ある日、一冊の絵本を見つけたばいきんまん。
絵本から「愛と勇気の戦士ばいきんまん、助けにきて！！」と声が聞こえ、絵本の中に吸い込まれてしまいます。
砂漠の先に広がる大きな森で出会ったのは、森の妖精・ルルン。
森をめちゃくちゃにしようと大暴れする“すいとるゾウ”からみんなの森を守ろうとしますが、怖がりでなかなか勇気が出ないみたい。
そこで、“すいとるゾウ”をやっつけてほしいとばいきんまんにお願いします。
最初は嫌がりながらも、ばいきんまん「正義のヒーローばいきんまんさまがやっつけてやる！！バイキンパーンチ！！」と立ち向かいますが、すいとるゾウの強さに大苦戦！絶体絶命のピンチの中、ばいきんまんはルルンに「アンパンマンを呼んでこい！」と伝えるのでした ――。
