など試みた全ての組織の細胞から誘導できるということなので、7日間のうちの適切なタイミングでES細胞(もしかすると酸性処理したものかも)を混入すれば、一緒に細胞塊を形成することはあり得ると思いますよ。削除
2017/11/9(木) 午前 8:31[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
学さん

>もともとスフイアは、特殊な条件で生き残った性質の違う細胞群で、そこに異種の細胞が混じって一緒に増殖し続けるなんで考えにくいと思います。

STAP細胞には増殖能がない、という基本的な情報が欠落していませんか? 増殖するわけではなく、細胞塊を形成するのですよ。

そしてリンパ球のみならず、脳、皮膚、筋肉、脂肪など試みた全ての組織の細胞が同様に細胞塊を形成するということから、小保方氏の酸性処理の条件で細胞膜に生じる変性(徐々に細胞塊を形成する)は、異なる細胞を混合させても生じうると考えるのが、科学的でしょうね。


>細菌だって、一緒のコロニーで異種菌が増殖できないのに、高等動物の細胞で無理でしょ!

同種を維持しようとする生物の基本的性質によると思われる細菌の話と、単離した体細胞を酸性で変性させた際に生じる現象を混同してしまうとは、、、、
科学者らしくない発想だと思います。削除
2017/11/9(木) 午前 8:41[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
学とみ子さん
勘違いしないで欲しいのだけれど、私は一滴ぽとりを信じているというわけでもありませんし、特別信頼性のある仮説と思ってもいません。前トピックへのhideさんのコメントで、実験に使われたマウスの数量を調べればES混入説が疑わしいことが分かるというようなコメントに対して、世間で最も流布している説をご存じないのだなと思い、解説したまで。この方法ならば、マウスは実験が正しく行われた時と同じ数量になりますから。
そしてこれは、桂調査委が想定したいくつもの方法のうち、おそらく犯行可能な者の最も多い仮説なのでしょう。この方法が実行不可能ではないので、動機の有無とか技量とかによる分別を行わず、多数の者を実行不可能として除外できない、と述べているわけです。法的な対策ですね。
調査報告書に、一番そうであったであろうと思われる方法を述べることは、行為ができたのは誰と誰と名指しすることと同じです。そう書けば訴訟でしょう。ですから、桂調査委が最もありそうだと思った方法が何かは書いてありませんし、想定される犯人もわかりません。削除
2017/11/9(木) 午前 9:25[ plus99% ]返信する
顔アイコン
学とみ子さん
コメントが反映されないことに不服を述べてはおりません。
なにを表示するかは管理者の領分ですから。
前回のようにつながった2つの片方だけ表示とかは困りますが。
最近は数が多いので大変でしょう。

ESの混入によってSTAP細胞塊が変化する、混入は見れば分かるという話は、結局のところ追実験しなければ分かりませんからそれぞれ言い分を言い合うだけ、無駄な議論です。
なによりも、当事者が誰もES混入に不服申し立てをしませんでした。
これは、仮にES混入でないことが証明できても、実験の意義が復活することはないからだと思います。
気晴らしのパズルにはうってつけかも知れませんが。

優れた人がそんなことをするか、という議論も、現に有名国立大学でも教授が不正に問われたりしてますね。しかも珍しいことではないです。削除
2017/11/9(木) 午前 9:26[ plus99% ]返信する
顔アイコン
hideさん
>若山教授はそれをES用培養液+LIFの入った共培養容器に入れる
受精卵ES細胞とフイルターを隔てて培養すること2~3日でSTAP幹細胞ができる。

そう考えるとどんな前進があるのか全く分かりません。
ntESと共培養すると幹細胞の性質を獲得するのならそう論文にかけば良かっただけです。
なにも方法を隠す理由がない。
論文に嘘を書けばだれも再現できずに忘れ去られるだけ。
特許に虚偽を書けば再現されずに特許料が入らないだけ。

hideさんがSTAP細胞は実在したのだ、という見解の方なら、
なんか、本当に本当に基本的なことが分かっていないのではないでしょうか。削除
2017/11/9(木) 午前 10:08[ plus99% ]返信する
顔アイコン
> hideさん

>丹羽、笹井氏は細胞接着がうまく行かず細胞魂にならない。

先日の学さん宛てのコメントにも書いたことですが、
丹羽先生のお話は、通常の状態での「ES細胞とTS細胞が集まって細胞塊を形成することはない」という話ですよ。
STAP細胞塊のとごちゃ混ぜにしないように。


それから
>これに対し学氏はSTAP培養初期にまぜたらESだけになってしまうでしょう。

STAP細胞塊を形成させる際の7日間の培地には、ES細胞の増殖を促進するACTHは含まれていないので、それほど増殖をするかどうかは判らないですね。削除
2017/11/9(木) 午前 10:47[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
hideさん
>若山教授はそれをES用培養液+LIFの入った共培養容器に入れる
受精卵ES細胞とフイルターを隔てて培養すること2~3日でSTAP幹細胞ができる。

若山氏がその様な捏造をする動機はどこにあるのでしょうね。
繰り返しになりますが、「あの日」には若山氏がSTAP幹細胞へ51%の特許配分を希望した、とあります。若山氏が特許出願の明細書と異なるhideさんが推測されている様な方法でSTAP幹細胞を作成したとすると、若山氏は虚偽の内容を書き、特許庁を欺いて特許申請したことになるため、これが明らかになった場合、詐欺罪で刑事責任を問われます。
若山氏が他人が発見した新種の細胞の為に、その様なリスクを冒す必要がどこにあるのでしょうか?
また、若山氏が関わっていないテラトーマやSTAP 細胞由来 ChIP-seq (input)サンプルにもES細胞の混入が認められていることはどう説明されますか?削除
2017/11/9(木) 午前 11:35[ 体内時計 ]返信する
顔アイコン
どの段階でES細胞を混入したら小保方さん、あるいは若山さんにばれずに実験が進むのかについて、実際に実験して公表した研究者はいませんよね。
それは研究者にとっては、論文が取り下げられ、STAP細胞は作れなかった、サンプルはすべてES細胞の混入があったことで科学的な結論が出ているからだと思います。

ES混入の手口は混入犯でないとわからないでしょうから、いろいろ模索しても解明は難しいのでは。後は混入犯を知りたい人が何とかするしかありません。

それよりSTAP細胞があると主張する人が正しいデータで立証するほうが建設的だしわかりやすいと思います。
ただSTAP細胞には否定的な結果ばかりですので、予算や時間を使ってまでSTAP研究を深めようとする研究者がいる可能性は低いかもしれません。
Ooboeさんが研究者に見解を求めて断られたとのことですが、「あの日」や日記を根拠にしている間は、研究者の協力は得られにくいだろうと思います。彼女が言ったり書いたりしただけの形では科学ではないので。削除
2017/11/9(木) 午後 2:06[ nte***** ]返信する
顔アイコン
> plus99%さん 2017/11/8(水) 午後 7:01

>yap*ari*w*katt*na*さんが若山氏に渡す直前と読んだということはどこか書き方が悪かったのかもしれません。

いえいえ、これは申し訳ありません。 私の落ち度です。

貴殿の記載:
「STAP細胞をつくったというシャーレの中にピペットで一滴ぽとりとES細胞を落とすというものです。」

の「つくった」という過去形に意識が囚われ、STAP細胞と書かれているのをSTAP細胞塊のことと考えて、細胞塊ができた後にES細胞を加えたということと思い込んでしまったのです。
ご迷惑をおかけして、申し訳ありませんでした。

plus99%さんの説として、上記の誤解に基づいて書かれた私のコメントについては、お詫びの上、訂正させていただきます。削除
2017/11/9(木) 午後 4:16[ yap*ari*w*katt*na* ]返信する
顔アイコン
> nte*****さん

>ES混入の手口は混入犯でないとわからないでしょうから、いろいろ模索しても解明は難しいのでは。後は混入犯を知りたい人が何とかするしかありま