第３９条第５項
特許出願若しくは実用新案登録出願が放棄され、取り下げられ、若しくは却下されたとき、または特許出願について拒絶をすべき旨の査定若しくは審決が確定したときは、その特許出願又は実用新案登録出願は、第１項から前項までの規定については、はじめからなかったものとみなす。
ただし、その特許出願について第２項後段の規定に該当することにより拒絶をすべき旨の査定又は審決が確定したときは、この限りではない。
特許出願が①放棄、②取り下げ、③却下されたとき、若しくは④拒絶査定、➄拒絶審決が確定したときは、その出願には「先願の地位」がない。（無効審決により遡及消滅した場合は、先願の地位を有することに注意。）
また、実用新案登録出願が①放棄、②取り下げ、③却下されたときは、その出願には「先願の地位」がない。
ただし、同一の発明について同日に２以上出願された場合で、一の出願人を定めることができなかった場合、その発明は特許を受けることはできないが、先願の地位は失わない。
第３９条第６項（Ｈ２３廃止）
発明者又は考案者でない者であって特許を受ける権利又は実用新案登録を受ける権利を承継しないものがした特許出願又は実用新案登録出願は、第１項から第４項までの規定の適用については、特許出願又は実用新案登録出願でないものとみなす。
特許法第３９条第６項は、いわゆる「冒認出願」が先願の地位を有さないことを規定していたが、平成２３年度法改正で特許法第７４条第１項が新設され、冒認出願されて特許査定を受けた特許権に対し、真の権利者（特許を受ける権利を有する者）の「移転請求権」が認められたことに伴い廃止された。
（参考）第２８条第１項（Ｈ２３改正）
特許庁長官は、特許権の設定の登録があったとき、第７４条第１項の規定による請求に基づく特許権の移転の登録があったとき、又は願書に添付した明細書、特許請求の範囲若しくは図面の訂正をすべき旨の審決が確定した場合において、その登録があったときは、特許権者に対して特許証を交付する。
（特許権の移転の特例）
（参考）第７４条第１項（Ｈ２３新設）
特許が第１２３条第１項第２号に規定する要件に該当するとき（その特許が第３８条の規定に違反してされたときに限る。）又は同項第６号に規定する要件に該当するときは、当該特許に係る発明について特許を受ける権利を有する者は、経済産業省令で定めるところにより、その特許権者に対し、当該特許権の移転を請求することができる。
特許法第３８条違反（共同出願違反）又は冒認出願による特許権の特許を受ける権利を有する者（=特許権を有しない者）は、特許権者に対して当該特許権の移転を請求することができる。
（参考）第１２３条１項２号（Ｈ２３改正）
二 その特許が第２５条、第２９条、第２９条の２、第３２条、第３８条又は第３９条第１項から第４項までの規定に違反してされたとき（その特許が第３８条の規定に違反してされた場合にあつては、第７４条第１項の規定による請求に基づき、その特許に係る特許権の移転の登録があつたときを除く。）。
（参考）第１２３条１項６号（Ｈ２３改正）
六 その特許がその発明について特許を受ける権利を有しない者の特許出願に対してされたとき（第７４条第１項の規定による請求に基づき、その特許に係る特許権の移転の登録があつたときを除く。）。
（参考）第３８条
特許を受ける権利が共有に係るときは、各共有者は、他の共有者と共同でなければ、特許出願をすることができない。
第３９条第６項第７項（Ｈ２３改正）
特許庁長官は、第２項又は第４項の場合は、相当の期間を指定して、第２項又は第４項の協議をしてその結果を届け出るべき旨を出願人に命じなければならない。
特許法第３９条第２項は、同一の発明について同日に２以上の出願があったとき、出願人の協議により一の出願人を定めること、同条第４項は、特許出願に係る発明と、実用新案登録出願に係る考案が同一で、同日に出願があったときは、出願人の協議により一の出願人を定めることを規定しているが、その場合、特許庁長官は相当の期間を指定して、出願人の間で協議して、その結果を届けることを出願人に命じなければならないことを規定。
（試験問題）異なる特許出願人からの同一の発明について同日に２以上の特許出願があった場合、特許庁長官審査官は、相当の期間を指定して、特許法第３９条第２項の協議をしてその結果を届け出るべき旨を特許出願人に命じなければならない。（Ｈ１８出題、第１８問、×→○へ修文）
第３９条第７項第８項（Ｈ２３改正）
特許庁長官は、前項の規定により指定した期間内に同項の規定による届出がないときは、第２項又は第４項の協議が成立しなかつたものとみなすことができる。
一の出願人を定めるための「協議」が成立した、成立しなかったにかかわらず、届け出が無ければ、特許庁長官は、協議が成立しなかったものとみなすことができる。
