（クモハ123-1・塩尻・2006年10月9日）
運転台と走行システムは種車を流用していますが、荷物室部分は客室化されて、超ロングシートが配置されました。側窓の一部はクモニ143のものを流用する形で、674mm幅のユニット窓を配置し、客室両端に1,000mm幅の片開き扉を設けられています。
改造は1両のみで検査時は115系が代走する運用となっていました。1990年にはワンマン化、1995年にはAU712形集約分散冷房装置を2基搭載しました。クモハ123-1は塩尻駅で見かける程度でしたが、2013年3月15日で運用を離脱。現在は長野総合車両センターに留置されています。
1987年には可部線向けにクモハ123-2～4が登場。種車は1同様クモニ143形を改造していますが、側窓は大形の内開き窓を新設。また改造時にAU75形集中クーラーを搭載しました。1993年に下関運転所に転属し、宇部、小野田、山陽本線で運用されています。
（クモハ123-3・雀田・2002年2月26日）
また阪和線用に改造された5、6はクハ103形と連結するために貫通扉を装備。客用扉はクモニ143形の荷物扉の位置に両開きのものを設置したため特異な外観となっていましたが、現在は扉の位置を移動させています。残念ながらまだ実車を見たことはありません。
身延線用にはクモユニ147形を改造した40番代が登場。走行システムは0番代と異なりますが、改造内容は1と同様でした。
1989年に集約分散冷房装置C-AU711D形2基とDC-DCコンバータを設置して5040番代に改番。
（クモハ123-5043・芝川・2007年1月27日）
1990年には4045に貫通扉を設置して5145に改番されています。
1988年にはクモヤ145形600番代を改造した600番代も登場。外観的には種車の貫通扉が活かされたほか、片開き3扉車体となっています。
（クモハ123-601・堅堀～入山瀬・2007年1月27日。
600番代は冷房改造された際、冷房用電源に電動発電機（MG）を使用したため改番されていません。
JR東海の123系は2007年に運用を離脱して廃車。115系と共にJR東海から姿を消しています。
国鉄時代末期を象徴する123系は、今やJR西日本でしか見ることができなくなってしまいましたが、当分は活躍する姿を見ることができそうです。