というお問い合わせを受けました。
いろいろとお調べしましたところ、どうやらWindows7にある「保守」機能が、
ネットワーク上にあるフォルダーのショートカットをデスクトップに5つ以上作っていた場合、リンク切れの際に消してしまう模様です。
これは気がつきませんでした。
ネットワークハードディスク(NAS)や、サーバーPC等にあるデーター・フォルダーをデスクトップにショートカットを作った場合、
何らかの原因でリンクが切れたときに起動をすると、そのショートカットが消えてしまうことがあるのでご注意ください。
※ローカル(ご自分のパソコン)のフォルダーのショートカットはいくら作っても大丈夫です。
消えることはございません。

マイクロソフトのサポートページによりますと、どうやら4つまでは大丈夫で、
5つ以上リンク切れのショートカットがあるとWindows7の保守機能で消してしまう模様。
デスクトップのショートカットが消えて困る場合、この保守機能を無効にするのも一つの手だと思います。
※メーカーであるマイクロソフトも無効にしてよいと言っていますので、大きな問題はないと思いますが、これにより保守機能が無効になることをご了承ください。
●Windows7の「保守」機能を無効にする方法
コントロールパネル→システムとセキュリティ→コンピューターの一般的なトラブルシューティング→左側にある「設定の変更」
にて、「コンピューター保守」を「無効」にし、「OK」をクリックする。

以上です。
※参考にしたサポート情報(マイクロソフトテクニカルページ)
Windows 7 でデスクトップ ショートカットが消える