サイト

日清製作サイト

http://www5.ocn.ne.jp/~sei_3

三人目の講師

Ⅵ:6月17日　サイト名:DDBJ

7月1日　ブーツストラップ法
サイト名:DDBJ( >ARSA)　or　NCBI

生物情報学 期末試験対策その3

　　　　　　　　　　　　　　　　生物情報学　テスト対策

Ⅳ：6月3日　蛋白質の立体構造の観察
　DNA結合領域に保存されるモチーフの一つであるジンクフィンガーのコンセンサス配列を検索する。
ⅰ.サイト名：ゲノムネット
操作
○検索 ：Entrez→ PROSITEを選択、search→ zinc finger C2H2 で検索(GO)
○目的の項目(講義では最初の項目)をクリック

ⅱ.サイト名：RCSB　or　PDB で検索
操作
○検索 ：Entrez→ PDB ID or Textを選択、search→ 1aay
　 ○右に表示されたグラフィックスの View in Jmol をクリック→立体構造が表示される。

　次に立体構造と配列を同時に見る。
　○表示バー(画面の右上部×印の横)の
アドレス：http://www.pdb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=1AAY&bionumber=1
を次のように変更する。↓
アドレス：http://www.pdb.org/pdb/explore/quickPDB.do?structureId=1AAY&bionumber=1

○Display Fikes をクリック→PDB Fileを選択するとpdbファイル(レコードの中身)が表
　　示される。
　 ○表示の意味：HEADER ← レコード名
　 ○画面を一つ戻り、Download Files をクリックし、PDB File(Text)を選択し、保存。
○RasMolで表示可能。



Ⅴ：6月10日　蛋白質の一次構造からの高次構造の予測
ⅰ.サイト名：Papia
操作
○4.Protein Secondary Structure Prediction をクッリク→直接入力によって配列を決定
　　→予測手法：Chou-Fasman法 にチェック
　　→( PDB の配列を参照する場合はここをクリック )をクリック
　　→PDB エントリー ID コードを入力(講義では 1TIM)し、Get Sequence をクリック
　　→ AをチェックしNextをクリック→ 配列をコピー

ⅱ.予測をPDB(←サイト)でチェックする。
操作
○PDBにアクセスし→検索窓に1TIMを入力し→左側のDownload Files のPDB File
　　(Text)をクリック→名前をつけて保存。
○RasMolで表示。





　　　　　　　RasMolを起動しなの後のコマンド入力は面倒なので割愛