What time do you get up ?

ですよね。

この疑問代名詞にはなぜatがつかない(省略される)ことが多いのでしょう?

At what time do you get up? と書いてももちろん正しいのですが、


時を表す副詞はしばしば名詞のみで使われることが多いので省略されるほうが
ふつうの響きと考えられるのです。

I saw him last week.

I play baseball every day.

のようにですね。