ヤハウェは地上に増えた人々やネフィリムが悪を行っているのを見て、これを洪水で滅ぼすと「神に従う無垢な人」であったノア（当時600歳）に告げ、ノアに箱舟の建設を命じた。ノアとその家族8人は一生懸命働いた。その間、ノアは伝道して、大洪水が来ることを前もって人々に知らせたが、耳を傾ける者はいなかった。
箱舟はゴフェルの木でつくられ、三階建てで内部に小部屋が多く設けられていた。ノアは箱舟を完成させると、家族とその妻子、すべての動物のつがいを箱舟に乗せた。洪水は40日40夜続き、地上に生きていたものを滅ぼしつくした。水は150日の間、地上で勢いを失わなかった。その後、箱舟はアララト山の上にとまった。
40日のあと、ノアは鴉を放ったが、とまるところがなく帰ってきた。さらに鳩を放したが、同じように戻ってきた。7日後、もう一度鳩を放すと、鳩はオリーブの葉をくわえて船に戻ってきた。さらに7日たって鳩を放すと、鳩はもう戻ってこなかった。
ノアは水が引いたことを知り、家族と動物たちと共に箱舟を出た。そこに祭壇を築いて、焼き尽くす生け贄を神に捧げた。神はこれに対して、ノアとその息子たちを祝福し、ノアとその息子たちと後の子孫たち、そして地上の全ての肉なるものに対し、全ての生きとし生ける物を絶滅させてしまうような大洪水は、決して起こさない事を契約した。その契約の証として、空に虹をかけたという。
– 旧約聖書『創世記』より
大洪水について
古代の大洪水にまつわる伝説や神話（大洪水神話）は、世界中に存在し、その発生を主張する学者や研究者も多い。但し、それが、『創世記』やメソポタミア神話（特に『ギルガメシュ叙事詩』）にあるように、世界規模で起こったとする者は少なく、「メソポタミア近辺での、周期的な自然災害」、あるいは、「氷河が溶けた当初の記憶」などと見解の方が多く、「地球規模で発生し、人類や生物の危機となった」とする、それらの神話の記述との食い違いもみられる。そもそも、地球学的にアララト山の山頂近くまで水位が上がることそのものがありえないし、世界的な大洪水が起こったという科学的証拠も存在しない。
メソポタミア地方周辺の地質調査の結果、実際に洪水跡と推測される地層の存在が確認されている。しかし、この災害が、この地方の神話や『聖書』内の大洪水の伝承の元となったとするならば、ローカルなレベルでの比較的大規模な洪水であったという域を出ず、世界的な大洪水の証拠とはならない。
また、方舟に収容された「雌雄一対（つがい）の動物」とは、成体である必要はなく、洪水の期間や塩分濃度その間の餌の確保という（重大な）問題を除くなら、水中で生息できうる動物の収容の必要はない、との見解もある。
『聖書』を信じる創造論者の中には、アメリカ合衆国のグランド・キャニオンなども、この大洪水が原因で生成されたとし、大陸移動や氷河期などもこれ以降に急激に発生し、恐竜などの絶滅もこれに起因し、各種化石もこの洪水の作用によって作られたとする説を唱えるものもいる。
『灼熱の氷惑星』（高橋実著、原書房1975年発行、現在絶版）にノアの大洪水の原因について天文学的見地から仮説・検証を行っている。約3000年周期で地球を訪れる地球とほぼ同じ大きさの氷（水）で組成された彗星「天体M」によるものと記述されている。地球軌道に近づくにつれ、「天体M」は水の天体となり、地球に接近した時には大音響と共に地球に約600京トンの水をもたらした。その洪水（津波）は直撃地点付近で8750メートルとなり、地球全域を覆い、地球上の海面を100メートル以上上昇させた事が原因であるとし、さまざまな洪水伝説との類似点も検証している。地球は、惑星としてはあまりにも水が多く、その原因として著者は「天体M」を仮説として考えた。現在は地球に向かって来る後半の1500年以内に相当するものであると記述されている。疑似科学の一種であるが、飛鳥昭雄などはこの説を継承している。
エトナ山噴火に伴う津波が大洪水の原因という説が最近あげられつつある。