問題になっている部分を貼り付けます。桂報告書青字
16頁
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。 第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、 3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2i に示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認さ れた。
報告書24～25頁
「１１）Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について
Oct4-GFP の FI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が確認できない点（Oct4-GFPの挿入を持つFI幹細胞がLetter Fig.2b-e、Fig.3、ExtendedData Fig.5、Fig.6で使用されているが、小保方研とCDB若山研のストックのFI幹細胞を調査した限りでは、Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子を持つものしかなく、Oct4-GFPを有するFI幹細胞が見当たらない。系統として樹立されなかったのではないか）」
「１１）Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について
Oct4-GFP の FI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が確認できない点（Oct4-GFPの挿入を持つFI幹細胞がLetter Fig.2b-e、Fig.3、ExtendedData Fig.5、Fig.6で使用されているが、小保方研とCDB若山研のストックのFI幹細胞を調査した限りでは、Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子を持つものしかなく、Oct4-GFPを有するFI幹細胞が見当たらない。系統として樹立されなかったのではないか）」
hide様のご質問から、ここは大事な点であると再確認しました。
上記の小保方氏によるサンプル持ち込みは、なぜ行われたのか？です。
体内時計様は、憶測になるから、答えられないとおしゃいました。
上記の小保方氏によるサンプル持ち込みは、なぜ行われたのか？です。
体内時計様は、憶測になるから、答えられないとおしゃいました。
しかし、この事件を追っている人にとっては、大事です。
レター論文実験中には、STAP細胞、FI細胞の遺伝子発現のデータがすでに得られているのです。
なぜ、その遺伝子発現のデータをそのまま公開データベースにアップしないのか？という問題です。
実験が終わってから、以前の実験と同じ細胞の遺伝子発現をなぜ調べ直すのか？です。そして、そのサンプルをわざわざ、小保方氏にGRASに持ち込ませるのか？
この時は、小保方氏が単独で実験したとされ、そのサンプルに、ES、TSが混入していたのです。
この問題を追っている人であれば、この持ち込みが持つ意味について、いくつかの憶測を考えることができると思います。
このブログでは、憶測がいけないとさんざん非難されています。
まさに、これは、問題視されている憶測ですが、とても大事なポイントと思います。
私は、いつも、２論文は、”STAP（幹）細胞はES細胞とは違うのだ”という実験結果に満ち溢れていると言っています。そして、これこそ、小保方氏を守るものであると言っています。
この持ち込み事件も、小保方氏を守るものと思います。
２論文では、STAP細胞から、STAP幹細胞が作られ、遺伝子発現の様子が図表化されています。
その様子を、レター論文Fig4として、このブログにも図表を何回かアップしています。
レター論文Fig4のaは、STAP細胞から作られたFI細胞が、LIF培地で、ES様細胞へと変化するとの図です。Fig4のbは、遺伝子発現の図です。
レター論文Fig3には、STAP細胞から作られたFI細胞が、LIF培地でES様細胞となり、その時点でそれまで発現していたES,TSの両方の遺伝子発現が消えてES様細胞となるとの実験です。
つまり、TS細胞遺伝子発現が無くなる経過が示されています。
Fig3は次のFig4へとつながり、STAP細胞が性質の違う細胞へと変化していく様子が理解しやすいようにとのストリー展開が図になっています。
レター論文Extended Data Figは、ES,TS,STAP細胞、STAP幹細胞、FI細胞を並べて遺伝子発現の図表があります。トランスクリプトーム解析の図表は、Extended Data Fig.3、 Fig.4です。
補足；トランスクリプトーム解析とは、遺伝子（DNA配列）がどのように機能しているかをRNA配列で調べる方法ですが、Extended Data３，４には、ES,TS,STAP細胞、STAP幹細胞、FI細胞と並べて遺伝子発現を調べて、それぞれの細胞の動態が違うと書かれています。CD45+細胞とSTAPは異なるが、ESとSTAPは似ているとかあり、使われたSTAPは、OCTの入った細胞とあります。
何が言いたいのかというと、このデータはどうなったのか？どこに行ってしまったのか？誰が持っているのか？です。GRASにサンプルを持ち込んだのは誰なのか？です。
アクロシン入りのFI細胞は、この動きをしたであろうと思われます。
桂報告書は、ここを公開していません。
ただ、小保方氏の空実験であるかもしれない・・・・のような書きぶりなのです。
FI細胞はあったかも・・・とは言ってくれているようなニュアンスがあります。
そこはうれしいです。
この時に、それぞれの細胞の遺伝子発現が調べられているのに、再度、リバイス実験の際、小保方氏は、FI細胞のサンプル調整を要求されているのです。
その時、GRASに持ち込んだサンプルが、アクロシン入り、TS入りだったのです。
その事実は、ずーと後の正式解析まで公開さていないはずが、実際には情報は漏れていたとの憶測です。
遺伝子解析を著者に要求したのは、ネイチャー編集部だとしたら、小保方氏は、実験中のデータを入手できる立場になかったのではないか？と憶測できます。
なぜ、サンプル再調整の必要があったのか？実験中に得られたデータが本来正当なものであるはずだから、小保方氏らは、それを公開データベースにアップできなかったのか？との疑問が出てくるわけです。
実験中のデータを、小保方氏は入手できなかった、その理由は、小保方氏の実験ではなかったからではないか？と考えるのは推測そのものです。この憶測は問題あろうと思いますが、議論しなければいけないポイントではないか？と思います。