心霊研究は「ハイズビルの幽霊屋敷」と通称される事件から始まったといわれています。
この事件について福来は、「ラップを発したものはいかなる霊であったかが突き止められ、かつ今日の心霊研究の端緒を開いたという点から、心霊研究史上に重要なる位置を有している」と言います。
1847年、ニューヨーク州の片田舎、ハイズビルという小さい村にフォックス一家が移住してきました。フォックス夫妻には2人の娘、11歳のマーガレットと、7歳のケートがいました。
怪しいラップが聞こえるという噂があったものの、移り住んできたばかりの時は何も異常はありませんでした。
しかし、翌年の1848年になるとラップが聞こえだしました。最初は小さかった音が段々と大きくなっていき、ある時は単なるラップでしたが、ある時は家具をひきずるような音となりました。家族は眠れなくなり、フォックス夫人は病気になるほどでした。2人の娘も怖がり、自分たちの部屋で寝るのを嫌がって両親の寝室に移されました。
そんなある時、ケートが無邪気にもこの見えない相手と意思疎通をはかろうとします。ケートがトントンと叩けば同じように反響するといった具合に応答があったのです。マーガレットも同じようにやってみたら意思疎通ができました。
このやり取りを知ったフォックス夫人は大変驚きました。そして夫人自身が問答してみたところ、この見えない相手が夫人の秘密を知っていたのでますます驚き、驚きを通り越して恐怖しました。
噂を聞きつけた村人が集まり、100人ほどに達しました。
ある村人の思いつきで、アルファベットの文字をラップで指示する方法によって問答が行われました。
こうした実験によって、この見えない相手が霊であること、そしてこの霊はこの家で殺害された31歳のチャールズ・ロスマという男であることがわかりました。他にも、殺害者の名や、土曜日の12時頃に金銭問題を理由に屠殺ナイフで喉を切られて殺されたこと、そして、地下奥深くに埋められていることなど、具体的なことがわかりました。
さらに噂が噂を呼び、300人ほどの人が集まりました。
フォックス夫人はこの件についての報告書の中で、次のように訴えています。
「私は幽霊屋敷や超自然的現象の信者ではない。それについて、そんなに多くの騒ぎがあったことを甚だ遺憾に思っている。それは我々には大変な迷惑であった。こんな時、ここに住んでいたことが我々の災難であった。しかし私は真理が判明し、そして真正なる説明書の作らるることを熱望している。私はこれらの響を説明することが出来ぬ。私の知るすべては、すでに述べた通り、響が繰り返し聞かれたということである」
真相を確かめるべく、1848年の夏に地下を掘ってみますが、証拠となるようなものは見つかりませんでした。
その後も、何度も発掘作業が行われては失敗するという流れを繰り返しますが、事件から56年後の1904年、証拠が発見されます。ハイズビルの幽霊屋敷の地下室で、こっそり遊んでいた子供たちが人骨らしきものを発見したという報告をきっかけに調査してみたところ、地下室の壁との間に、ほとんど全部の人間の骸骨が見つかったのです。これについて1904年11月23日のボストン・ジャーナルは「この発見は、1848年4月11日にマーガレット・フォックスによって作られた契のステートメントを実際的に確証するものである」と報じました。
・欧米の反応
欧米でも、「ハイズビルの幽霊屋敷」の事件後、心霊現象について賛否両論がありましたが、真面目に心霊現象を研究する学者も現れました。
特にウィリアム・クルックスを動かしたことが大きな転機となりました。彼は、フローレンス・クックという女性霊媒師と、彼女が現したケイティー・キングと自称する物質化された霊を調査、その研究結果を科学雑誌に発表し、「私はこれらの現象が可能であるというのではない。これらは存在しているというのである」と結論づけました。
すると、欧州中の科学者がクルックスを罵りました。クルックスの厳重な研究によって心霊現象が詐術であることが証明されるだろうと期待していたからです。
しかし、心霊現象に対して生涯を貫き通したクルックスの真撃な姿勢は、多くの科学者を動かしました。たとえば、パリ大学のシャルル・リシェ（1913年ノーベル生理学・医学賞受賞）もその一人でした。
「世人は、クルックス氏をただ冷笑することで満足していた。私もその片意地な盲目者の一人であったことを、恥ずかしながら告白する。科学者の勇気を称賛することの代わりに、私はそれを笑ったのだった。今日となってクルックス氏の業績が本当に理解されるようになったばかりである」（リシェ）
リシェは「エクトプラズム」という言葉を生み出し、「不合理である。しかし、真実である」という言葉を残したことでも有名です。
そして、1882年、クルックスが50歳の時、英国のオックスフォード大学、ケンブリッジ大学の超心理研究会を中心にしてロンドンに心霊研究協会（SPR）が設立されます。
初代会長にはケンブリッジ大学哲学科教授のへンリー・シジウイツクが就任し、その後は、アーサー・ジェイムズ・バルフォア（英国首相）、ウィリアム・ジェームズ（心理学者）、ウィリアム・クルックス（化学者）、オリバー・ロッジ（物理学者）、シャルル・リシェ（生理学者）、アンリ・ベルグソン（哲学者）等々の一流の学者が会長の任に就き、心霊研究の発展に尽くしました。
また、デューク大学教授のジョゼフ・バンクス・ラインは超心理学協会を設立、1969年に米国科学振興協会（AAAS）に加盟します。AAASは世界で最も大きい科学組織であり、第一級の科学論文誌サイエンスの発行母体でもあります。この加盟について、ラインセンターに客員研究員として滞在したこともある明治大学教授の石川幹人は「これは形式的には、超心理学が正統的な科学として認知されたことを示す」と言います。
ラインは世界で最初にこの分野の研究を科学的に証明した人とされており、超心理学という言葉を広め、「超心理学の父」と呼ばれています。
・日本の反応
ロンドンのある記者は、福来の置かれた立場とクルックスのそれと比較して「研究結果は、自分自ら現象を研究しようと思わぬ伝統的科学者によって、反対され、そして嘲笑された。人情は同じ、西でも東でも」と言いました。
しかし、その後の展開に大きな違いがありました。
福来の研究は妨害の連続で、特に千里眼事件以来、否定する学者の活動が活発化し批判は激しくなりました。
「私が念写研究の結果を社会に発表するや、日本中のほとんどすべての学者が一緒になって私を攻撃したものである。そのうえ、私の研究を破壊しようと企てた悪党なども現れて、ずいぶん私を窮地に陥れたものだ」（福来）
その後、大学での研究に適さないとの理由で福来は休職を命じられますが、この休職規定は一定期間の経過後、自動的に退職扱いとなるもので、事実上の追放でした。
福来は、東京帝大文科大学の学長である坪井九馬三の自宅に呼ばれ、「君が大学の教員として透視や念写を研究すると迷信を喚起するから大いに困る」と言われたといいます。
また、日本最初の心理学者で福来の師でもある元良勇次郎からも、「千里眼問題に対する君の考えは、大学諸教授とは非常に相違しているから、それを研究するには一時学校から離れてやったほうが君のためにも、学校のためにもよい。君の今の研究は心理学者による同情がない」と言われてしまいます。
大学を追い出された当時の心境について福来は、「つまり、私は日本の学界から放逐されたようなものであったのです。その時の私の心持と言ったら、言葉に絶した悲しみと寂しさで一杯でありました」と振り返っています。
この追放に納得できない人は少なくなく、たとえば生物学者の中沢信午（山形大学名誉教授）は、「公務に怠慢でなく、公私混同もなく、詐欺師でもなく、えてして詐欺や迷信の横行する心霊現象に、手を染めたというだけで・・・・」と憤ります。
福来に限らず心霊研究肯定派への風当りは悪く、たとえば、与吉は上司から、「身いやしくも司法官の職にありて、かくのごとき問題に関係することは面白くない」と訓戒を受けていました。
一緒に研究を続けてきた今村新吉も離れていくなど、福来は孤立無援となってしまいます。
こういった流れがあって、福来友吉という稀有な超心理学者がいたにもかかわらず、日本では迷信として排斥してしまい、欧米と大きな違いが生まれたのです。
「日本ではじめて心理学の博士号を取得した福来友吉が、御船千鶴子らの実験を行って、前述したように東京帝国大学を追われた。ここから日本における超心理学の『封印』がはじまったと言ってよい」（石川幹人）
「イギリスではスピリチュアルセラピィによる治療が病院で行われています。また、霊的先進国のロシアでも実際に患者を透視して霊的治療が行われております。しかし日本では昔、東京帝国大学が福来友吉助教授の念写や透視の実験を批判して以来、研究者は霊的問題をタブーとしてしまい、それが今でも後遺症として残っており、霊的な問題に対する研究は立ち後れてしまっております」（樋口雄三/東京工業大学名誉教授）
「日本は不思議な国です。明治以前には『霊』の存在を当然のこととしてきたのに、今では（お盆の『迎え火』など形骸化された風習としては昔のなごりが残っているものの）、過去の欧米に追従して、この種の現象を真面目に考えようとしない風潮が、特に科学者の間に強くあります。アメリカでは、否定的なものにしても、最初から一流の研究者が一流の医学雑誌で論じていますし、アメリカ心理学会でも既に1977年から、毎年ではないにせよこの種のシンポジウムが行われております」
「欧米諸国はこの方面で、ある意味ではむしろ昔の日本に近づきつつあるのに、逆に日本は、過去の欧米の水準から一歩も進もうとしないのは、まことに皮肉というほかありません」（カール・ベッカー/京都大学教授）
このような欧米と日本との違いについて万朝報は次のように報じています。
「日本の理学者は念写を否定するに反して、米国においてはさらにこれを研究せんとする学者あり。迷信と心理研究を混同して軽率に念写を否定するは恐らく学者の所為にあらざるべし」
・福来のその後
福来は大学から追放されても、「それでも私は念写の真理であることを主張する点においては、毛頭勇気を失いませんでした」と言い、真理を探究し続けました。
迫害を受けながらも、「それでも地球は回っている」と主張し続けて死んでいったガリレオと自身の境遇が重なったのでしょう。追放直後に書いた「透視と念写」の序文に次のように書いています。
「ガリレオは幽閉の身となっても、なおその研究を継続して怠らなかった。私はいかに月並学者の迫害を受けたからとて、学者の天職として信ずる道を踏まずにはおられぬ。学者の天職とは、前人未発の真理を闡明して善良なる未来を開拓して行くことである」
よほど自信があったのか、「透視と念写」の冒頭には「雲霞の如くむらがる天下の反対学者を前に据え置いて、余は次の如く断言する。透視は事実である。念写もまた事実である」と書いています。
1928年、念写の発見という大きな自負を持っていた福来は世界に知らせるために、ロンドンで開かれた国際スピリチュアリスト連盟（ISF）第3回大会に出席しました。ISFは、超心理研究を広める目的で1923年に第1回大会がベルギーで開催され、この第3回大会は42か国が参加し、シャーロックホームズで知られる作家、アーサー・コナン・ドイルも名誉総裁として出席しています。透視研究は珍しくありませんでしたが、念写は大きな関心と注目を集め、日本では迷信のように扱われた福来の研究は世界で認められ称賛されました。
1945年、戦争のために妻の郷里である仙台に疎開しますが、福来が仙台にいることがわかると、超心理学に関心をもつ人たちが福来を訪ねるようになりました。
そして、1946年、東北心理科学研究会（後に福来心理学研究所と合体する）が発足しました。初代研究所長は白川勇記（東北大学名誉教授）が務め、顧問に「荒城の月」の作詞で知られる土井晩翠、赤痢菌発見者の志賀潔、そして福来が就きました。
1952年、精力的に活動を続けていた福来でしたが、ついに病に倒れ、「仕事を残したまま死ぬのが残念無念である」という言葉を残して死にました。82歳でした。死の前夜に突然大声を上げ、「福来友吉二世生る」と3度繰り返したともいいます。