菲方选择在日本籍国际海洋法法庭庭长柳井俊二任职期间提起仲裁。众所周知，中日之间在东海上存在领土主权和海洋划界争端，日方也一直积极介入南海问题，根据国际法的规则和普遍的国际实践，柳井俊二理应回避此案不做任何安排。但事实却是，柳井任命了仲裁庭5名仲裁员中的4名，其中包括曾在有关案件中对与中方类似的立场持坚决反对态度的仲裁员。仲裁庭的组成方式明显违反程序正义的要求。
仲裁庭违背和平解决国际争端目的，随意扩权，把手伸向不该管的事。仲裁庭随意解释法律，对明显不具有管辖权的事项强行行使管辖权，肆意扩权，侵犯主权国家和《公约》缔约国享有的权利。
仲裁庭关于管辖权问题的裁决存在大量事实和法律谬误。仲裁庭的表现完全不像是个中立的裁断者，更像是与菲合作反对中方观点的搭档。仲裁庭对菲方的诉求，往往是先预设结论，然后才开始选择性地搜集中方的证据并且无端指责。例如仲裁庭一方面咬定案件本质不是领土主权和海洋划界问题，但却将中菲双方围绕解决领土主权和海洋划界争端进行的谈判和协商作为菲已履行意见交换义务的依据；一方面坚持认定《宣言》不具法律约束力，又将《宣言》作为菲方已经履行交换意见义务的依据等。此外，在岛礁领土地位与领土主权和海域划界问题，以及承诺是否构成拘束力等问题上，仲裁庭引用个别新近作出且具有高度争议性的司法判例证明其观点，却无视更多与其结论相反的国际司法判例，而且缺乏充分的说理，缺乏基本的严肃性。