通関業者が、通関業の許可の取消事由に該当するときには、財務大臣は、その許可を取り消すことができる。
１ 許可の取消事由
１）偽りその他不正の手段により許可を受けたことが判明したとき
２）欠格事由
＜該当する欠格事由＞
①成年被後見人又は被保佐人となったとき
②禁錮以上の刑に処せられたとき
③関税法に規定する一定の犯罪及び国税、地方税ほ脱罪等により、罰金刑に処せられ、又は通告処分を受けたとき
④通関業法違反により罰金刑に処せられたとき
⑤暴力団員による不当な行為の防止等に関する法律の規定に違反し、又は刑法の罪若しくは暴力行為等処罰に関する法律の罪を犯し、罰金刑に処せられたとき
⑥暴力団員等（５年）
⑦法人であって、その役員が欠格事由の一つに該当するに至った時
⑧暴力団員等によりその事業活動を支配されている者であるとき
※許可が取り消される前に該当することとなった役員を更迭し、変更届を行った場合には取り消されない
＜会社更生法の更生手続が開始された場合＞
会社更生法の適用を受け、更生手続が開始された場合においても取消事由とはならない。
※条件違反も取消しの対象となる
２ 取消しの手続
１）聴聞
あらかじめ通関業者に通知し、聴聞を行う。
２）審査委員の意見を聴く
財務大臣は、許可の取消しをしようとするときは、審査委員の意見を聴かなければならない。
３）許可の取消しの公告
財務大臣は、通関業の許可を取り消した場合には、その旨を公告しなければならない。
※取り消したときは、文書で通知する
４）許可の取消しの際、現に進行中の通関業務がある場合
現に進行中の通関手続があるときは、直ちに依頼者に戻すか、又は他の通関業者に引き継がなければならない。