このブログに、rin*****様より、日経サイエンスの記事をご紹介いだきました。青字
日経サイエンス2014年8月号P.60より引用します。
CDBに自己点検検証委員会は6月12日の記者会見で、一連の遺伝子解析は論文投稿後の2013年5月から8月に行われたと語った。若山氏は山梨大へ移った後の事だ。「FI幹細胞はES細胞とTS細胞の性質を併せ持つ、STAP幹細胞よりもTS細胞に近い細胞」という論文の主張は固まっていただろう。論文の査読者や、実質的に論文を執筆していた笹井氏とのやり取りの中で、主張を補強する追加データを取りたいとの思いもあったかもしれない。
図2iの樹形図は、まさにその主張を完成させるデータである。小保方氏はこのデータを得るためにES細胞とTS細胞を混ぜ、遺伝子解析チームに依頼したのではないだろうか。
これは日経サイエンスの記者が、学者から吹き込まれたにしろ、想像を記事に書いたということなのでしょう。何も証拠もなく記者の勝手な想像がこれだけ堂々と、一般人向けの科学主流雑誌である日経サイエンスに書かれていることには驚きます。
ねつ造派の主張では、この細胞を持ち込んだのは小保方氏だから、遺伝子の知識のない未熟な小保方氏が、こんなバカげたことを思いついて実行してしまった結果であると言いたいのでしょう。
しかし、小保方氏がねつ造犯ではないと考える立場では、こんなにすごい（変な）ものを実際に小保方氏がGRASに持ち込むというのは信じがたい！となります。
そしてさらに、２種類の細胞が混じったFI-SC３なる細胞が、なぜ、論文に載っているのか？も、とても奇異だと感じます。むしろ、小保方氏が、反撃の材料にできる証拠がここにあると感じます。
STAP細胞の発想など世の中にない時代から、バカンティ研の仕事ぶりを懐疑的な目でみているハーバード大の遺伝子チェック専門の人たちもいるわけですから、STAP細胞が出てきた時点で、STAPの正当性を見張っている科学者たちは世界中にいたのです。
日本でも、生物科学の若山研究室は、理研で外様の扱いを受けていたでしょうし、理研の点検学者たちのターゲットになっていたと思います。これもＳＴＡＰ研究の前からのことであり、桂調査委員会の文章にも、若山研究室に対してもアンチであることが伺えます。新規の業績を出す研究室は、すべからくこうした有志研究員によるチェックが厳しくあったと思います。
そもそもTSを混ぜた理由とは何なのでしょうか？混ぜた人は、どういった知識を持った人なのかは、興味深いです。TS細胞をまぜておけば胎盤に分化するための遺伝子発現が確認できるので、FI細胞はマウスにもなれるし胎盤にもなれるとの偽装成功するからということなのでしょうか？
動物個体の発生医学を専攻する研究者であれば、細胞を混ぜて遺伝子をごまかすという発想を思いつくことはないと思います。小保方氏が「これがFI細胞です。」とGRASに持参すれば、GRASは「解析の結果は、マウスにも胎盤にもなれる能力の１種類の細胞です」との判定が出るだろうと、小保方氏の企てがあったということでしょうか？
２種類の細胞を混ぜてしまったら、ばれるのではないか？の心配が、小保方氏にはなかったということになってしまいます。
この場合、持ち込みされ解析された機会は、１回きりでしょうから、１回のみをすり替え、置き換えをすれば良いわけで、手間はかかりません。一人の人でできます。この偽装行為は、いつ実行されたのか？については、小保方氏が若山氏と共に実験していたかなり以前の時点も含まれます。但し、TSが丹羽研由来であれば、考え方が違ってくるでしょう。
この細胞がどのような経緯で遺伝子検査に持ち込まれ、結果が処理されたのかは、関係者は誰もコメントをしていないのですよね。FI-SC３細胞は、桂報告書の３頁にも載っていません。
こうした変な細胞がGRASに持ちこまれた経緯があったことが証明されているのですから、この経緯をもっとはっきりさせると、いろいろ見えてきそうです。
小保方氏は、何度もアクロシン入りの解析検体を運んでしまったのだから、小保方氏が細胞の中身を知らなかった状況がわかります。
なぜ、こうした混ぜ物が現実に存在しているのか？事件の真相に迫る出来事です。
２種類の細胞を混ぜた検体を遺伝子解析に持ち込むようなことは、生物学に素人な人が思いつくことと、世の中に示していけます。むしろ、FI-SC３細胞のようなでたらめな細胞が理研にあったこと自体が、すり替え、置き換えなどの妨害行為の存在を疑わせるものです。
TS入りであることは、小保方氏にどのように伝えられたか？ここも争点ですよね。
少し視点をかえますが、そもそも、起源の異なる細胞のESとTSをまぜてマウスを作ろうとするとどうなるのですか？ESでマウスをつくるのと同じように、この混ぜ物を胚盤胞に入れたら、どういうマウスができるのでしょうか？胎盤もキメラ、マウスもキメラになってしまうと思いますが・・・。
そもそも、こういう状態の動物は、無事生まれてくる事ができるのですかね？
人間でも遺伝子異常の発生した胎児の多くは、成長せず流産します。
キメラはひとつのマウス個体に、異なる遺伝子の細胞が入っているというとっても奇異な動物ですね。
でも、胎盤もおかしかったら動物は育たないのではないかと思います。
どなたか、ESとTSをまぜて胚盤胞にいれるとどうなるのかを教えてくれませんか？
理研の保存検体がトンでも遺伝子背景であったことは、上層部は知っていましたね。
上層部は、研究妨害を知っていたと思います。
但し、どこの時点で、誰が仕組んだのかはわかりませんが、沈黙している人たちは複数ですから、そのうち何かわかってくると思います。
ノックアウトマウスを作るときは、まずヘテロで遺伝子改変されているES細胞の注入によりキメラマウスを作りますが、ほとんどの場合、問題なく生まれてきます。ヘテロの欠失で胎生致死になるような遺伝子は、かなり稀にしか存在しないので、そういう意味ではマウスは遺伝子異常に柔軟と言えますが、人でも、常染色体劣性遺伝でのキャリアーは無症状である場合が多く、遺伝子異常に対して柔軟と言えると思います。
同様のコメントを上のコメントの前に投稿したのですが、うまくいっていないようなので、再投稿です。もし重複してる場合は、一方を削除して下さい。
横から失礼しますが、、 FI幹細胞について議論する際には、注意が必要です。
NATURE論文にある「STAP細胞をFGF含有培地で培養して作成したというFI幹細胞」と「胎盤が光るキメラマウスを作成したFI幹細胞」が同じであるかどうかも不明です。
ましてや、小保方氏が「FI幹細胞」と称してGRASに解析依頼したものは3種類もあり、これが論文記載のものかどうかも不明というシロモノです。
なお、2種類の細胞の混合物とされた「FI-SC3」ですが、これはRNA-seq解析なので、おそらくは抽出RNAの形で解析に出されたと思われるので、２つの細胞が混ざるの混ざらないのという別の疑惑とは無関係にサンプル調整は可能だったと思われます。
L様が書かれた文章ですが、・・・・報告書では、「2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入・・・の部分ですが、FI-SC3はB6ホモのOct-GFPですが、これとは異なり、GOFマウスにFES1が混ざったものもあるのですか？どの報告書ですか？この他に、桂報告書では、１０頁にRosa26-gfpを持つ幹細胞もあった？とあります。これらは、試行錯誤で実験を繰り返した証拠となるものですよね。幹細胞にESが入っていることは、幹細胞化にESを利用したいわゆる共培養の可能性もあるということでしょうか？
桂報告書p25の後半に記載されています。そもそも、２回目のFI幹細胞株であるCall TS11～TS13の元になったマウスの記録がない（若山先生のノートに記載がなく、調べていれば理研動物舎の記録にも残っていないという事だと思います）のが問題です。レター論文ではGOFのFI幹細胞が使われているので、この３株の中にB6 GOFのFI幹細胞がある可能性は否定できません。若山先生の記憶ではGOFのFI幹細胞を作った覚えがないとの事ですが、記憶だけですので。p25の記載では、これら３株にFES1（129/GFP ES）混入があるように見えますが、それを裏付ける実験結果も示されていません。共培養の可能性に関しては、それを示唆する調査結果が全くないので、議論しようがありません。もし行われていれば、興味深い実験とは思いますけどね。
一応若山先生担当の部分なので、「FGF4含有培地で培養して作成した細胞で胎盤が光るキメラマウスを作成した」という前提については、そのまま受け取ってますけど、問題ありますか？
FI-SC3については、おっしゃるように色々な可能性があり、それらの可能性を絞り込むための調査実験をすべきだったと思います。RNAやcDNAライブラリーのレベルで混ざった可能性もあれば、細胞レベルで混ざっていた可能性もあると思います。
私は、「胎盤が光るキメラマウス」が本当かどうかを示す材料がないので前提にはできないと考えています。
Nature論文の「FI幹細胞由来キメラマウス」の画像は、若山氏が「STAP由来キメラ」と帰属して小保方氏に渡した画像であると判明しており、また本物の（？）「FI幹細胞由来キメラ」の画像は報告書などでも公開されていないので、「胎盤に寄与」を裏づけるデータもなく、もう何が何だか判らない状態でしょう。
いずれにせよ、今の論点は、小保方氏がFI幹細胞として提出した「FI-SC3」が混合物であったことの考察であり、若山先生担当部分のFI幹細胞と別物として考えないと間違った結論になると思いますよ。
仰ってるNature論文はレター論文のことで、「FI幹細胞由来キメラマウス」というのはFig.1bに示された「STAP細胞由来のキメラマウス」の間違いではありませんか。なお、レター論文にある「FI幹細胞由来の胎盤の蛍光画像」はFig.2f左上にありますすし、「FI幹細胞由来の胎児胎盤の蛍光画像」はFig.2g上にあります。ところがFig.2f左上の胎盤の蛍光画像で奇妙なところは胎盤の周辺部が全く光っていないということです。背景から発せられるわずかな蛍光よりも黒いのが分かります。つまり胎盤の中央部だけが蛍光し周辺部は光らないのです。これはES細胞由来の胎盤に見られる現象なんです。さらにFig.2f上の胎盤の蛍光画像では、なぜか白色光源で照らしたときに生じてしまう白い反射光がいくつも映り込んでいます。胎児胎盤の蛍光を撮影するのに白色光源を使ったと証拠になります。奇妙な画像です。したがって、この2枚の画像はどちらもFI幹細胞の存在を示しているとは思えません。
https://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12969_F2.html
＞仰ってるNature論文はレター論文のことで、「FI幹細胞由来キメラマウス」というのはFig.1bに示された「STAP細胞由来のキメラマウス」の間違いではありませんか。
私の記載したことが正確に理解されていないようですね。
石井調査報告書をご確認ください。
レター論文のFig.2gのキメラマウス画像は、論文では「FI幹細胞由来」とされていますが、実際には若山氏が「STAP 細胞から作製したキメラマウス」と帰属して小保方氏に手渡した画像ファイルが使用されていた、ということです。
なお、Fig.2fについては、不正調査の対象ではなく何も情報がないので判断の仕様がありませんが、上記のことと合わせて考えると
「FI幹細胞の存在を示しているとは思えません。 」という意見には同意できます。
上記の石井報告書に基づく私の記載は、Fig.2g下パネルの蛍光画像のことです。 Fig.2g上パネルのBrightfieldの画像については、不正調査報告書には何も情報は無いので、Fig.2fと同様、判断しようがありません。
（ちなみに、mir**ogunさん、Brightfield画像というのは、蛍光画像ではないということは理解されてますか？）
2つの不正調査では、疑義の出た点につき、予備調査において本格的に調査すべきとされた点しか調査していません。
その調査対象でも、不正認定された４点以外に多数の疑義があり、それらは実験記録やオリジナルデータが提出されなかったため、不正とは認定できなかったというものが大半、というとんでもないシロモノです。
調査されなかった画像や図表についても、もはや正しいかどうか判らないと考えています。
レターFig.2f及び2gの説明文は
f, g, Placental contribution of Fgf4-induced stem cells（以下略）.
となっています。この2枚の画像が、そもそも「FI幹細胞の胎盤寄与」を示しているとは思えないということです。
すみませんが、貴方が何を言いたいのか、理解できません。
ところで、bright fieldの意味は理解されましたか？
僕の先のコメントでレターFig.2f左下と書くところを左上と間違って書いてしまったので混乱させてしまいました。すみませんでした。再度問います。
あなたには、レターFig.2f左下及びFig.2g上の画像が「FI幹細胞の胎盤寄与」を示しているように思えますか。
ただし、少なくとも「Fig.2g上」の画像は明視野の光学画像であって「蛍光画像」ではないので、胎盤の寄与を判断できるはずはありません。
Bright Feild画像で胎盤寄与とか言ってる時点で、貴方が何にも判っていないということですよ。
＞僕が図の位置を間違えて記述したことは謝罪して訂正したつもりですが。。。
いえいえ、貴方の間違いは、単に図の位置ということではなく、明視野画像を蛍光画像だとしていた点です。
その点を誤魔化そうとしているのは、見苦しい限りですよ。
貴方の過去の記載はこれですからね。 恥というものを知るべきでは？
＞さらにFig.2f上の胎盤の蛍光画像では、なぜか白色光源で照らしたときに生じてしまう白い反射光がいくつも映り込んでいます。胎児胎盤の蛍光を撮影するのに白色光源を使ったと証拠になります。奇妙な画像です。
＞レターは丸ごと捏造の産物ではないかと疑っています。
テラトーマ画像の不正流用、細胞増殖グラフやメチル化データの捏造、その他多数の怪しい図表や画像を考えて、STAP細胞そのものが捏造の産物ではないかと疑うべきでしょうね。