document.getElementById("testText").valueと$F("testText")は同じ処理です。
prototype.jsに用意されている関数$F("")を使用すれば記述が簡単になります。
以下はサンプルです。
<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;charset=utf-8">
<title>getElementByIdと$F("")</title>
<script type="text/javascript" src="../lib/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript">
<!--
function alertMessage(){
alert(document.getElementById("testText").value);
alert($F("testText"));
}
//-->
</script>
</head>
<body>
<h1>getElementByIdと$F("")</h1>
<form>
<input type="text" value="ほげほげ" id="testText"></br>
<input type="button" value="メッセージ" onclick="alertMessage()">
</form>
<div id="result"></div>
</body>
</html>