「サービスは喜んでもらえているのに、儲けがないので運営継続が危うい」ということで、アフィリエイトを考えるサイト管理者は多いようです。
しかし、アフィリエイトで稼ぐのは簡単なことではありません。場合によってはユーザーの反感を買うこともあります。そうした場合は、無理にアフィリエイトに取り組むのではなく、寄付してもらう方法を考えるのもいいと思います。
実際、ウィキペディアは、寄付とボランティア編集者で運用されています。資金が苦しくなったとのうわさもありましたが、Googleが多額の寄付をしたこともあります。