論文の共著者で、研究室の責任者だった理研発生・再生科学総合研究センター（当時）の笹井芳樹・副センター長（昨年８月に自殺）が手続きを怠っていた。
理研によると、この実験は、マウスの細胞からＳＴＡＰ細胞ができる過程や、できた細胞の性質を調べたもの。小保方氏らが１３年３月～１２月、笹井氏の研究室で行い、得られたデータはＳＴＡＰ細胞が存在する根拠の一つとされた。理研の規定では、動物実験は研究室の責任者が事前申請する必要がある。小保方氏が実験に参加することも届けていなかった。
ＳＴＡＰ細胞の論文不正を巡り、小保方晴子・元研究員が２０１３年、マウスを使って行ったＳＴＡＰ細胞の実験が、動物実験に必要な申請手続きを経ないまま行われていたことがわかった。