Pythonドキュメントに記述があるので、書かなくても良いんだけど記憶用に転記。 指定ディレクトリ以下を削除するプログラムです。

import os
top = '削除したいディレクトリ'
for root, dirs, files in os.walk(top, topdown=False):
for name in files:
os.remove(os.path.join(root, name))
for name in dirs:
os.rmdir(os.path.join(root, name))
os.rmdir(top) #トップディレクトリを残す場合はいらない


転記元(walk()の説明の所