同年4月3日、衆議院決算行政監視委員会で、「行政文書は紙もパソコン上のデータも同様に取り扱いにしている。データは短期間で自動的に消去され、復元できないようなシステムになっている」と答弁した。
4月7日、部下の中尾睦理財局次長は衆議院内閣委員会で「自動消去という機能は基本的にない。データを削除した場合は14日間は復元可能だが、それを超えると復元できない。通常の職員はそういうことはできない仕組みになっている」と述べ、佐川の答弁を事実上訂正した。
4月10日、財務省情報管理室の担当者は朝日新聞の取材に応じ、「復元は難しいが、できないとは断言できない」と復元の可能性を認めた。
しかし佐川は4月12日の衆議院財務金融委員会で「電子データも文書管理規則にのっとり、紙と同様に削除している。その後、一定期間が経過すれば、自動的に削除される」「専門家においてもデータの復元ができないと聞いている」と主張し続けた。また、「財務省全体として大量のデータを日々追加、更新しており、サーバーの容量にほとんど余裕がない中で、（削除されたデータは）日々置き換わっている状況だ」と述べた。
同年7月4日、財務省は、佐川を7月5日付で国税庁長官とする人事を発表した。
自由党の森裕子は「あからさまな論功行賞の人事だ。首相を守るため、『ありえない』答弁を平然と繰り返して栄転された」と反発。与党の閣僚経験者も「事実に背を向けてでも、官邸の意向に従っていれば出世できるというあしき前例になる」と述べ、起用した政府の姿勢を疑問視した。
これらの声に対し麻生財務相と菅義偉官房長官は「適材適所」と口をそろえた。
2018年3月2日、朝日新聞が一面トップで、国有地取引をめぐる決裁文書が書き換えられている疑いを初めて報じた。
同年3月7日、赤木俊夫が神戸市内の自宅で自殺した。
同年3月9日、佐川は麻生太郎財務大臣に、国税庁長官の職を辞し、退職したい旨を申し出た。
政府は持ち回り閣議で佐川の辞任を認める人事を決定した。
同日夜、麻生は記者会見し、「国有財産行政に対する信頼を損なったことを踏まえ、減給20％3ヶ月分の懲戒処分を実施する」と述べ、同時に処分を科したことを明らかにした。
辞任を申し出た理由は「
（1）理財局長当時の国会対応が丁寧さを欠いており、混乱をもたらした。
（2）行政文書の管理について指摘を受けた。
（3）書き換え疑惑のある決裁文書について、担当局長であった
」の三点とされた。
矢野康治財務省大臣官房長の財務金融委答弁によると、額にすると約66万円の減給となり、退職金4999万円から差し引かれた。
自ら「適材適所」だと言って任命しておいて？
国有財産行政に対する信頼を損なったことを踏まえ
なら、任命責任じゃないか？
これでも、自分に責任がないと言うなら、お前、何の為に、存在してるんだ？
「適材適所」だから任命しといて、自分に責任が、ない？
佐川には、責任を問うているのにな・・・どの口で、言えるのか？
本当に、安倍の次は、こいつが、消えない限り、国民が、殺され続ける。
「刑事訴追の恐れがある」との理由により証言を拒否した答弁は40回以上に及んだ。
ただし、自民党の丸川珠代から「安倍総理からの指示はありませんでしたね」「安倍総理夫人からの指示もありませんでしたね」と聞かれると、それぞれ「ございませんでした」と明確に答えた。丸川は「官邸の官房長官、官房副長官、総理秘書官、安倍総理の秘書官、麻生財務大臣、麻生財務大臣の秘書官、財務省の事務次官、官房長などの大臣官房、他の局の幹部」からの指示はあったかと繰り返し尋ね、佐川はそのたびに立ち上がり「ございませんでした」と答えた。
「ありましたか？」
じゃなく
「ありませんでしたね」
丸川も、五輪のことや、不正の事で逮捕されるべき。
ホント、人は、目を見れば分かる。