スパース行列（疎行列）の行や列を入れ替える事で，要素がのある組を対角要素付近に集めて，かつクラスター化するアルゴリズムに reverse Cuthill McKee というものがある．
これを Python で使用したく，探したところ pyorder (http://github.com/dpo) が見つかった．
Fortran で書かれたアルゴリズムを Python で使えるようにしたものである．
以下は pyorder を OSX Leopard にインストールするためのメモである．
あらかじめ numpy をインストールしておく必要がある．
また，以下の Fortran コードが必要である．
mc60ad.f
mc21ad.f
以下からダウンロードできる．
http://www.enq.ufrgs.br/cursos/index.php?dir=pos/MetNumII/algebra/hsl2004/hsldist/f77/source/&sort=m_time&sort_mode=a.
pyoder のアーカイブが $PYORDER/ に展開されたとする．
Fortran の上記２ファイルは，例えば，$PYORDER/fortran に置いたとすると，
$PYORDER/site.cfg の最下行にある hsl_dir = にこのパスを設定する．
pyorder のコンパイルは
$ python setup.py build
とし，インストールは
$ sudo python setup.py install
とする．
デフォルトでは
/Library/Python/2.5/site-packages/pyorder
にインストールされる．
上記のままだと，Fortran のコードからライブラリを作成するところがうまくいかない．
コンパイラは g95 を使っている．（g77でも同様）
結果的には -undefined dynamic_lookup というオプションを追加する必要がある．
これを含めたコンパイルコマンドは，
g95 -undefined dynamic_lookup -L/sw/lib build/.../mc60modulemodule.o build/.../fortranobject.o build/.../mc60ad.o -o build/.../mc60module.so
となる．... は自動的に設定されるパスである
もしかしたら，-L/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.5 -lPython も必要かもしれない．
上記オプションをつけないと，
Undefined symbols:
"_PyModule_GetDict", referenced from:
_initmc21module in mc21modulemodule.o
"_Py_FindMethod", referenced from:
_fortran_getattr in fortranobject.o
"_PyExc_AttributeError", referenced from:
_PyExc_AttributeError$non_lazy_ptr in fortranobject.o
"_PyString_FromString", referenced from:
_initmc21module in mc21modulemodule.o
_initmc21module in mc21modulemodule.o
_fortran_getattr in fortranobject.o
_fortran_getattr in fortranobject.o
"_PyCObject_FromVoidPtr", referenced from:
_fortran_getattr in fortranobject.o
・・・
ld: symbol(s) not found
というエラーが大量にでる．
-L/System/Library/... -lPython をつけると，_Py*** に関するエラーは出なくなるが，
Undefined symbols:
"_MAIN_", referenced from:
_main in libf95.a(main.o)
ld: symbol(s) not found
というエラーが残る．
このエラーの対処については，http://lists.apple.com/archives/unix-porting/2007/Aug/msg00008.html を参考にした．
scipy という有名なパッケージもあるが，これをインストールするにはいろいろ関連パッケージをインストールしないといけないようなので，今回はパスした．
スパース行列関連メモの目次
これを Python で使用したく，探したところ pyorder (http://github.com/dpo) が見つかった．
Fortran で書かれたアルゴリズムを Python で使えるようにしたものである．
以下は pyorder を OSX Leopard にインストールするためのメモである．
あらかじめ numpy をインストールしておく必要がある．
また，以下の Fortran コードが必要である．
mc60ad.f
mc21ad.f
以下からダウンロードできる．
http://www.enq.ufrgs.br/cursos/index.php?dir=pos/MetNumII/algebra/hsl2004/hsldist/f77/source/&sort=m_time&sort_mode=a.
pyoder のアーカイブが $PYORDER/ に展開されたとする．
Fortran の上記２ファイルは，例えば，$PYORDER/fortran に置いたとすると，
$PYORDER/site.cfg の最下行にある hsl_dir = にこのパスを設定する．
pyorder のコンパイルは
$ python setup.py build
とし，インストールは
$ sudo python setup.py install
とする．
デフォルトでは
/Library/Python/2.5/site-packages/pyorder
にインストールされる．
上記のままだと，Fortran のコードからライブラリを作成するところがうまくいかない．
コンパイラは g95 を使っている．（g77でも同様）
結果的には -undefined dynamic_lookup というオプションを追加する必要がある．
これを含めたコンパイルコマンドは，
g95 -undefined dynamic_lookup -L/sw/lib build/.../mc60modulemodule.o build/.../fortranobject.o build/.../mc60ad.o -o build/.../mc60module.so
となる．... は自動的に設定されるパスである
もしかしたら，-L/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.5 -lPython も必要かもしれない．
上記オプションをつけないと，
Undefined symbols:
"_PyModule_GetDict", referenced from:
_initmc21module in mc21modulemodule.o
"_Py_FindMethod", referenced from:
_fortran_getattr in fortranobject.o
"_PyExc_AttributeError", referenced from:
_PyExc_AttributeError$non_lazy_ptr in fortranobject.o
"_PyString_FromString", referenced from:
_initmc21module in mc21modulemodule.o
_initmc21module in mc21modulemodule.o
_fortran_getattr in fortranobject.o
_fortran_getattr in fortranobject.o
"_PyCObject_FromVoidPtr", referenced from:
_fortran_getattr in fortranobject.o
・・・
ld: symbol(s) not found
というエラーが大量にでる．
-L/System/Library/... -lPython をつけると，_Py*** に関するエラーは出なくなるが，
Undefined symbols:
"_MAIN_", referenced from:
_main in libf95.a(main.o)
ld: symbol(s) not found
というエラーが残る．
このエラーの対処については，http://lists.apple.com/archives/unix-porting/2007/Aug/msg00008.html を参考にした．
scipy という有名なパッケージもあるが，これをインストールするにはいろいろ関連パッケージをインストールしないといけないようなので，今回はパスした．
スパース行列関連メモの目次