ディレクトリを選択してShift+右クリックして、「コマンドウインドウをここで開く」を選択すると、そのディレクトリ上でコマンドプロンプロが立ち上がります。ただの右クリックだと、「コマンド・・・」の選択肢は出てこないので注意。

windowsタスクマネージャで掴んでいるタスクを特定し、そいつを削除する。

参考
Windows 7 他のプロセスが使用中のファイルを削除する方法