俺の場合も、FLVのままでは音声の入れ替えがうまくいかなかったが、
AVI 形式に変換したら出来るのではないかと欲が出てきた！ （笑）
このツールが一番良さそうに見えた：
VirtualDubMod_1_5_10_2
VirtualDubMod - ｋ本的に無料ソフト・フリーソフト
http://www.gigafree.net/media/me/virtualdubmod.html
１．元のFLV（高画質映像側）をavidemux2でAVI に変換
映像－音声を sorenson-copy でエンコードしたが、音声が超変！ でも、
欲しいのは.映像なので、そのまま続行！
２．音声は、xrecode2_1.0.0.171でMP3形式に変換出力した。
何か勘違いしてるかもしれんが、（その時は）avidemux2からのMP3
直接出力よりもいいと思った。 ・・・念のため、両方の結果を持っている
３．VirtualDubModで音声の入れ替え
（１）まず、基本となる映像の動画を読み込み
→入力動画の特性により、このツール上では再生できないが、
音声の入れ替え作業はそのまま出来るので、ありがたい！
再生できないものは処理不可なものが多い中で、なかなか良い
ツールだよ！
但し、ストリームの直接コピーしかできないので、AVI の形式というか、
フラッシュビデオでない形式？に事前に変換しておく必要があるようだ。
※copy-copyでMKVコンテナに出力したものが、VirtualDubModで
扱えなかった（＝読み込み時にABENDした！）ためそう思った。
※また、「Avisynth」 経由でFLVを読み込み出来たが、音声入れ替え
後のファイルをなぜか80数GB！で作ろうとしたのでキャンセル。
（２）基本の音声を無効にする
（３）（音声の）「追加」で、入れ替えたい音声のファイルを指定する
（４）音声が後ろの方で早く聞こえてくるので、350ミリ秒遅らす指定
・元々の音声とり用動画が、映像とり用動画よりも２～３秒短かかった！
・しかし、何もしないで音声を入れ替えると、ズレは１秒以内の感じ
・400ミリ、300ミリと試してみたが、先頭部分と末尾部分が違和感
がもっとも少なそうなのが350ミリだった
（５）「名前をつけて保存・・・」で、出力ファイルを指定して処理実行
４．関連事項
・動画を連結したら、音声部分はズレることがある！
・音声用の動画を、４個に分かれた状態から、音声部を
＃１：遅延なし、 ＃２： 50ミリ秒遅延、 ＃３： 50ミリ秒遅延、
＃４：遅延なし
のようにしたあとで連結し、 ←ここまでをavidemux2で処理
こいつで音声を入れ替えたら、音声のズレがより激しく（数秒レベル！）
なった！ ？？？
・音声がVBRストリームである場合、読み込み時に「いいえ」を指定
しないと、ズレが激しくなるようだ
出来上がった動画は、末尾部分で200ミリ秒くらい早いかなーという感じ。
音が良く入っているので、これまでの中でこれが一番お気に入りだ。
音声の入れ替えだけで見ると、VirtualDubModはなかなか良いソフトだと思う。
音声の入れ替えの操作画面は、こんな感じです。