これも他の掲示板にカキコしたないようです。
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優先順位ですが、%ボーナスが最初に処理されると考えるのが妥当だと思われます。そこに隠れパラ「武運」が必ず関係しているでしょう。

消去以前の蓮也は防御Dでした。Dは戦闘中の円グラフで青色で表示されます。しかし、Dにも関らず黄緑色のラインまでグラフが変動します。これはステCにまで達していることを意味しているでしょう。ということは、戦闘時には通常ステに対して何らかのボーナスがつくことになります。このボーナスが恐らく「武運」ではないでしょうか。

前蓮也は防御以外のステは無いに等しかったですが、その他のステの変動は殆どありませんでした。そのため、これは%ボーナスと見るのが妥当です(Max2大きすぎる、約1.15~1.5くらいでは、と見ている)。まずこれが処理されてから、特殊攻撃が発動すると考えられます。

こうした意見の根拠ですが(一応)、マニュアル>データベース>特殊能力をご覧下さい。ここの「精神集中」に「相乗効果あり」と記載されています。「精神集中」とは、戦闘中二つ以上の能力に%ボーナスをつけると言う特殊攻撃です。その相乗効果ですので、他のシールド等との関係性を感じさせます。また、精神集中の多くが技能「武運」であることから、パラ武運との関係も感じさせます。

相乗効果についてはまだ確認できませんが、恐らくメッセージ無しで特殊攻撃が発動されているようになっていると思われます(仕様上の問題)。また、別の角度から言うと統率や機動等のステは艦隊戦に殆ど反映されないので、特殊攻撃発動のためにあると言ってもいいと思います(旗艦・アイテムの%ボーナスを含む)。

知識Tの八門禁鎖とニ虎競食の場合は恐らく、
基本ステx武運x%ボーナス>八門禁鎖>ニ虎競食
の処理だと思います。八門禁鎖は陣形変更そして処理されており(知識依存)、ニ虎競食は特殊攻撃発動率として処理されていると思われます。これは%ボーナスを基本と考えるなら、陣形とは各能力の底上げと言う意味で%ボーナスなので、これが先に処理されるのだと考えられます。
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%B以外の特殊攻撃発動は、どうなっているか正直なところわかりません。例えば政治Tが鉄壁Lv1を取得した場合、元々ある連環の計とシールドが被ってしまうことがありえるか等です。
この場合、技能とは付加要素であるので、まずその武将の基本ステで処理されることから、まず連環の計が発動するかどうかの処理、その次に付加されたシールドが発動するかどうかの処理となるのかもしれません。あるいは、その両方の効果もありえるかも。。。