ドクターヒヤリが何かを発明している。はしゃいでいると、ドキンちゃんに注意される。驚いて発明品を落としそうになるがギリギリセーフ。その目線の先には、ばいきんまんとかびるんるん。冷蔵庫の食べ物を食い荒らしていた。
「あっ！お前ら！わしが楽しみにしていたプリンを！返せ返せ！わしのプリン！」
「そんなことより何ができたのよ？」
「へへ、物凄い発明じゃぞ。聞いて驚くな。この液体はな…(ドキンちゃんは無視してプリンをがっつり食べる)コラ！食べるな！いいか？見てろ…1滴垂らせば…」
ヒヤリが一匹のかびるんるんに薬を垂らすとビックリ！消えた！ヒヤリが布をかぶせると、ちゃんといる。その薬は『スケテルマンの薬』だ。
ばいきんまんたちは早速借りてどこかへ。
パン工場。アンパンマンはパトロール。
ばいきんまんたちが来て、お昼寝中のチーズに薬を垂らすと、消えてしまう。
バタコさんにご飯だと呼ばれて消えたチーズがパンを受け取ると、メロンパンナは怖じ気付き、悲鳴をあげる。
「ジャムおじさん！」
「えっ？やややっ！」
「どうなってるの⁉︎」
「チーズなの？」
チーズYes。
「ここにいるの？」
チーズYes。
「でもパンしか見えないよ」
チーズが自分の持っているパンを見ると、驚愕して飛び出してしまう。
「あれを見て！」
「土が勝手に…」
チーズは手鏡を土の中から掘り起こし、やっと自分が消えていることがわかった。
ばいきんまんたちは大笑い。
「あっ、ジャムおじさん！」
「なんだい？」
「帽子が喋ってる！」
「なんのことだい？」
ジャムおじさんも自分が消えていることを悟り、驚愕。
ばいきんまんたちは、帽子だけ消えていないことに不満。メロンパンナとバタコさんにも薬をかけるが、それぞれマントと帽子以外消えた。一同大パニック。
ばいきんまんとドキンちゃん、ドクターヒヤリが現れて種明かし。そして街へ。
ジャムおじさんたちはアンパンマン号で追いかける。チーズにもマフラーの目印をつける。
湖のほとりで、ヤギ画伯が絵を描いていると、薬を噴射されてしまい、ベレー帽と筆だけ残る。しかし、一切気づかずに絵を描き続ける。
通りかかったウサコとカバオは、驚く。ヤギ画伯から話しかけられ逃げてしまう。
「この声、ヤギ画伯ですか？」落ち着いて声を聞くとヤギ画伯だと分かった。
ヤギ画伯「そうじゃよ」
ウサコ「どうして姿が見えないの」
「オレ様が透明にしてあげたんだよ～だ！」本人登場。
「ばいきんまん！」
「今度はお前の番だ！」
「やめるんだ！ばいきんまん」
薬を浴びて消えたドクターヒヤリがバケツを抱えてアンパンマンの背後に…
「えっ？(水をぶちまけられる)顔が濡れて力が出ない…」
「イ～ヒヒヒ、わしもさっきスケテルマンになっていたんじゃ」
地面に穴を開け、アンパンマンをそこに差し込み固定するばいきんまん。
「ハ～ヒフ～ヘホ～」
「やったじゃない、ばいきんまん」
ジャムおじさんが双眼鏡で発見。
「いかん！新しい顔の準備だ！」
ﾒﾛﾝﾊﾟﾝﾅ&ﾊﾞﾀｺ「はい！」
「アンア～ン！」
「仕上げはこれだ～！」とばいきんまんが『スケテルマンの薬』をアンパンマンにかけ、マントも取ってしまう。
カバオ「アンパンマンが消えちゃった」
顔を持って来たメロンパンナはアンパンマンがどこにいるか分からない。
「姿が見えなければ、顔を変えることもできないだろ！」
「ばいきんまん、たまにはやるじゃない」
「へへへ、これもすべて、わしの発明した『スケテルマンの薬』のおかげじゃからなぁ」
ばいきんまんはメロンパンナとアンパンマン号を襲う。襲われながらアンパンマンを見つける方法を考え、小麦粉煙幕で姿を見せようとするが、ばいきんまんに妨害される。
ヤギ画伯、何かを閃き、アンパンマンの元へ。アンパンマンの顔にペイントし(Good Job!!)、ジャムおじさんに知らせる。メロンパンナはすぐに顔を変える。チーズがドクターヒヤリのUFOに飛びつき、無理やり開けてマントを持って行く。そしてアンパンマンにパス！
穴から脱出し、復活！
メロンパンナたちも元に戻る。
「みんな、元に戻って良かったですね」
「そうだね」
「アン、アン」
「このまま姿が見えなかったら、どうしようかと思っちゃったわ」
ヤギ画伯「もしまたスケテルマンにされたら、わしが顔を描いてあげるよ」
カバオ「は～い、でもその時は本物よりかっこよく描いて欲しいなぁ！」
一同、ドン引きだが、
「アハッ、カバオくんたら」とバタコが笑い、みんなも笑う。
EDは「アンパンマンたいそう」でした。
・ドキンちゃんは「ナニヌネノ～」でヒヤリは「ガギグゲゴ～」か
・ドクターヒヤリがプリン好きだったなんてw
・ドクターヒヤリがスケテルマンになったのはメロンパンナたちより後のはずなのに、なんで自分だけスケテル時間短いのww
・小麦粉煙幕は良かったけど、もしあれがかかっても、逆にクシャミしそうww
・最初にテストされたかびるんるん、気づいてもらえなくてかわいそうww