1.Qファクター（ペダルのスタンス幅）狭すぎによる膝の痛み
最近私は、ローラー台で少し重めのギアをケイデンス 60～65rpm 位で回すトレーニングをしています。
普通のギアで一定のペースで回している時はあまり感じないのですが、
回転数を急に上げるときや重いギアを回すときに膝の内側に痛みが出るのを感じました。
結果として、クリート位置を内側に移動してQファクター（スタンス幅）を広げる方向に調整したら膝の痛みは良くなりました。
（図の右：脚を伸ばしたとき）
どうやら、Q ファクターが狭すぎると、上の図のように（分かりにくい図ですいません）、ペダルを回して脚が伸びるときに膝が内側に移動して（内側に振れて）痛みが出てしまうようです。
脚が伸びるポイント、特にパワーを入力する 2～4時 位の位置で痛みが出るので、このような症状が出る場合は、重いギアは踏みにくく、ケイデンスは上げにくくなり、大変なパワーロスになります。
上の図のようになる場合、Qファクター（ペダル幅）を広げるのが改善の方法です。
あとがき：
今回私は、クリートの位置で左右2mmづつ（計4mm）くらい広めに調整しました。まだ様子見の段階ですが、場合によっては「プラス4mm軸仕様」のペダルに交換するかもしれません。
ロードバイク復帰前はQファクター狭めで普通にずーっと乗っていたんだけど…、なぜか最近症状が出るようになりました(´・ω・｀)
現在はまだロードバイクに乗る体が出来ていないので、そのせいも多少あるみたいですね。
追記：
膝の痛みはペダリング時の体の使い方も影響します。ペダルを蹴るような体の使い方だと膝の痛みが出やすいので、ペダルに荷重をかけてペダルを回すようにしたほうが良さそうです。