来生物法に基づき、特定外来生物による生態系、人の生命・身体及び農林水産業への被害防止の基本構想および特定外来生物の選定、取扱い、防除に関する基本的事項などを定めたもの。2004年10月閣議決定。基本方針は（1）特定外来生物による生態系等への被害の防止に関する基本構想、（2）特定外来生物の選定に関する基本的事項、（3）特定外来生物の取扱いに関する基本的事項、（4）特定外来生物の防除に関する基本的事項、（5）その他の重要事項の5つから構成されている。なお、事前のパブリックコメント意見の多くは、オオクチバス（ブラックバス）の特定外来生物指定に対して反対するものであった。