メニューからアプリケーションをroot権限で起動したい場合、
カスタムランチャーを作ってコマンドのところに gksu 起動コマンド をセットしてあげる。
ここでは、wiresharkをroot起動するランチャを追加してみます。
１．メニューバーを右クリック、パネルへ追加を選択
２．カスタム・アプリケーションのランチャを選択
３．下記のように入力
種類：アプリケーション
名前：wireshark
コメンド：gksu wireshark
こんな感じのランチャを作ってクリックすると、rootで起動出来るようになります。
まぁパスワードは聞かれるけどね。
※ネットワーク通信するアプリケーションは、パケットキャプチャを使ってデバッグすることもあるから
wiresharkさんにはかなりお世話になってます。