憲法と国際人権規約違反の「中央省庁再編」
1998年（平成10年）6月22日、総理府の外局として金融監督庁を設置。
民間金融機関に係る行政は、大蔵省（現財務省）が担ってきたが、大蔵省接待汚職事件を受けて、中央省庁再編の流れの中で、大蔵省銀行局や証券局の所掌事務のうち、民間金融機関等の検査、監督を分離する。
1998年（平成10年）12月15日、総理府の外局として国務大臣を委員長とする金融再生委員会を設置し、金融監督庁は金融再生委員会の管理下とした。
2000年（平成12年）7月1日、金融監督庁を金融庁に改組。
金融制度の企画立案にかかる事務は金融監督庁設置後も大蔵省に存置されていたが、これを契機に金融庁へ移した。
2001年（平成13年）1月6日、金融再生委員会廃止、中央省庁再編により、金融庁は内閣府の外局とした。
2003年（平成15年）4月1日、政策金融機関（日本郵政公社、日本政策投資銀行等）への検査権限を各所管庁が委任。
2011年（平成23年）4月1日、総務企画局総括審議官（国際担当）に代わり、総務企画局金融国際政策審議官を設置。
2012年（平成24年）8月29日、総務企画局金融国際政策審議官に代わり、国際政策統括官（局長級）を設置。
2014年（平成26年）8月29日、国際政策統括官（局長級）に代わり、金融国際審議官（次官級）を設置。
2018年 総務企画局と検査局を廃止し、新たに総合政策局と企画市場局を新設
ー・－・－・－・－・－・－・－・－・－・－
［東京 ３０日 ロイター］ -
東証とＪＰＸに業務改善命令、ＣＥＯ「真摯かつ厳粛に受け止める」
金融庁は３０日、日本取引所グループ（ＪＰＸ）と傘下の東京証券取引所に対し、金融商品取引法に基づく業務改善命令を出したと発表した。１０月１日に発生した大規模システム障害で取引が終日停止となったことは「金融商品取引所に対する投資者などの信頼を著しく損なうもの」だとして、東証とＪＰＸに対し責任の明確化などを求めた。
ＪＰＸの清田瞭最高経営責任者（ＣＥＯ）は記者会見で陳謝し、「業務改善命令を真摯かつ厳粛に受け止め、再発防止に全力を尽くす」と述べた。システムがストップした際、どう再開するかの仕組みが脆弱だったとし「（システムの）ネバーストップとレジリエンス（障害回復力）向上に注力する」とした。
清田ＣＥＯは月額報酬の５０％を４カ月減額する。ＪＰＸは、東証の宮原幸一郎社長が１１月３０日付で辞任する人事も発表。システム障害を重く受け止め、本人から辞任意向の申し出があったという。ＪＰＸの清田ＣＥＯは「極めて大きな損失だと経営的には感じている」と述べた。清田ＣＥＯは留任し、１２月１日から東証の社長を兼務する。兼務の体制は暫定的とし、新体制は指名委員会を通じて今後詰める。
基幹システムを開発した富士通について清田ＣＥＯは「もちろん富士通にも責任はあると感じている」とした一方、システムの仕様変更など東証がチェックしておくべきとの指摘には「反論余地ない」とした。富士通に損害賠償など金銭的賠償を求める考えはないとし、「再発防止のため堅牢なレジリエントな（障害回復力のある）システム設計と開発に全力を上げることで責任を果たしてほしい」とした。東証の宮原社長も１０月１日の会見で、富士通に損賠賠償を求めない考えを示していた。
