無料SSLやSSLのファイル認証で基本認証や転送設定によりNGになる場合

基本認証については

/.well-known/acme-challenge/

とかに

.htaccessで

下記設置

Satisfy any
order allow,deny
allow from all

転送は.htaccessのRewriteEngineでやっている場合

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/.well-known/

等の条件追加でなんとかなるかも