仕事をしてると会話の中でこまる微妙な違いシリーズ。

ファイルシステムの用語としてのディレクトリは、
純粋にディスク上のファイルの保存場所を意味します。
それに対してフォルダは、ファイルの保存場所だけでなく、
「オブジェクトの入れ物」という、より広い意味を持ちます。

以上、
技術評論社「ネットワークの設定とオフィス文書の共有化」より引用。

だそうです。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q127753457