ウィンドウ→設定→一般→ワークスペース
「新規テキスト・ファイルの区切り文字」で変更できる。

Windows:CRLF
Unix:LF
Mac OS 9:CR

しかし、上記では既存プロジェクトのソースコードの改行コードは変更できない。
その場合は、変換したいファイルを選択し、
ファイル→行区切り文字の変換
で変更できる。

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