代休とは
休日に労働した場合に、
事後に他の労働日を休日にすること
を代休と言います。
振替休日のように
事前の振替ではありませんので、
法定休日に労働した場合には
原則の規定どおり
35%以上の割増率での
割増賃金の支払いが必要になります。
振替休日との違いは、
事前に休日（振替休日の日）を特定するか、
事後に代わりの休日（代休）を与えるか
という点です。
事前に振替日を特定していないため、
休日労働はそのまま休日労働となります。
したがって、
休日労働の割増賃金の支払が
必要になることが振替休日との大きな違いです。
☆就業規則に基づく代休の割増賃金の計算方法
出典：東京都 ＴＯＫＹＯはたらくネットポケット労働法
結論を先に言うと
代休を与えて0.35支払うか
代休を与えず1.35支払うか
の選択になります。
図のようにの木曜日の代休取得日を
無給にすることができます。
法定休日の日曜日には、
1日分の賃金に加え、
0.35の割増賃金を支払います(1.35支払います)。
代休取得日の木曜日は
代休をとったわけですから
無給（1日分）とします。
無給としないと1日分賃金が重複しますので、、、。
1.35払って1.00無給とするのです。
結果、同一賃金計算期間で見てみると、
割増分の0.35だけ支払ったことになります。
代休は法定規制がありません。
任意です。
代休を与えなくても、
1.35支払えば問題はありません。
代休制度を採用するのであれば
無用なトラブルを避けるためにも
同一賃金計算期間内で処理をしましょう。
結論
代休を与えて0.35支払うか
代休を与えず1.35支払うか