ヤミヤミ団に黄色の石を奪われてしまったハジメだが、落胆する暇などありません。アルミア地方の危機がすぐそこまで迫っているからです。
ヤミヤミ団が言っていたありえないマシンのことだが、何とアンヘルタワーそのものでした。このタワーはアルミア地方の全てのポケモンを操るために建てられたもので頂上に闇の結晶が置かれ、操ったポケモンを命令させることができるというとてももなく強力な秘密兵器なんです。つまり、ありえないマシンとはあまりにも巨大なドカリモでモバリモに比べてかなりの高性能な機械といえます。当然ながら、こんなものをターゲットクリアで破壊できるものではありません。しかも、その完成が明日に迫っていたのです。
そんな中、アプライト作戦なるものが開始されようとしたのです。アプライト作戦とはセブンとハーブがムクホークでタワーの外から闇の結晶のある頂上へ行き、3つの石を闇の結晶に近づける作戦なんです。ただ、現時点では3つの石のうち2つしかありません。
その前にレンジャーユニオンがヤミヤミ団に襲撃されたのです。これが幹部との連続バトルのすえにヤミヤミ団を追い出すことができたものの、イオリさんがヤミヤミ団に拉致された上に、タワーの周りにバリアが3重に張られてしまって闇の結晶に近づくことができなくなったんです。
そこで、連れ去られたイオリを救出すると同時に黄色の石を取り戻すためにダズルと一緒にアンヘルタワーに乗り込むことに。いよいよ、アプライト作戦の幕が切って落とされました。
アンヘルビルに行くと3重のバリアが張られたタワーが、その前には解雇されたアンヘル社員がヤミヤミ団にむかって抗議していたんです。ヤミヤミ団に話しかけるとメガヤンマと戦闘に、キャプチャして中に入ると何とヤミヤミ団がビルを占拠していたんです。おまけに閉じ込められる始末。ヤミヤミ団と連続バトルをしながらビルを上っていきました。
9階へ行くと黄色の石が置いてある部屋を見つけるが壁に阻まれてしまい、その部屋にたどり着くことができません。しかも、開くカギがモバリモにあったんです。各部屋にいるヤミヤミ団を見つけては出してくるポケモンをキャプチャしていき黄色の石を取り戻しました。
そして、10階にはイオリとロッコがいる部屋があり、そこもロックして入れなかったが、ボイスメールを使ってバロウのターゲットクリア（体当たり）で無理やり中へ入りイオリさんと合流しました。
ヤミヤミ団によるとありえないマシンの最終調整にどうしてもイオリが必要でユニオンからおびき寄せたというわけ。しかも、最終調整は既に終わっていたとか。残された時間はほとんどありません。
そして、電流床を解除し、屋上への階段に上がろうとするとヤミヤミ団の集団がやってきて3連続バトル。それも難なくキャプチャし、屋上へ上がってもヤミヤミ団とバトル。うんざりするほどバトルの繰り返しでした。しかも、一度に何匹のポケモンと相手にしなければならないし…。
ヤミヤミ団との連続バトルの後、ボイスメールが…。ファインスタイラーにありえないプログラムを組み込んでバトナージスタイラーにパワーアップ。これで、操られたポケモンと気持ちを通わすことができるようになりました。
こうして、闇の結晶が置いてあるタワーへとたどり着くことができました。タワーの内部ではどんな戦いが待ち受けているだろうか。アルミア地方のポケモンたちはどうなってしまうだろうか。いよいよ、最後の戦いが近づこうとしております。