Windowsを狙った攻撃で脆弱性が悪用されているソフトウェアはJava JRE（37％）を筆頭に、Adobe Reader / Acrobat（32％）、Adobe Flash（16％）、Microsoft Internet Explorer（10％）の順に多いそうです。（ ITmedia エンタープライズ より）
最近は「Windows Update（Microsoft Update)」の自動実行機能で、Windowsの脆弱性を突いたウイルス感染は少しずつ減ってきているようですが、これとは逆にい「インストールされているソフトウェア」の脆弱性を利用したウイルス感染が多くなっているそうです。
いずれのソフトウェアも「更新のおしらせ」が表示されるのですが、パソコンで別の作業中であったりしてついつい後回しにしてしまい、更新されないままで使われていることが原因のように思います。
パソコンの中には「Windows」と「その他のソフトウェア（アプリケーション）」の2つがあることで、いろいろな作業ができる仕組みですので、両方のアップデート（更新）を忘れずに実行しておくことをお薦めします。