今僕は鋼の錬金術師FAが大好きです
幼き日に最愛の母親、トリシャ・エルリックを亡くした兄・エドワードと弟・アルフォンスのエルリック兄弟は、母親を生き返らせようと、錬金術における最大の禁忌、人体錬成を行う。しかし錬成は失敗し、エドワードは左脚を、アルフォンスは自らの身体全てを失ってしまう。エドワードは自身の右腕を代価として、アルフォンスの魂を鎧に定着させることに辛うじて成功したが、自分達の愚かさに気づく。その後エドワードは自ら失った右腕と左脚に機械鎧（オートメイル）を装着し、仮の手足を手に入れる。
12歳となったエドワードは国家錬金術師となり、二つ名「鋼」を授けられ、アルフォンスと共に元の体に戻る為、絶大な力を持つ賢者の石を探す旅に出る。しかし、旅先では数々の試練がエルリック兄弟を待っていた。エドワードを「人柱」と語る人造人間（ホムンクルス）や、国家錬金術師を狙う傷の男など、謎の敵が現れる。さらには目的を同じくする異国の者達まで現れ、兄弟の旅は波乱を究める。かつて起こった「イシュヴァール殲滅戦」を巡る陰謀が漂う中、兄弟は絆を深めながら元の体に戻る方法を探し続ける。
等価交換
錬金術における最も根本的な原理。特に「無から有は作れない（何かを得るには同等の代価が必要）」という点は錬金術に関わらず思想信条として出てくる場合もあり、重要なテーマともなっている。大きく以下の2つに集約される。
真理 / 真理の扉
認知外空間に浮かんでいる扉、もしくはこの空間その物を指す。人体錬成を行うとこの前に飛ばされる。
真っ白な空間にある扉で、表面にセフィロトの樹と思わしき彫刻がなされている。また、扉に描かれている彫刻は人によって違うものとなっている（「お父様」の扉には何も書かれていない）。扉の中には未だ人類が到達していない高度な知識も含めたあらゆる知識（真理）が存在しており、「通行料」を払うことでそれに見合った量の知識を得られる（あるいは得た知識に対して通行料を払う）。真理を見た錬金術師は、自身が構築式を兼ねることによって、手を合わせるだけで錬成が可能となる。
扉の前には透明人間のようなモノがおり、人体錬成を行いやってきた者はまずこれと対面することになる。会話の後、真理の扉が開き、中から確固たる形状を持たないいくつもの腕や目を持ったモノが現れ、術者を扉の中に引き込んでしまう。その後、術者は真理の一部を見ることができるが、見た分に見合った「通行料」として身体の一部もしくは全てを、その透明な存在に持っていかれてしまう（鋼の錬金術師の主要な登場人物
の「真理」も参照のこと）。
持っていかれる身体に関しては、単に真理を見る代価としての「通行料」以外に、意味があると考えられている。例えば、子供を錬成しようとしたイズミは内臓を、将来を見据えようとしたマスタングは視力を奪われている。ホーエンハイムは「罪の証」と呼び、「お父様」は人間が思い上がらないよう正しい絶望を与えるものだとしている。「お父様」の推測が正しいとは限らないが、「お父様」は正しい絶望を与える存在と規定したために、最後に自身が「真理の扉」に飛ばされた際、自身の分身である「真理」に「絶望」を与えられている。
「真理の扉」とは全ての人間の内にあり、個々によって本質は異なる。そして、錬金術を使うために必要な要素でもある。また「人」だけではなく1つの生命と見立てた「星」にも扉は存在し、特にお父様は「星」の扉の中身の真理を「神」と呼んだ。
お父様が作成を試みて失敗している（擬似・真理の扉）。これも真理と同様に現実の空間とは異なる空間だが、扉は無く、闇の中に血の海が際限なく広がっている（詳しくはグラトニーを参照）。
生体錬成
生体を対象とする錬金術、あるいはその分野。人体錬成や合成獣の作成が含まれるが、医療目的の部分的な錬成（つまり治療）については「人を造るべからず」には抵触せず、「医療錬金術」として区別される。真理の扉も開くことは無い。錬金術の中でも特に高度な分野とされる 
