今回の物語までのあらすじ
バウンティ・ハンター(賞金稼ぎ)のサムス・アランが、メトロイドという宇宙生物を殲滅するというミッションを引き受け、クイーンメトロイドを倒すことに成功するが、その赤ん坊であるベビーメトロイドは実験のため銀河連邦へ持ち帰られる。しかし、研究の最中に銀河連邦の施設が、マザーブレインが率いるスペースパイレーツによって襲撃され、ベビーメトロイドが敵の手に落ちてしまう。スペースパイレーツが向かった先は、マザーブレインが支配する要塞惑星、ゼーベスだった。サムスは長い冒険の末、マザーブレインが潜んでいるエリアに突入するが、その圧倒的なパワーの前に死の淵に立たされる。しかし、サムスのことを自分の母だと思っているベビーメトロイドによって救われ、マザーブレインを倒す為のパワーも与えられる。長い戦いの末、スペースパイレーツやゼーベス星人が全滅し、サムスを殺そうとしたクイーンメトロイドやマザーブレインは、もうこの世から消え去った。そして、サムスを守ったベビーメトロイドも、クイーンメトロイドの攻撃に巻き込まれ砕け散ってしまった。ミッションを無事にクリアし銀河連邦に戻ったサムス・アランは、久々の平和を味わうはずだった。ある日、スターシップで航行中のサムスは、辺境宙域から発せられた謎のシグナルを受信する。「Baby’s Cry」。赤ん坊の泣き声を意味するそれは典型的な救難信号だった。宇宙の知らない場所で誰かが、サムスの助けを必要としている。自分の本能と直感に従ったサムスは、シグナルの元へ、シグナルが発信された場所は、宇宙塵が漂う広大な暗礁宙域だった。その中央に位置していたのが、瓶の形に似た大きなコロニー、ボトルシップ、すでに破棄されたはずのこの施設が何者かの手によって活動が再開されていた。調査に乗り出すサムスに新たな戦いと悲劇が始まる。

ハードモードでのプレイ動画。

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