ステイル＝マグヌス
声 - 谷山紀章
イギリス清教「必要悪の教会」所属の魔術師。魔法名はFortis931（我が名が「最強」である理由をここに証明する）。
身長2mの肩まで届く赤い長髪、耳に着けた大量のピアス、右目の下に彫られたバーコードの刺青が特徴。14歳だが、とても10代には見えないほど大人びており、常に香水臭い。「ニコチンとタールがない世界は地獄」と断言し、禁煙の地下鉄車内でも噛みタバコを噛むほどのヘビースモーカー[5]。神父服を着ているが、上記の外見ゆえに「不良神父」とよく説明される。一部の外伝作品では主人公格として活躍する。
「必要悪の教会」が学園都市で活動する場合、大抵彼が派遣され、前線に乗り出すことも多いが、窓のないビルでアレイスターと直接交渉したり、英国にいる時はローラの秘書ないし側仕えのようなことを行うなど、「必要悪の教会」における具体的な立場は不明。ローラに関しては、インデックスの「首輪」の件で不信感を抱いており、遠隔制御霊装の存在を知った時は激昂して食ってかかった。
かつてのインデックスのパートナーで、上条と同様に記憶消去を回避するために奔走した過去を持つ。後述の炎の魔術はインデックスを守るために習得したもので、「魔女狩りの王」が拠点防衛に特化しているのもそのためであり、彼女の記憶が消される時に交わした約束（インデックスが自分のことを忘れても、自分は彼女のために生きて死ぬ）を行動理念としている。それゆえ、「首輪」を破壊した上条には感謝する反面、嫉妬心も持っている。この辺りを恋愛感情ではないかと指摘されると、好みのタイプは聖女マルタと主張し、少なくとも現在は上条をインデックスのパートナーとして認め、自身の理念に従い彼女を見守る姿勢にある。フィアンマが遠隔制御霊装を奪った影響で「自動書記」モードが暴走した際には、これ以上インデックスの心身に負担をかけないよう、自分との戦力差も顧みず孤軍奮闘した。
上条や土御門とは面識があり、共闘することも多い。その際にはよく上条を盾にして彼に反発されるため、共闘とは呼び難いような戦い方をする（オリアナとの戦いは、結果として功を奏した）。また、かつてのインデックスのように自分のタバコについて注意してくる小萌を苦手にしているが、「使徒十字」の件では彼女に協力してオリアナに襲われた姫神の治療を手伝った。
十字教徒だが、北欧神話のルーン魔術に特化しており、弱冠14歳にして現存するルーン24文字を完全に解析するうえ、新たな文字を6つも生み出している。中でも炎の魔術を得意とし、敵を自動追尾する摂氏3000度の炎の巨人「魔女狩りの王（イノケンティウス）」や炎の剣「吸血殺しの紅十字」を行使する。しかし、膨大な魔力生成のための作業から体力の消費が早く、体術は不得意。術の行使にはルーン文字を設置するための準備が不可欠であり、その特性上、拠点防衛・攻略を得意とするが、奇襲や追跡は苦手としている。また、ルーンの張られている枚数により行使出来る力が決まるため、「魔女狩りの王」を召還する場合は数千枚のルーンカードが必要となり、ルーンを張る配置によって随分と効果が違ってくるが、この手段は単独では使えない。上条には早々にルーンの弱点を突かれて敗北したが、単身で数多の魔術結社を壊滅させた実力を持つ。治療魔術は専門外だが、火傷のような炎関係の傷なら治せる。
神裂 火織（かんざき かおり）
声 - 伊藤静
本作のヒロインの1人。イギリス清教「必要悪の教会」所属の女性魔術師。魔法名はSalvare000（救われぬ者に救いの手を）。聖人。
Tシャツとジーンズが主な服装の長身の美女。年齢は18歳だが、もっと大人びて見られ本人も気にしている。術式のため、ジーンズの片方は太腿の際どい所まで切断して露出し、Tシャツの片方の裾も根元まで切断している（容姿を説明される際には、腰に差した「七天七刀」もあり、「ウエスタンルックサムライガール」と表記される）など、左右非対称の容姿となっている。好物は自家製の梅干しや鯛茶漬けなどの日本食。一部の外伝作品では主人公格として活躍する。
ロンドンでも5本の指に入る凄腕で、世界でも20人ほどしかいない聖人の1人。普段は年下の上条にまで敬語を使うが、激昂すると口調が荒っぽくなる。真面目な性格で、戦闘や仕事に関しては完全無欠という面が強いが、普段の生活では周りに流されて右往左往することが多く、機械類に弱い。「必要悪の教会」に加入したての頃はほとんど英語を話せず、自分より古株の土御門に色々と世話を焼いてもらったらしい。その土御門には「ねーちん」と呼ばれている。
元は天草式十字凄教の女教皇（プリエステス）として生を受け、神の加護による強運を持つが、それが周りに不運を与えていると考えて女教皇の地位を辞し、「必要悪の教会」に加入する。魔法名はその過去に由来し、現在の天草式の基本理念となっている。アックアの件で天草式を離れたのは仲間の力を信用しなかった自分の我侭であったと理解した後、上条や天草式と共にアックアを撃破し、再び天草式の女教皇の座に就く。その後のキャーリサのクーデターでは、カーテナ＝オリジナルからの力を得た騎士団長に敗れるも、キャーリサとの戦いでは新生天草式のトップとして上条らと共に奮戦した。
戦闘には、2m以上の令刀と呼ばれる日本刀（大太刀）「七天七刀」を使った抜刀術「唯閃」とワイヤーによる攻撃「七閃」を主体とする白兵戦を得意とするが、攻撃魔術も普通に用いる。ただし、結界のような細かい魔術は苦手としている。基本的に聖人なので一般の魔術師以上の能力を有するが、100%の力の行使は自滅する恐れがあるために不可能らしい。特に聖人の力を使う唯閃は一撃必殺の威力を誇るが、身体に常識では考えられないほどの負担を与える。それでも、「神裂に勝てるのは本物の神様か天使ぐらいのものだろう」と言われるほどの実力者。
インデックスの「首輪」の件や「御使堕し」、さらには「法の書」事件での天草式の件で上条に多大な借りを感じており、それを返したいと常々考えている。それが高じて上条に好意を抱き（本人はあくまでも「借り」を主張するが、周囲からは好意と見られている）、同じく上条に好意を抱く五和には恋敵として認識されている。そこを土御門に付け込まれ、「堕天使メイド」のコスプレを行うように迫られて悩み続けた果てに、アックアの件では最終的にバージョンアップ版の「堕天使エロメイド」を着て上条の見舞いに訪れたが、この件はトラウマになっている。なお、「堕天使エロメイド」姿の神裂の挿絵は作中にはない（灰村キヨタカのサイトにはラフ画が掲載されている[出典 2]）。ただし、第17巻の挿絵には「堕天使メイド」姿の神裂がデフォルメ化されて描かれている。
土御門 元春（つちみかど もとはる）
詳細は「土御門元春」を参照
シェリー＝クロムウェル
声 - 渡辺明乃
イギリス清教「必要悪の教会」所属の女性魔術師。魔法名はIntimus115（我が身の全ては亡き友のために）。
年齢は20代後半で金髪に褐色肌の女性。寓意画・紋章に隠された暗号などを得意とする、暗号解読専門官。また、王立芸術院で美術講師をしており、優れた彫刻家として有名であるようで、芸術に関しては造詣が深い。一方で身だしなみには全く気を使わず、髪はボサボサで（土御門曰く「シルエットはライオン」）擦り切れたゴスロリという風体。丁寧な女言葉と乱暴な男言葉を交えて話す。
戦闘の際にはカバラの石像使いとして、オイルパステルでその場にある土石や金属から身長約4mの巨人や多数の眼球などの「ゴーレム」を形成・使役する。このゴーレムは、後述する友の名前から「エリス」と名付けられている。
かつて、科学サイドと魔術サイドが協力した実験で科学サイドの友人のエリスを失って以来、科学と魔術は棲み分けなければならないという考えを持つ。そのためにイギリス清教と学園都市の関係破綻を目論み、単独で学園都市へ侵入する。「友を失いたくなかった」という根本の考え以外は行動指針がよく変わり、上条や風斬、さらには派閥違いのインデックスなど誰でも良いから狙うという行動に出るが、上条と風斬や「警備員」に撃退され、イギリスへ帰された。この事件の責任から謹慎同然の身になったが、貴重な人材であるために「寛大な処分」で済まされ、ロンドンの女子寮で普通に生活している。
親友の命を奪った騎士団を嫌悪しており、キャーリサのクーデターでは、我を忘れて騎士団に襲いかかった。
ローラ＝スチュアート
声 - 川澄綾子
イギリス清教の最大主教（アークビショップ）かつ「必要悪の教会」のトップ。
身長の約2.5倍という非常に長い金髪の持ち主の女性。若い容姿[6]をしているが、女王エリザードと軽口を叩き合えるほどの旧知の仲であるなど、実年齢は見た目通りではない模様。土御門に教わったせいで、中途半端に古語が混ざったおかしな日本語を話す（ステイルやアレイスター曰く「馬鹿口調」）。イギリス英語を話せるにもかかわらず、普段の執務でもそのおかしな日本語で会話する。本人は否定するが、口調のおかしさを指摘されると明らかな動揺を示す。風呂好きで、コスプレ好きだが、アークビショップの正装は嫌いで、自分で作った修道服が最近のお気に入りである。科学に興味があり、学園都市から様々な最新機器を貰ってくるが、「必要悪の教会」のメンバーは科学音痴が多く、上手く扱えないため神裂らは迷惑している。
政治手腕は立場に相違ない実力を見せるが、普段はその地位や権力に似つかわしくない軽目の言動を取り、外見や口調も相まって能天気な性格に見える。しかし、インデックスに掛けた「首輪」やリドヴィアに対する制裁のように、人間心理を突く極めて冷酷で打算的な面も持つ。それだけなら確実に悪人の部類だが、同時に何の利益もない善行も行うため、それが部下離れを防ぐ打算という可能性も含め、評価の難しい人物。
キャーリサのクーデターで騎士派に拘束された時は髪を使って爆発を起こし、50の拘束具を馬車ごと吹き飛ばして脱出したが、どのような魔術かは不明。
オルソラ＝アクィナス
声 - 遠藤綾
本作のヒロインの1人。元ローマ正教所属のシスター。法の書を巡る件でイギリス清教に改宗する。
ミディアムヘアの金髪に巨乳の持ち主の美少女。普段は髪が全く見えないほど修道服のフードを深く被っている。魔術関連の暗号解読を得意とする情報解析のエキスパートで、魔道書による有害な知識から人々を守るために活動している。また、布教も精力的に行っており、3か国もの異教地で神の教えを広めた功績が認められ、自分の名を冠した教会を学園都市近くに建設中であった。その関係から、交渉や説得に長けている。戦闘は苦手であるが、治療魔術なら使用できる。ローマ正教所属時はキオッジアに住んでいたが、改宗後は神裂らと同じロンドンの女子寮に住んでおり、暗号解読の関連部署でシェリーと共に働いている模様。料理の腕は、普段は空席だらけの食堂がオルソラが料理当番の日は満員になるほどの腕前。
性格はマイペースというより、他人の話をロクに聞かない。さらには、会話が進んだり戻ったりする（本人にとってはきちんとした手順に基づいて会話を展開させているらしい）。上条曰く「“おばぁちゃん的思考回路”の持ち主」。日本語で話す際は、語尾に「 - でございます」と付ける。天然なのか大人なのか妙に色っぽい反応と所作を見せ、その行動に他人を巻き込むこともしばしば。何の見返りも求めず危険を冒してまで自分を救ってくれた上条に対しては憎からぬ思いがあるようで、彼が他の女性を相手にしている際には、何かと突っ掛かる。
誰にも解読できないとされていた魔道書「法の書」の内容に含まれていた、ローマ正教の崩壊を示唆する韻を解読したこと（後に解読方法は間違いと判明）からローマ正教を追われる羽目になり、天草式十字凄教へ保護を求める。しかし、天草式の善意を疑い逃亡してしまい、上条らを利用したアニェーゼ部隊に一時は捕まるが、真相を知った上条らによって救出された。その後、イギリス清教へ改宗し、ロンドンへの引っ越し準備中にキオッジアにやってきた上条らと再会し、その日の夜に起きた「アドリア海の女王」の一件ではアニェーゼ救出に協力した。
テオドシア＝エレクトラ
イギリス清教「必要悪の教会」所属の女性魔術師。外伝「ステイル編SS」に登場。
金と銀が混じった髪の40歳前後で子持ちの女性。日本語は苦手らしく、やや片言で話す。北欧神話をメインに用いる術式や霊装を頻繁に変えており、SS登場時には発火することで映像を投影したり、投げることで爆発を起こすことができるマッチ棒のような霊装「スキールニルの杖」を扱っていた。
本編のキャーリサのクーデターにも登場している。
リチャード＝ブレイブ
イギリス清教「必要悪の教会」所属の魔術師。外伝「ステイル編SS」に登場。
北米大陸を主な活動拠点としている魔術師。北欧神話の最強の武具である「破滅の枝（レーヴァテイン）」の名を冠した霊装を扱い、刻まれたルーンにより、どんな物質も燃焼しやすくすることで不燃物や魔術の炎をも焼き尽くすことができる。
しかし、ルーンを刻むのに科学的な方法を使ったことにより上層部から霊装の処分を命令されるも、これに反発し離反する。そして、北欧神話の種族「黒小人（ドヴェルグ）」の技術を求め学園都市に侵入し、レイヴィニアやパトリシアが持っていた原典の欠片を狙ったが、ステイルやテオドシアに阻止された。