SSLを設定する際に（特にSSL更新時）ファイル認証を選択して、ファイルをアップしたのにメールがこない場合
例えば、
http://abc.com
と入力すると .htaccess 等の転送設定で自動的に
https://abc.com
となる場合、ファイル認証NGとなっていつまでたってもメールが来ない感じになる場合もあると思われる。（業者にもよるのかもしれませんが）
http://
でも
https://
でもファイル認証が確認したいのに、 http:// だと https://に転送されて http:// で確認できないからということかと思われる。
ブラウザで確認するとURL以外は見た感じOKなので、なんで？と思ったりすることもあるかと思われる。
一時的に転送設定をはずしておいて、終わったら元に戻せばOK