2月に入ってからも、野鳥からの高病原性鳥インフルエンザウイルス（H5N1・強毒タイプ）の検出が続いた。環境省によると、2月末までに宮崎県で5件、北海道と大分県で各3件、長崎県で2件、鳥取県や山口県、福島県や徳島県、栃木県でもそれぞれ1件ずつ報告があった。2月は18件・24羽で1月の7件・13羽から拡大した。
2月1日に、北海道・国指定厚岸・別寒辺牛・霧多布鳥獣保護区周辺で回収されていたオオハクチョウ 1羽から新たに高病原性鳥インフルエンザウイルス・強毒タイプが確認された。回収場所は、1月22日、23日に公表されたオオハクチョウなどの回収地から約10km程度の場所だった。同日には、鳥取県米子市で回収されていたユリカモメ 1羽（1月19日回収）とキンクロハジロ 1羽（1月24日回収）から確認された。
2月6日には長崎県長崎市で回収されたオシドリ2羽（1月31日回収）から、2月8日には北海道の国指定厚岸・別寒辺牛・霧多布鳥獣保護区で回収されていたオオハクチョウ1羽から、それぞれ確認されている。北海道の回収場所は、1月23日に公表されたオオハクチョウなどの回収地周辺だった。
2月12日には宮崎県延岡市北側町と西都市穂北、さらに山口県宇部市でも確認された。その後も報告が相次ぎ、徳島県や栃木県にも確認事例が広がった。
今季の野鳥からの確認は、昨年10月に、北海道大学が独自に行っている糞便調査の結果、北海道稚内市の大沼で採取された183検体のうち2検体から高病原性鳥インフルエンザウイルス（H5N1）が検出された。 その後、12月には鳥取県米子市安倍で回収されたコハクチョウ衰弱個体1羽からH5N1・強毒タイプが検出され、鹿児島県出水市で発見されたナベヅルからも検出されていた。