10月08日(土)
柏レイソル ２ vs ０ 栃木ウーヴァＦＣ
栃木ＳＣ ２ vs １ ホンダロックＳＣ
モンテディオ山形 ２ vs ０ ブラウブリッツ秋田
湘南ベルマーレ ２ vs １ ファジアーノ岡山ネクスト
コンサドーレ札幌 ２ 0EX1 ２ 水戸ホーリーホック
ＦＣ東京 ４ vs ０ ＦＣ ＫＡＧＯＳＨＩＭＡ
ザスパ草津 ０ 0EX1 ０ ファジアーノ岡山
清水エスパルス ２ vs ０ ＦＣ岐阜セカンド
横浜ＦＣ ０ vs ２ 松本山雅ＦＣ
ヴァンフォーレ甲府 ２ vs １ 町田ゼルビア
川崎フロンターレ １ 1EX0 １ アルテ高崎
サンフレッチェ広島 ４ vs ２ ツエーゲン金沢
愛媛ＦＣ ２ vs ０ ＦＣ琉球
ベガルタ仙台 １ 1EX0 １ ソニー仙台
アビスパ福岡 ３ vs ０ 高知大学
10月10日(月)
ＦＣ岐阜(Ｊ２) - ギラヴァンツ北九州(Ｊ２)
京都サンガF.C.(Ｊ２) - 佐川印刷ＳＣ(京都)
大分トリニータ(Ｊ２) - 徳島ヴォルティス(Ｊ２)
大宮アルディージャ(Ｊ１) - 福岡大学(福岡)
ヴィッセル神戸(Ｊ１) - 三洋電機洲本(兵庫)
東京ヴェルディ(Ｊ２) - Ｖ・ファーレン長崎(長崎)
ガイナーレ鳥取(ＪＦＬ) - ロアッソ熊本(Ｊ２)
ジェフユナイテッド千葉(Ｊ２) - デッツォーラ島根(島根)
カターレ富山(Ｊ２) - サガン鳥栖(Ｊ２)
10月12日(水)
横浜Ｆ・マリノス(Ｊ１) - カマタマーレ讃岐(香川)
アルビレックス新潟(Ｊ１) - 富山新庄クラブ(富山)
浦和レッズ(Ｊ１) - 宮崎産業経営大学(宮崎)
ジュビロ磐田(Ｊ１) - 福島ユナイテッドＦＣ(福島)
名古屋グランパス(Ｊ１) - FC鈴鹿ランポーレ(三重)
鹿島アントラーズ(Ｊ１) - 筑波大学(茨城)
ガンバ大阪(Ｊ１) - SAGAWA SHIGA FC(滋賀)
セレッソ大阪(Ｊ１) - 北海道岩見沢教育大学(北海道)
３回戦の組み合わせ
11月16日(水)
No.25の勝者() - No.26の勝者()
柏レイソル(Ｊ１) - ヴァンフォーレ甲府(Ｊ１)
No.29の勝者() - 栃木ＳＣ(Ｊ２)
No.31の勝者() - 松本山雅ＦＣ(長野)
No.33の勝者() - No.34の勝者()
モンテディオ山形(Ｊ１) - No.36の勝者()
川崎フロンターレ(Ｊ１) - No.38の勝者()
No.39の勝者() - 湘南ベルマーレ(Ｊ２)
No.41の勝者() - 水戸ホーリーホック(Ｊ２)
ＦＣ東京(Ｊ２) - No.44の勝者()
サンフレッチェ広島(Ｊ１) - 愛媛ＦＣ(Ｊ２)
No.47の勝者() - No.48の勝者()
No.49の勝者() - ファジアーノ岡山(Ｊ２)
ベガルタ仙台(Ｊ１) - アビスパ福岡(Ｊ１)
清水エスパルス(Ｊ１) - No.54の勝者()
No.55の勝者() - No.56の勝者()