MRIは強力な磁場を発生し、ペースメーカシステムにさまざまな悪影響を与える。具体的には、リードの発熱、不必要な電気刺激、必要な刺激の抑制、設定のリセット、心室細動の誘発などがあり、MRI検査中の死亡も報告されている。
MRIの悪影響を最小限にするために、本体とリードにフィルターなどの細工を施したものがMRI対応型ペースメーカである。わが国でも数社の製品が保険認可されているが、実際のMRI検査にあたっては、厳しい条件がついている。
まず、MRI検査は、学会が設けた施設基準を満たした施設のみでしか実施できない。さらに、所定の研修を修了した循環器医がMRI検査の依頼を行い、検査には循環器医が立ち会い、直前にペースメーカのプログラムをMRI対応用に変更する必要がある。
MRIの撮影条件にも制約があり、現状では1.5テスラの撮影機種のみが使用可能であり、最新の3テスラの機種は使用できない。しかも複雑なことに、ペースメーカの機種によって撮像可能なMRIの設定や撮像部位が異なっているため、放射線科医と臨床放射線技師も所定の研修を修了し、制限項目に関して熟知しておく必要がある。