ネタバレご注意ください。
前回、サレンの戦艦「ソヴリン」が機械生命体のリーパーであることが分かった。
リーパーは洗脳の力を持っており、銀河から有機生命体を根絶しようとたくらむ悪魔のような生き物だった。
ソヴリンと話した後、死にまくりながらも何とかこんとか爆弾設置場所まで到達します。
ノルマンディーから運ばれた爆弾を設置。あとはキラヒー達の陽動部隊が後退すれば、爆弾を起爆し施設を吹っ飛ばす任務完了のはずだったのだが…
ケイダンから無線がはいり、陽動部隊が敵に足止めされて後退ができないらしい。
しかもここで衝撃の事実。キラヒー隊長がお亡くなりなっておられました。
調べたら、どうやらここまで来る道中でキラヒー部隊の負担を減らすアサイメント（サブミッション）をすべてこなさないとキラヒーは死んでしまうらしい。
こりゃあ、しくじった。
アシュリーにも言われてケイダンをノルマンディーで上空から助けに行くことになる。
↑ゲスの戦艦
しかし、またもや緊急事態発生。今度はゲスの援軍がわんさかやって来る。
ゲスの援軍が爆弾設置場所に来襲。集中攻撃を受け、もう時間がないとアシュリーが爆弾を起爆してしまう。
ケイダンを助けに行けば、爆発までにアシュリーを助けることはできない。
どっちを助けるのか？
てっきりキラヒーに預けたほうが死んでしまうと思っていたが、ここで犠牲者を選ぶ形でした。
アシュリーを助けに行った。すまんケイダン…許せケイダン…
サレン来襲
アシュリーを助けに行くと、ついにサレンが現れた。シェパードと直に対面するのはこれが初めてのような気がする。
サレンを説得するシェパード
そして、新たな真実が判明。サレン自身もソヴリン（リーパー）に洗脳された被害者だったのだ。
リアラの母、ベネジアも洗脳されてたし、完全に真の敵はリーパーということになります。
パラゴン会話で何とか説得を試みたが、やはりサレンを洗脳から解くことはできなかった。
ここでサレンとの戦闘が始まりますが、あんまり強くない。とりあえず銃連射してればどうにかなりました。
戦闘の後、結局サレンは逃亡。爆発まで時間がないので、サレンは追わずアシュリーに手を貸す。
ノルマンディーがやって来て、シェパードたちは施設から脱出する。
ケイダンを残して…
サレンの研究施設は爆破。多くの犠牲を払って任務は完了した。（頭の中でアルマゲドンの主題歌が流れ出す）