eclipseで新規ソフトウェアをインストールするために、リポジトリのURLを追加するのはいいのだkれど、少しURLを変更したい場合に重複とかいって変更や追加ができない。で、一旦削除しようとしても、どこで削除したらいいかも解らん・・・
で、キーワードのURLでgrepをかけたら、下の二つのファイルがヒットして、直接削除したらうまくいった・・・

C:\pleiades\eclipse\p2\org.eclipse.equinox.p2.engine\profileRegistry\epp.package.jee.profile\.data\.settings\org.eclipse.equinox.p2.artifact.repository.prefs(663,61)  [SJIS]: repositories/http\:__eclipse.seasar.org_update_3.2/nickname=seasar_org_3_2
C:\pleiades\eclipse\p2\org.eclipse.equinox.p2.engine\profileRegistry\epp.package.jee.profile\.data\.settings\org.eclipse.equinox.p2.metadata.repository.prefs(579,61)  [SJIS]: repositories/http\:__eclipse.seasar.org_update_3.2/nickname=seasar_org_3_2